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- PDB-6u39: 2.4 Angstrom crystal structure of the D129G Ca-CaM:CaV1.2 IQ doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u39
タイトル2.4 Angstrom crystal structure of the D129G Ca-CaM:CaV1.2 IQ domain complex
要素
  • Calmodulin-1
  • Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
キーワードCALCIUM-BINDING PROTEIN/MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / CALCIUM-BINDING PROTEIN-MEMBRANE PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated calcium channel activity involved in AV node cell action potential / voltage-gated calcium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / immune system development / positive regulation of adenylate cyclase activity / membrane depolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / Phase 2 - plateau phase / high voltage-gated calcium channel activity / membrane depolarization during AV node cell action potential / cardiac conduction ...voltage-gated calcium channel activity involved in AV node cell action potential / voltage-gated calcium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / immune system development / positive regulation of adenylate cyclase activity / membrane depolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / Phase 2 - plateau phase / high voltage-gated calcium channel activity / membrane depolarization during AV node cell action potential / cardiac conduction / L-type voltage-gated calcium channel complex / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / positive regulation of muscle contraction / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / NCAM1 interactions / camera-type eye development / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / embryonic forelimb morphogenesis / calcium ion transport into cytosol / CaM pathway / Cam-PDE 1 activation / Sodium/Calcium exchangers / Calmodulin induced events / Reduction of cytosolic Ca++ levels / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / voltage-gated calcium channel complex / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / PKA activation / negative regulation of high voltage-gated calcium channel activity / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / organelle localization by membrane tethering / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / regulation of cardiac muscle cell action potential / presynaptic endocytosis / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / Phase 0 - rapid depolarisation / calcineurin-mediated signaling / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / alpha-actinin binding / RHO GTPases activate PAKs / regulation of heart rate by cardiac conduction / calcium ion import across plasma membrane / Ion transport by P-type ATPases / Uptake and function of anthrax toxins / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / protein phosphatase activator activity / Long-term potentiation / Calcineurin activates NFAT / Regulation of MECP2 expression and activity / DARPP-32 events / catalytic complex / Smooth Muscle Contraction / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / RHO GTPases activate IQGAPs / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / voltage-gated calcium channel activity / cellular response to interferon-beta / Protein methylation / calcium channel inhibitor activity / Activation of AMPK downstream of NMDARs / presynaptic cytosol / Ion homeostasis / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / eNOS activation / titin binding / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / sperm midpiece / regulation of calcium-mediated signaling / voltage-gated potassium channel complex / calcium channel complex / FCERI mediated Ca+2 mobilization / substantia nigra development / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / regulation of heart rate / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / calyx of Held / adenylate cyclase activator activity / sarcomere / VEGFR2 mediated cell proliferation / protein serine/threonine kinase activator activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / regulation of cytokinesis / spindle microtubule / calcium channel regulator activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / Regulation of insulin secretion
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1C subunit / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated ...Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1C subunit / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated / : / Voltage-dependent channel domain superfamily / : / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin-1 / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wang, K. / Van Petegem, F.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: J. Physiol. (Lond.) / 年: 2020
タイトル: Arrhythmia mutations in calmodulin can disrupt cooperativity of Ca2+binding and cause misfolding.
著者: Wang, K. / Brohus, M. / Holt, C. / Overgaard, M.T. / Wimmer, R. / Van Petegem, F.
