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万見
- PDB-6u1a: Crystal Structure of Fluorescent Protein FusionRed -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u1a
タイトルCrystal Structure of Fluorescent Protein FusionRed
要素Red fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / alternative routes of post-translational modifications / hydrolysis
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta / NICKEL (II) ION
機能・相同性情報
生物種Entacmaea quadricolor (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.09 Å
データ登録者Pletnev, S. / Muslinkina, L. / Pletneva, N. / Pletnev, V.Z.
資金援助 米国, ロシア, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)HHSN261200800001E 米国
Russian Foundation for Basic Research19-04-00107 ロシア
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: Two independent routes of post-translational chemistry in fluorescent protein FusionRed.
著者: Muslinkina, L. / Pletnev, V.Z. / Pletneva, N.V. / Ruchkin, D.A. / Kolesov, D.V. / Bogdanov, A.M. / Kost, L.A. / Rakitina, T.V. / Agapova, Y.K. / Shemyakina, I.I. / Chudakov, D.M. / Pletnev, S.
履歴
登録2019年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Red fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8816
ポリマ－25,6061
非ポリマー2755
水6,575365
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.015, 55.261, 89.347
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Red fluorescent protein


分子量: 25605.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entacmaea quadricolor (イソギンチャク)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 5 mM CoCl2, 5 mM NiCl2, 5mM CdCl2, 5mM MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5, 12% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.09→30 Å / Num. obs: 92579 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.054 / Χ2: 0.988 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 633565
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.09-1.135.50.56885780.8460.250.6230.71692.5
1.13-1.176.60.41492360.9290.170.4480.763100
1.17-1.236.90.3192740.9640.1250.3340.818100
1.23-1.2970.23292830.9790.0930.2510.877100
1.29-1.377.10.17192880.9870.0680.1841.007100
1.37-1.487.20.11992890.9930.0470.1291.078100
1.48-1.637.20.07993720.9970.0310.0861.133100
1.63-1.867.30.06593960.9970.0260.071.187100
1.86-2.356.60.04693110.9990.0190.051.12798.4
2.35-306.80.03695520.9980.0150.0391.05897.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BXA

3bxa


解像度: 1.09→27.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.98 / SU B: 0.882 / SU ML: 0.019 / SU R Cruickshank DPI: 0.0256 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.026
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1467 1861 2 %RANDOM
Rwork0.1267 ---
obs0.1271 90642 98.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 207.39 Å2 / Biso mean: 16.38 Å2 / Biso min: 7.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å2-0 Å2
2--0.59 Å2-0 Å2
3----0.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.09→27.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1747 0 5 366 2118
Biso mean--17.37 30.96 -
残基数----221
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0132041
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0130.0171831
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5591.6952791
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.1411.5984293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5665263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.6623.204103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.81615352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8481510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0180.022420
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.02444
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr20.80433872
LS精密化 シェル解像度: 1.09→1.118 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 106 -
Rwork0.27 5945 -
all-6051 -
obs--88.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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