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- PDB-6u18: Directed evolution of a biosensor selective for the macrolide ant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u18
タイトルDirected evolution of a biosensor selective for the macrolide antibiotic clarithromycin
要素Erythromycin resistance repressor protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN/ANTIBIOTIC / macrolide / biosensor / DNA-binding / DNA BINDING PROTEIN-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CLARITHROMYCIN / CITRATE ANION / Erythromycin resistance repressor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Li, Y. / Reed, M. / Wright, H.T. / Cropp, T.A. / Williams, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124112 米国
引用
ジャーナル: Acs Synth Biol / 年: 2021
タイトル: Development of Genetically Encoded Biosensors for Reporting the Methyltransferase-Dependent Biosynthesis of Semisynthetic Macrolide Antibiotics.
著者: Li, Y. / Reed, M. / Wright, H.T. / Cropp, T.A. / Williams, G.J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure and function of the macrolide biosensor protein, MphR(A), with and without erythromycin.
著者: Zheng, J. / Sagar, V. / Smolinsky, A. / Bourke, C. / LaRonde-LeBlanc, N. / Cropp, T.A.
履歴
登録2019年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Erythromycin resistance repressor protein
B: Erythromycin resistance repressor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8895
ポリマ－43,2042
非ポリマー1,6853
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5620 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area16680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.897, 53.161, 158.815
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Erythromycin resistance repressor protein / Macrolide 2'-phosphotransferase / Macrolide 2'-phosphotransferase MphR(A) / MphR(A) / MphR(A) ...Macrolide 2'-phosphotransferase / Macrolide 2'-phosphotransferase MphR(A) / MphR(A) / MphR(A) erythromycin resistance repressor protein / Regulator of macrolide 2'-phosphotransferase I / Repressor protein MphR(A) / TetR/AcrR family transcriptional regulator / Transcriptional regulator / TetR family


分子量: 21601.975 Da / 分子数: 2 / 変異: R122T, K132N, A151T, H184Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: mphR(A), mphR, A9R57_28010, ACN77_02555, ACN77_03810, ACN77_19745, AKG29_00740, AM465_27045, APT94_14580, B1K96_22845, B9M99_28120, B9N33_26285, B9T59_28650, BANRA_01808, BANRA_05330, ...遺伝子: mphR(A), mphR, A9R57_28010, ACN77_02555, ACN77_03810, ACN77_19745, AKG29_00740, AM465_27045, APT94_14580, B1K96_22845, B9M99_28120, B9N33_26285, B9T59_28650, BANRA_01808, BANRA_05330, BANRA_05395, BE963_00530, BEN53_26070, BET08_23460, BFD68_26430, BJJ90_27670, BK248_28255, BK292_28800, BK334_26705, BK373_25645, BK375_28450, BK383_16415, BK400_25090, BVL39_07785, BVL39_26565, C5N07_27930, C5P01_27745, C5P43_14800, C5P44_28315, C6669_28285, C6986_31345, C7235_25300, C7235_26770, CQP61_00550, CR538_26710, CRT43_27530, CRT46_27035, CWS33_26295, D0X26_00055, D0X26_28400, D3O91_28140, D9N32_01235, DB359_27590, DBY14_07355, DBY14_07475, DBY14_07595, DBY14_07715, DBY14_07835, DBY14_07955, DBY14_08075, DBY14_08195, DBY14_08400, DBY14_09000, DBY14_09120, DBY14_09240, DBY14_09360, DBY14_09480, DBY14_09600, DBY14_09720, DBY14_09840, DBY14_09960, DBY14_10080, DBY14_10200, DBY14_10320, DBY14_10440, DBY14_10560, DBY14_10680, DBY14_10800, DBY14_10920, DBY14_11040, DBY14_11160, DBY14_11280, DL545_01125, DL545_26270, DM102_26995, DM129_26600, DM129_28140, DNQ41_27340, DS732_30515, E4Z89_24290, Eco118UI_26585, ECONIH1_26780, ECTO124_05297, EGT48_01470, EIA21_26670, EJC48_00900, EJC75_00560, EJH97_25820, EPS71_24560, EQ823_24865, EQ830_27025, ERS085366_04056, ERS085404_05054, ERS150873_04751, ETN48_p0081, EVY21_24885, ExPECSC022_02556, ExPECSC036_03428, ExPECSC065_05093, EXX13_27025, EYD11_23970, FORC82_p029, HmCmsJML146_04799, HMPREF3040_01640, MS6198_B124, MS8345_A00020, NCTC13846_04922, U12A_A00163, U14A_A00115, UN86_19865, YDC107_4984
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EVJ6
#2: 化合物 ChemComp-CTY / CLARITHROMYCIN / クラリスロマイシン


