PDB-6u33: Structure-based discovery of a novel small-molecule inhibitor of ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u33

タイトル

Structure-based discovery of a novel small-molecule inhibitor of methicillin-resistant S. aureus

要素

Bi-component leukocidin LukED subunit D

キーワード

TOXIN / alpha-toxin / PVL / Leukocidins / MRSA

機能・相同性

機能・相同性情報

hemolysis in another organism / cytolysis in another organism / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Liu, J. / Kozhaya, L. / Torres, V.J. / Unutmaz, D. / Lu, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structure-based discovery of a small-molecule inhibitor of methicillin-resistantStaphylococcus aureusvirulence.
著者: Liu, J. / Kozhaya, L. / Torres, V.J. / Unutmaz, D. / Lu, M.

履歴

登録	2019年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年5月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6u33.cif.gz	140.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6u33.ent.gz	108.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6u33.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6u33_validation.pdf.gz	422.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6u33_full_validation.pdf.gz	423.7 KB	表示
XML形式データ	6u33_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	6u33_validation.cif.gz	21.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/6u33 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/6u33	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6u2sC 6u3fC 6u3tC 6u3yC 6u49C 6u4pC 1lkfS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1lkf-d 1o87-1 1ffh-d 2j45-1 2j46-1 1jpj-d 1ng1-d 2c04-2 2j45-2 3lkf-d 1jpn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Bi-component leukocidin LukED subunit D

ヘテロ分子

34.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.611, 48.732, 66.731
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 120.850, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-646- HOH

#1: タンパク質	Bi-component leukocidin LukED subunit D / Gamma-hemolysin component B / Leucotoxin LukD / Leukotoxin LukD / LukNF 分子量: 34200.523 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-327 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: lukNF, lukD, BTN44_02870, EP54_14125, EQ90_10595, ER624_13605, HMPREF3211_01500, NCTC10654_01892, NCTC13131_06007, RK64_09800 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93UU8, UniProt: Q2FXB1*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.94 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 12 mg/mL protein in 10 mM sodium acetate, pH 5.4 against reservoir solution of 20% PEG2000 MME, 10 mM nickel chloride, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月27日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→57.3 Å / Num. obs: 32045 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 3 % / CC_1/2: 0.984 / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.297 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 1505 / CC_1/2: 0.938 / % possible all: 58.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1LKF

1lkf

解像度: 1.75→57.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 4.856 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.116 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2173	1574	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1747	-	-	-
obs	0.1769	30471	92.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 77.81 Å² / B_iso mean: 28.224 Å² / B_iso min: 14.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.35 Å²	-0 Å²	-0.02 Å²
2-	-	1.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→57.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2380	0	1	217	2598
B_iso mean	-	-	35.68	34.12	-
残基数	-	-	-	-	296

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.02	2436
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.875	1.921	3297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.675	5	295
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.668	25.512	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.481	15	416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.093	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.142	0.2	344
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	1882