履歴
登録2019年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin-1
B: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
C: Calmodulin-1
D: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
E: Calmodulin-1
F: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
G: Calmodulin-1
H: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
I: Calmodulin-1
J: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
K: Calmodulin-1
L: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
M: Calmodulin-1
N: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
O: Calmodulin-1
P: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
Q: Calmodulin-1
R: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
S: Calmodulin-1
T: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,98549
ポリマ－209,82320
非ポリマー1,16229
水36020
1
A: Calmodulin-1
B: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1035
ポリマ－20,9822
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area9530 Å2
手法PISA
2
C: Calmodulin-1
D: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1035
ポリマ－20,9822
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area10080 Å2
手法PISA
3
E: Calmodulin-1
F: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1035
ポリマ－20,9822
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area10080 Å2
手法PISA
4
G: Calmodulin-1
H: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1035
ポリマ－20,9822
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2070 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area10020 Å2
手法PISA
5
I: Calmodulin-1
J: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0624
ポリマ－20,9822
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area9610 Å2
手法PISA
6
K: Calmodulin-1
L: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1035
ポリマ－20,9822
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area10220 Å2
手法PISA
7
M: Calmodulin-1
N: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1035
ポリマ－20,9822
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area9610 Å2
手法PISA
8
O: Calmodulin-1
P: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1035
ポリマ－20,9822
非ポリマー1203
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area9680 Å2
手法PISA
9
Q: Calmodulin-1
R: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1035
ポリマ－20,9822
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area9800 Å2
手法PISA
10
S: Calmodulin-1
T: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1035
ポリマ－20,9822
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area9420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.795, 161.656, 96.277
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
Calmodulin-1


分子量: 16663.312 Da / 分子数: 10 / 変異: D129G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CALM1, CALM, CAM, CAM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DP23
#2: タンパク質・ペプチド
Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C / Calcium channel / L type / alpha-1 polypeptide / isoform 1 / cardiac muscle / Voltage-gated calcium ...Calcium channel / L type / alpha-1 polypeptide / isoform 1 / cardiac muscle / Voltage-gated calcium channel subunit alpha Cav1.2


分子量: 4318.968 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CACNA1C, CACH2, CACN2, CACNL1A1, CCHL1A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13936
#3: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→49.041 Å / Num. obs: 159034 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.93 % / Biso Wilson estimate: 68.18 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.06
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique obsCC1/2Diffraction-ID
2.3-2.44257110.7991
2.44-2.61242850.9291
6.84-49.04160410.9981

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3G43

3g43


解像度: 2.4→49.041 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.29 / 位相誤差: 31.89
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2827 6993 4.99 %
Rwork0.2318 --
obs0.2344 140090 97.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 169.25 Å2 / Biso mean: 85.4384 Å2 / Biso min: 40.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→49.041 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11328 0 29 20 11377
Biso mean--82.34 67.99 -
残基数----1596
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4-2.42730.36142370.3135446898
2.4273-2.45580.37572330.2965441198
2.4558-2.48580.38962300.3021445797
2.4858-2.51720.32972380.2966445599