分子量: 747.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H69NO13 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H5O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.64 % / 解説: elongated flat plate with beveled end
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 10% PEG3350, 0.1 M ammonium citrate dibasic / PH範囲: 5.3 - 5.7

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5419 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月6日 / 詳細: Rigaku Varimax-HF Arc
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.14 Å / Num. obs: 25434 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 23.91 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.292 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique obs: 1883 / CC1/2: 0.959 / Rpim(I) all: 0.132 / Rrim(I) all: 0.321 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
CrysalisPro40-64.40aデータ収集
CrysalisPro40-64.40aデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASERPhenix位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3G56

3g56


解像度: 2→29.14 Å / SU ML: 0.2052 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.6185 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2207 1308 5.15 %
Rwork0.2019 24066 -
obs0.2029 25374 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2806 0 117 135 3058
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042991
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61434101
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0374487
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032515
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.90861743
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.080.29111390.23472633X-RAY DIFFRACTION99.96
2.08-2.170.23521240.21542647X-RAY DIFFRACTION99.96
2.17-2.290.24431600.2062618X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.430.26011580.21072623X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.620.21821500.20492643X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.880.24981490.21542658X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.30.25051310.22242692X-RAY DIFFRACTION99.65
3.3-4.160.1851410.18732696X-RAY DIFFRACTION99.72
4.16-29.140.18941560.18242856X-RAY DIFFRACTION99.74
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.45628642433-0.0918977118840.1628969874840.178348389099-0.161588824160.161329947227-0.00741809745683-0.05484476292990.0121091840407-0.0127562897868-0.0265039203767-0.05572975121010.06815034437350.0430008171825-2.19151803655E-60.277707673744-0.00925810786718-0.02561967724360.1957369435940.006625053795860.2051271028923.544478626-0.37993476945729.9189657136
20.134113994919-0.1226224917380.1606225895280.215411213848-0.1651190207910.1955558782690.0244960223821-0.1567637945530.0450756335434-0.0419468796681-0.00133743766053-0.08307622823280.0922141661488-0.04421703059861.40037000163E-50.232003212829-0.0466672287826-0.0226846783110.2933393745530.01679005860320.23000698783212.55393805385.1336915552427.0232964446
30.0675864595984-0.04573617924880.05279654159130.0368799805507-0.00959588924910.150688336312-0.07338825976310.0161460855770.035195854746-0.01139122944220.017914328272-0.02167946664660.00794997102076-0.0437568762898-0.0009645821998730.154817551302-0.0422868024848-0.04026755187990.213088652748-0.0143459537710.18972565693610.721115018519.901048860221.3778594341
41.10792636573-0.492269938911-0.5863387202880.8599669501380.5046520365090.5835908349680.2414467832310.0582423233991-0.111651675092-0.0765493157767-0.121508641565-0.08122211037960.259730063315-0.1123405407670.5524100291130.327925560898-0.00740727031665-0.1349687295610.131453274801-0.01370341176020.2321936083383.01349074539-5.91442482461-1.44473768578
50.0461885431514-0.00395083567994-0.01524483152260.0104506177378-0.01158017198520.02157062168660.0656741129079-0.1899952595050.00970818144549-0.2021961612-0.05135662122690.02215043593450.0764576331006-0.2777961970164.04066310476E-50.174988263289-0.00891005667362-0.01356985264740.233539368339-0.0257621134150.269543401064-10.259836081415.775004941313.0302780352
60.0310485902476-0.03463982419790.005971896985040.0438937684381-0.01176383576860.006014626323990.107063971070.01834050813620.06449411813910.123709841581-0.005312111082860.0299475959620.1635404757910.0189060418232.11829051747E-50.308496207054-0.0854164261359-0.04219472465390.2753926092470.03900516692270.2818605738786.34004055251-1.6123745270912.3297490233
70.461320434516-0.2346811987970.3661595980940.440506183747-0.04918368019260.3509877656080.02087874143-0.232565108430.0285725344513-0.0893296697675-0.0343703760828-0.004016648232630.00920752434212-0.100422366340.001978178321410.152859939351-0.0444092757729-0.02428200616650.212368275897-0.01345473545150.2035777916560.27812938377214.808432808315.5554732465
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 91)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 92 through 141)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 142 through 190)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 8 through 71)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 72 through 92)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 93 through 112)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 113 through 188)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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