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Yorodumi- PDB-6u39: 2.4 Angstrom crystal structure of the D129G Ca-CaM:CaV1.2 IQ doma... -
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6u39 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | 2.4 Angstrom crystal structure of the D129G Ca-CaM:CaV1.2 IQ domain complex | ||||||
Components |
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Keywords | CALCIUM-BINDING PROTEIN/MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / CALCIUM-BINDING PROTEIN-MEMBRANE PROTEIN complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationvoltage-gated calcium channel activity involved in AV node cell action potential / voltage-gated calcium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / immune system development / positive regulation of adenylate cyclase activity / membrane depolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / Phase 2 - plateau phase / high voltage-gated calcium channel activity / membrane depolarization during AV node cell action potential / cardiac conduction ...voltage-gated calcium channel activity involved in AV node cell action potential / voltage-gated calcium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / immune system development / positive regulation of adenylate cyclase activity / membrane depolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / Phase 2 - plateau phase / high voltage-gated calcium channel activity / membrane depolarization during AV node cell action potential / cardiac conduction / L-type voltage-gated calcium channel complex / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / positive regulation of muscle contraction / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / NCAM1 interactions / camera-type eye development / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / embryonic forelimb morphogenesis / calcium ion transport into cytosol / CaM pathway / Cam-PDE 1 activation / Sodium/Calcium exchangers / Calmodulin induced events / Reduction of cytosolic Ca++ levels / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / voltage-gated calcium channel complex / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / PKA activation / negative regulation of high voltage-gated calcium channel activity / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / organelle localization by membrane tethering / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / regulation of cardiac muscle cell action potential / presynaptic endocytosis / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / Phase 0 - rapid depolarisation / calcineurin-mediated signaling / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / alpha-actinin binding / RHO GTPases activate PAKs / regulation of heart rate by cardiac conduction / calcium ion import across plasma membrane / Ion transport by P-type ATPases / Uptake and function of anthrax toxins / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / protein phosphatase activator activity / Long-term potentiation / Calcineurin activates NFAT / Regulation of MECP2 expression and activity / DARPP-32 events / catalytic complex / Smooth Muscle Contraction / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / RHO GTPases activate IQGAPs / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / voltage-gated calcium channel activity / cellular response to interferon-beta / Protein methylation / calcium channel inhibitor activity / Activation of AMPK downstream of NMDARs / presynaptic cytosol / Ion homeostasis / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / eNOS activation / titin binding / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / sperm midpiece / regulation of calcium-mediated signaling / voltage-gated potassium channel complex / calcium channel complex / FCERI mediated Ca+2 mobilization / substantia nigra development / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / regulation of heart rate / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / calyx of Held / adenylate cyclase activator activity / sarcomere / VEGFR2 mediated cell proliferation / protein serine/threonine kinase activator activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / regulation of cytokinesis / spindle microtubule / calcium channel regulator activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / Regulation of insulin secretion Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Wang, K. / Van Petegem, F. | ||||||
| Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: J. Physiol. (Lond.) / Year: 2020Title: Arrhythmia mutations in calmodulin can disrupt cooperativity of Ca2+binding and cause misfolding. Authors: Wang, K. / Brohus, M. / Holt, C. / Overgaard, M.T. / Wimmer, R. / Van Petegem, F. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6u39.cif.gz | 607.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6u39.ent.gz | 493.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6u39.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6u39_validation.pdf.gz | 9.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6u39_full_validation.pdf.gz | 9.1 MB | Display | |
| Data in XML | 6u39_validation.xml.gz | 51 KB | Display | |
| Data in CIF | 6u39_validation.cif.gz | 69.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/6u39 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/6u39 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6u3aC ![]() 6u3bC ![]() 6u3dC ![]() 3g43S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 16663.312 Da / Num. of mol.: 10 / Mutation: D129G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CALM1, CALM, CAM, CAM1 / Production host: ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 4318.968 Da / Num. of mol.: 10 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CACNA1C, CACH2, CACN2, CACNL1A1, CCHL1A1 / Production host: ![]() #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.54 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: ammonium sulfate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.0332 Å | ||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 27, 2018 | ||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.3→49.041 Å / Num. obs: 159034 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 2.93 % / Biso Wilson estimate: 68.18 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.06 | ||||||||||||||||
| Reflection shell |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3G43 Resolution: 2.4→49.041 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.29 / Phase error: 31.89
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 169.25 Å2 / Biso mean: 85.4384 Å2 / Biso min: 40.19 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.4→49.041 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Movie
Controller
About Yorodumi



Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Canada, 1items
Citation











PDBj









