2.5172-2.55040.32142360.2839449999
2.5504-2.58530.33942380.2778450899
2.5853-2.62220.32332290.2816442798
2.6222-2.66140.36672370.2869449298
2.6614-2.70290.36782320.2912445898
2.7029-2.74730.33572340.2816445899
2.7473-2.79460.36272370.3004449798
2.7946-2.84540.40182390.2979447198
2.8454-2.90020.36342370.3035443698
2.9002-2.95940.3452310.2974443698
2.9594-3.02370.34442290.3059442097
3.0237-3.0940.35912360.3022447998
3.094-3.17140.35282390.3056450198
3.1714-3.25710.28862360.265446399
3.2571-3.35290.31472330.2467446598
3.3529-3.46110.35362290.2571437396
3.4611-3.58480.3352350.2552444098
3.5848-3.72830.30792160.2426420692
3.7283-3.89790.2712350.2164430095
3.8979-4.10330.25052250.2098437596
4.1033-4.36020.2512330.1932445798
4.3602-4.69660.23372330.1908446098
4.6966-5.16880.26812340.1902443097
5.1688-5.91570.31172320.2464438997
5.9157-7.44890.2672320.2419444298
7.4489-49.040.20142280.1811442497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.2054-2.65322.23393.7614-0.6836.21590.56030.2866-1.7957-0.2333-0.05370.29051.1840.0643-0.54180.7446-0.0768-0.01840.7029-0.24841.123114.3488-2.193339.4294
27.0228-4.1757-2.86543.21972.2111.9635-0.13350.1044-0.55870.0923-0.05030.55440.0676-0.0090.14160.56910.04940.05070.605-0.06750.697727.35194.225447.7085
37.41711.8020.1222.17982.51984.27360.88630.28371.08271.2379-0.15651.0371-0.11-0.3314-0.7720.84750.10390.19850.588-0.08831.000318.286310.69744.3165
45.77813.7596-1.58154.57911.96658.37610.5807-0.69680.42821.0548-0.62470.4536-0.2924-0.01630.05270.6972-0.02130.04550.5246-0.06240.651648.519411.984759.0472
58.3697-5.852-0.80866.06671.46241.4888-0.2656-0.55010.53890.38860.3788-0.52530.15890.3105-0.12780.46520.01620.06380.4364-0.02330.596434.09896.651450.8404
64.32550.76774.25786.24751.54064.3686-0.03730.65641.5146-0.1773-0.4448-0.2649-0.21550.70760.46230.54850.01420.02930.5804-0.0340.717246.92078.065746.6193
76.01510.0554-0.80799.30241.35974.41310.2705-0.04460.0540.3408-0.1268-0.6659-0.39370.1491-0.09670.54160.03320.11470.49840.07190.596617.601134.883360.5373
87.0887-4.95510.69364.9849-1.07230.8522-0.1702-0.6432-0.23750.2560.41270.147-0.1114-0.1747-0.24620.6917-0.11610.02460.57620.12130.761432.961142.85555.4943
95.39265.6827-5.72415.8894-5.86415.8201-0.43281.0255-0.058-0.18410.078-0.6528-0.1749-0.61670.40330.8987-0.0260.140.74030.05040.992324.390442.411949.1169
106.5117-0.32980.23269.53131.2626.3668-0.05980.3603-0.0657-0.20170.1159-0.2691-0.01210.1593-0.01730.4366-0.0660.02460.4969-0.00850.433756.850956.43667.0603
118.7-0.98534.58210.0752-1.63642.98140.13820.57370.0333-0.1933-0.396-0.01770.06930.13130.23180.61440.0763-0.02670.7382-0.10210.530543.289359.555818.3269
124.2694.6013-4.37787.743-6.3555.7591-0.28670.0431-2.03070.1559-0.782-0.73480.1098-0.59460.76180.6748-0.0558-0.04730.7823-0.0510.641450.70252.046421.3101
135.15771.67250.23365.4536-4.28277.73470.2970.1286-0.2442-0.42260.0732-0.01080.48990.025-0.41280.6310.1454-0.00190.5549-0.15280.548945.5363-10.782923.1961
146.4607-1.265-4.95950.83970.10415.15810.1858-0.6324-0.5418-0.0341-0.0983-0.1484-0.06830.3554-0.06150.6860.0828-0.18520.8836-0.1620.747933.7009-3.311712.5215
157.2275-4.07381.6767.7689-4.35132.4352-0.29830.61380.4824-0.25940.2275-0.1285-0.3375-0.68960.25081.0160.0101-0.03241.0463-0.08020.627244.6965-0.186514.6041
168.15650.87420.13524.1037-2.89178.25010.3155-0.1892-0.5181-0.4428-0.4273-0.34880.30320.53120.10390.57510.0392-0.11040.5166-0.0130.771216.07235.563-2.4206
177.82090.8155-4.0209-0.1041-0.22281.8026-0.25640.5241-0.5371-0.2457-0.0774-0.03550.128-0.49890.24380.6896-0.01-0.24160.9825-0.070.935428.9478-0.19158.0999
185.7023-5.28845.59014.8052-4.97445.2831-0.0815-2.01810.35860.61840.1965-0.92890.101-0.93180.13240.84860.1096-0.08550.869-0.08210.704616.29075.235911.0175
195.5938-2.0847-1.32855.27764.51345.65780.37960.1203-0.0439-0.89270.009-1.0197-0.6875-0.0768-0.31140.935-0.0845-0.07640.561-0.0620.7722.506348.3988-5.3765
209.23572.05541.10761.44260.21260.49620.1280.78410.4882-0.11770.03680.2862-0.03490.1413-0.23520.74980.0109-0.07360.6466-0.10270.762235.212535.5535-7.6217
218.8879-8.25936.85989.8086-6.80115.28480.6366-1.2048-0.411-0.65750.3907-0.46341.1606-1.1777-0.92650.9433-0.2154-0.0680.8407-0.18540.905623.67534.3345-1.978
226.0661.3488-0.66766.9077-0.9244.73910.5237-0.52960.45211.15870.0110.1281-0.1494-0.4771-0.54250.6437-0.0738-0.02370.65280.10320.640654.457853.137649.7493
