PDB-6u0k: TTBK2 kinase domain in complex with Compound 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u0k

タイトル

TTBK2 kinase domain in complex with Compound 1

要素

Tau-tubulin kinase 2

キーワード

TRANSFERASE / TTBK2

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of protein localization to microtubule / negative regulation of microtubule binding / cerebellar granular layer development / cerebellar granule cell precursor tangential migration / ciliary transition zone / negative regulation of microtubule depolymerization / microtubule plus-end binding / smoothened signaling pathway / tau-protein kinase activity / kinesin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.744 Å

データ登録者

Marcotte, D.J. / Chodaparambil, J.V.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: The crystal structure of the catalytic domain of tau tubulin kinase 2 in complex with a small-molecule inhibitor
著者: Marcotte, D.J. / Spilker, K.A. / Wen, D. / Hesson, T. / Patterson, T.A. / Kumar, R. / Chodaparambil, J.V.

履歴

登録	2019年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6u0k.cif.gz	255.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6u0k.ent.gz	204.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6u0k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6u0k_validation.pdf.gz	395.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6u0k_full_validation.pdf.gz	400.5 KB	表示
XML形式データ	6u0k_validation.xml.gz	2.6 KB	表示
CIF形式データ	6u0k_validation.cif.gz	11 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/6u0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/6u0k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4btkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4nfn-d 6vrf-2 6vrf-1 4btj-2 4f8c-2 6gro-d 2chl-d 3uys-3 3lw0-4 1c9y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Tau-tubulin kinase 2

A: Tau-tubulin kinase 2

ヘテロ分子

70.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Tau-tubulin kinase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
35.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Tau-tubulin kinase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.230, 114.680, 118.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 8 through 14 or resid 16...
2	1	(chain B and (resid 8 through 14 or resid 16...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain A and (resid 8 through 14 or resid 16...	A	8 - 14
1	2	1	(chain A and (resid 8 through 14 or resid 16...	A	16 - 102
1	3	1	(chain A and (resid 8 through 14 or resid 16...	A	104 - 105
1	4	1	(chain A and (resid 8 through 14 or resid 16...	A	106
1	5	1	(chain A and (resid 8 through 14 or resid 16...	A	8 - 901
1	6	1	(chain A and (resid 8 through 14 or resid 16...	A	8 - 901
1	7	1	(chain A and (resid 8 through 14 or resid 16...	A	8 - 901
1	8	1	(chain A and (resid 8 through 14 or resid 16...	A	8 - 901
1	9	1	(chain A and (resid 8 through 14 or resid 16...	A	8 - 901
2	1	1	(chain B and (resid 8 through 14 or resid 16...	B	8 - 14
2	2	1	(chain B and (resid 8 through 14 or resid 16...	B	16 - 17
2	3	1	(chain B and (resid 8 through 14 or resid 16...	B	8 - 601
2	4	1	(chain B and (resid 8 through 14 or resid 16...	B	8 - 601
2	5	1	(chain B and (resid 8 through 14 or resid 16...	B	8 - 601
2	6	1	(chain B and (resid 8 through 14 or resid 16...	B	8 - 601
2	7	1	(chain B and (resid 8 through 14 or resid 16...	B	8 - 601
2	8	1	(chain B and (resid 8 through 14 or resid 16...	B	8 - 601

#1: タンパク質	Tau-tubulin kinase 2 分子量: 34453.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTBK2, KIAA0847 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q6IQ55, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-DTQ / 4-[3-HYDROXYANILINO]-6,7-DIMETHOXYQUINAZOLINE / WHI-P-180 分子量: 297.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₅N₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.71 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2M Sodium Potassium Phosphate and 10% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→50 Å / Num. obs: 147854 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 16.75
反射シェル	解像度: 1.74→1.84 Å / Num. unique obs: 23350 / CC_1/2: 0.46 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BTK

