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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6u11 | |||||||||
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タイトル | Xenopus laevis N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA) (C46S C219S C453S C480S C486S) with CTD mostly flexible | |||||||||
![]() | EGF-like domain-containing protein | |||||||||
![]() | HYDROLASE / uncovering enzyme / mannose 6-phosphate / glycosidase / N-acetylglucosamine | |||||||||
機能・相同性 | Phosphodiester glycosidase / Phosphodiester glycosidase / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / : / EGF-like domain-containing protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the Mannose-6-Phosphate Uncovering Enzyme. 著者: Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 170.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 108.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 54264.148 Da / 分子数: 1 / 変異: C96S, I191M, C269S, L301I, C503S, C530S, C536S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: XELAEV_18011890mg 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A1L8HDP6 |
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-糖 , 3種, 3分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 2種, 152分子 ![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-K / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.56 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: potassium formate, tris pH 8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→42.45 Å / Num. obs: 36872 / % possible obs: 71.47 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 41.41 Å2 / CC1/2: 0.97 / Rrim(I) all: 0.204 / Net I/σ(I): 5.92 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2430 / CC1/2: 0.573 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6PKG 解像度: 2.7→42.45 Å / SU ML: 0.2856 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.6597
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→42.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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