238.1068-4.95423.41795.4505-1.47130.89220.08260.09130.7310.3803-0.2498-0.56590.01410.16180.21640.6268-0.11410.08180.64820.09110.651139.131145.610454.4461
248.38112.94793.89346.70160.94992.78190.46810.8194-0.76240.27460.52060.49740.8496-0.0932-0.96180.8428-0.1473-0.05620.6960.13820.705249.029139.789550.195
257.4925-4.92470.3396.4216-0.33227.82150.58490.69610.4791-0.8633-1.046-0.2237-0.0131.37830.4920.64290.12820.0360.69670.11320.705725.176766.624132.6314
264.5743-0.60522.20181.38410.93521.7776-0.0862-0.01150.7315-0.2855-0.41610.1636-0.4078-0.32340.52440.57060.07920.0110.91250.02670.605739.937760.144424.5212
273.0198-1.1096-2.0079.37235.11293.97190.2921.094-1.0111-0.3365-0.32510.47061.0343-0.29280.070.77530.1474-0.12050.8221-0.0040.568325.389257.379321.5908
284.0798-3.8279-5.27494.18124.94276.59130.7474-1.11020.496-0.23440.6661-0.6843-0.52321.1856-1.27581.0884-0.14110.02431.0519-0.14830.905949.597529.3816-2.0946
293.5067-2.16351.67588.3788-5.71779.21881.14370.7395-0.5315-1.5533-0.75910.75080.96210.3178-0.35210.910.043-0.09530.8041-0.06520.808550.331317.0175-9.6241
307.05852.57730.25850.68140.72350.7959-0.38510.717-0.898-0.47770.3974-0.1290.05630.1086-0.03810.6434-0.05060.00760.7289-0.08460.904538.869930.2886-8.4845
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resid 501 through 502) or (resid 6 through 76))A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resid 82 through 147) or (resid 503))A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1612 through 1634)B1612 - 1634
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and ((resid 5 through 75) or (resid 501 through 502))C0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and ((resid 82 through 148) or (resid 503))C0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 1609 through 1634)D1609 - 1634
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and ((resid 501 through 502) or (resid 3 through 77))E0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and ((resid 81 through 147) or (resid 503))E0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'F' and (resid 1614 through 1636)F1614 - 1636
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'K' and ((resid 501 through 502) or (resid 4 through 77))K0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'K' and ((resid 81 through 147) or (resid 503))K0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 1614 through 1637)L1614 - 1637
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'S' and ((resid 501 through 502) or (resid 4 through 76))S0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'S' and ((resid 83 through 147) or (resid 503))S0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'T' and (resid 1613 through 1632)T1613 - 1632
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'Q' and ((resid 501 through 502) or (resid 4 through 74))Q0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'Q' and ((resid 82 through 147) or (resid 503))Q0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'R' and (resid 1609 through 1633)R1609 - 1633
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'M' and ((resid 501 through 502) or (resid 5 through 75))M0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'M' and ((resid 84 through 147) or (resid 503))M0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'N' and (resid 1612 through 1635)N1612 - 1635
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'G' and ((resid 501 through 502) or (resid 4 through 76))G0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'G' and ((resid 84 through 146) or (resid 503))G0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'H' and (resid 1612 through 1635)H1612 - 1635
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'I' and ((resid 501 through 502) or (resid 7 through 75))I0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'I' and (resid 82 through 147)I82 - 147
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'J' and (resid 1610 through 1635)J1610 - 1635
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'P' and (resid 1613 through 1633)P1613 - 1633
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'O' and ((resid 501 through 502) or (resid 4 through 74))O0
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'O' and ((resid 84 through 147) or (resid 503))O0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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