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.794 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	65	-
R_work	0.231	1460	-
obs	-	-	59.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0079	0.8469	-0.2255	2.7057	-3.6258	16.569	-0.0317	-0.0998	-0.0809	0.0085	0.0362	-0.1706	0.367	0.6515	-0.0045	0.0842	0.1096	0.0538	0.2119	-0.0122	0.1508	-9.52	-9.55	1.433
2	1.3006	0.3775	-3.2548	0.7478	-1.6114	13.0862	-0.0848	-0.298	-0.0416	-0.093	0.07	-0.0381	0.291	0.8284	0.0147	0.0386	0.0533	0.0288	0.2361	0.0241	0.0466	-15.456	-7.689	10.309
3	2.247	0.8698	-4.9582	0.7214	-2.4452	12.257	-0.05	-0.2524	-0.0434	-0.0554	0.0343	-0.0346	0.2143	0.569	0.0156	0.0583	0.0298	0.0319	0.1727	-0.0053	0.058	-17.557	-4.496	8.316
4	3.0938	1.4107	-4.563	0.7201	-2.0142	7.1091	0.0079	-0.175	0.0054	-0.0062	-0.0208	0.0084	0.0655	0.2709	0.0129	0.0732	0.0089	0.0399	0.1145	0.0147	0.0837	-29.157	-6.301	18.664
5	2.3992	1.24	-2.7971	0.7589	-1.2152	3.9099	0.108	-0.1974	0.0499	0.0835	-0.0725	0.0008	-0.0985	0.2021	-0.0355	0.0874	0.0084	0.0361	0.1375	0.015	0.1071	-35.546	-1.866	26.361
6	12.7321	4.9442	-3.7286	3.1663	-0.7796	2.5019	0.2173	0.324	0.3996	-0.142	0.0155	0.0251	-0.3138	-0.2519	-0.2328	0.1259	0.0333	0.0482	0.0526	0.0387	0.0413	-29.958	4.141	5.733
7	5.3129	0.7626	-5.4475	0.4725	-1.1081	5.8859	-0.2461	0.3272	-0.2259	-0.1465	0.0344	-0.0217	0.3297	-0.32	0.2117	0.1152	-0.0447	0.0495	0.1836	-0.0296	0.0795	-29.479	-5.269	-0.492
8	8.6436	7.7873	-6.1703	10.1794	-2.5055	7.3565	-0.1399	0.83	0.0966	-0.1605	0.2662	0.0229	0.0643	-1.0324	-0.1263	0.0465	0.0027	-0.0022	0.2847	0.0472	0.0087	-29.735	-3.476	-3.631
9	5.0638	1.1996	-5.5095	1.2509	-1.0904	6.9479	-0.4737	0.189	-0.3428	-0.1418	0.1061	-0.1113	0.481	-0.1533	0.3676	0.0863	-0.031	0.0576	0.1047	-0.0386	0.0858	-30.442	-8.392	3.749
10	2.6067	3.1674	-2.457	6.1922	-1.4365	3.4283	0.0917	-0.0067	0.0739	-0.1404	0.0305	-0.0501	-0.2554	-0.062	-0.1222	0.0827	0.0451	0.0546	0.1484	0.0117	0.1104	-35.277	5.465	13.153
11	9.2304	4.8758	-4.5707	2.8154	-2.2055	3.0089	-0.0105	0.0289	0.0964	-0.0742	-0.0329	0.0158	-0.0936	-0.1697	0.0434	0.0762	0.0108	0.0262	0.1147	0.0086	0.0737	-38.454	-0.068	15.407
12	3.6631	3.5921	3.1013	5.9982	0.8838	4.5965	0.0109	-0.1065	0.2095	-0.0899	0.0312	0.4202	0.066	-0.3892	-0.0421	0.0277	0.039	0.0335	0.4105	0.0017	0.1272	-53.105	-4.862	21.416
13	12.2408	-3.4938	-4.6113	9.5429	-2.7162	10.9403	0.6229	0.231	0.3894	0.0226	-0.1632	0.0278	-0.7201	-0.3873	-0.4597	0.0577	0.0326	0.0389	0.1697	-0.0198	0.0867	-55.454	3.227	26.998
14	0.9455	-1.352	-2.0652	2.5233	2.7201	4.6082	0.0172	0.1511	-0.0443	-0.1318	0.0086	0.3399	0.0087	-0.384	-0.0258	0.0859	-0.0218	-0.0041	0.3163	0.0186	0.2071	-56.134	-2.677	29.164
15	6.4703	1.8231	-3.9112	3.9324	-0.6592	2.4419	-0.2928	0.4686	-0.0818	-0.0882	0.1851	0.0578	0.2081	-0.3001	0.1077	0.0998	-0.0194	0.0521	0.2592	-0.0337	0.1243	-56.73	-9.703	31.248
16	1.8124	0.8718	-1.7833	1.2016	-0.0631	2.574	-0.1632	0.0124	-0.2052	-0.0319	-0.0389	-0.0907	0.2275	-0.086	0.2021	0.094	-0.0262	0.0607	0.1167	0.0113	0.1188	-47.978	-14.291	29.253
17	4.9643	2.5857	-4.7466	2.1267	-2.6285	5.9516	0.1071	-0.2314	0.0852	-0.0479	-0.0655	0.0142	-0.0859	0.458	-0.0416	0.0812	-0.0105	0.0492	0.1452	0.0078	0.0838	-23.164	-0.802	9.175
18	3.5787	0.9201	-3.5224	0.6288	-0.6843	3.9887	0.1038	-0.2083	0.1703	0.0279	-0.001	0.0261	-0.0954	0.2271	-0.1028	0.0627	0.0009	0.0316	0.1578	0.0096	0.0739	-33.955	-0.376	26.02
19	5.8405	3.5601	-1.5908	2.6966	-0.6241	2.1708	0.0514	0.2173	0.3964	0.0814	0.0598	0.2315	-0.1058	-0.2337	-0.1111	0.0557	0.0346	0.0482	0.1429	0.0234	0.0866	-51.355	-1.814	33.737
20	6.4211	-0.0611	-4.2524	0.3294	0.3885	4.8965	-0.0274	-0.3417	0.0125	0.0077	0.1129	-0.0644	-0.0989	0.6457	-0.0855	0.0256	-0.027	0.0284	0.2669	-0.0252	0.0666	-17.602	0.807	17.952
21	7.3195	0.8694	-2.2406	0.3885	0.4606	5.1454	0.0142	-0.7699	-0.4339	0.0153	-0.0755	-0.1162	-0.1802	0.603	0.0614	0.0541	-0.0135	0.0256	0.4847	-0.0073	0.0972	-17.78	-0.722	23.349

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	15 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	30 - 45
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	46 - 70
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	71 - 91
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	92 - 107
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	108 - 119
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	120 - 129
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	134 - 148
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	149 - 158
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	159 - 174
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	175 - 181
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	182 - 186
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	187 - 192
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	193 - 199
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	200 - 217
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	218 - 235
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	236 - 258
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	259 - 268
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	269 - 284
21	X-RAY DIFFRACTION	21	A	285 - 299

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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