4btk

解像度: 1.744→46.46 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.71 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2329	3888	5 %
R_work	0.1909	73866	-
obs	0.193	77754	98.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 132.36 Å² / B_iso mean: 40.546 Å² / B_iso min: 18.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.744→46.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4573	0	96	420	5089
B_iso mean	-	-	66.26	46.91	-
残基数	-	-	-	-	582

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1686	X-RAY DIFFRACTION	7.093	TORSIONAL
1	2	B	1686	X-RAY DIFFRACTION	7.093	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.7441-1.7654	0.4281	120	0.3699	2279	86
1.7654-1.7877	0.3179	138	0.3174	2620	100
1.7877-1.8113	0.3437	138	0.3029	2611	98
1.8113-1.8361	0.3643	136	0.2904	2608	99
1.8361-1.8623	0.3304	136	0.2697	2592	98
1.8623-1.8901	0.2714	136	0.2639	2577	97
1.8901-1.9196	0.3113	139	0.2614	2647	100
1.9196-1.9511	0.3288	137	0.2577	2603	98
1.9511-1.9848	0.3148	140	0.2548	2655	100
1.9848-2.0208	0.2736	139	0.226	2631	99
2.0208-2.0597	0.2757	138	0.2194	2635	100
2.0597-2.1018	0.246	139	0.2	2631	99
2.1018-2.1475	0.2579	140	0.1985	2659	100
2.1475-2.1974	0.2744	138	0.2015	2621	99
2.1974-2.2524	0.2429	139	0.1952	2653	99
2.2524-2.3133	0.2276	139	0.1916	2643	100
2.3133-2.3813	0.2415	140	0.1879	2659	100
2.3813-2.4582	0.2159	141	0.2023	2678	100
2.4582-2.546	0.2857	141	0.2065	2666	100
2.546-2.648	0.2171	134	0.2124	2555	96
2.648-2.7685	0.2875	141	0.2074	2671	99
2.7685-2.9144	0.2339	141	0.1988	2679	100
2.9144-3.097	0.2344	142	0.2022	2700	100
3.097-3.336	0.2784	141	0.195	2688	100
3.336-3.6716	0.2022	142	0.1713	2693	99
3.6716-4.2026	0.2015	142	0.1582	2689	99
4.2026-5.2936	0.181	138	0.1456	2632	95
5.2936-10	0.2046	153	0.1828	2891	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0717	1.671	-0.0236	2.3359	0.2201	1.6167	-0.1403	0.2447	0.0008	-0.3309	0.1204	0.0117	-0.406	0.1693	-0.0006	0.3359	-0.0279	-0.0657	0.2593	0.0627	0.2471	16.4655	12.6858	-2.4262
2	1.6238	-0.571	-1.0509	8.5695	7.054	6.8654	0.072	0.3136	-0.0948	-0.472	-0.1731	0.043	-0.3388	-0.3574	0.1499	0.285	-0.0135	-0.0747	0.2958	0.0491	0.2378	10.2715	3.4221	-6.0276
3	2.2572	0.0783	-0.3772	1.959	0.1313	2.5902	-0.0646	-0.0744	-0.4082	0.1259	-0.0904	-0.0432	0.1983	0.0657	0.1504	0.204	-0.0206	-0.0243	0.2101	0.0636	0.3109	8.9325	-6.4164	7.3096
4	5.7999	-0.6071	2.2919	2.3076	-0.1295	3.5868	-0.1995	-0.2796	0.3947	-0.2856	0.0267	0.258	-0.5654	-0.2168	0.1654	0.476	0.0298	-0.0044	0.221	0.0568	0.3457	20.9494	37.2044	13.53
5	3.1011	-0.5101	0.9216	1.9263	1.0777	3.312	0.0574	-0.0394	0.1331	-0.2669	-0.0038	0.1049	-0.1114	0.168	-0.0292	0.2097	-0.049	0.0148	0.1992	-0.0014	0.1823	31.0163	27.3837	25.7576
6	3.5677	-1.2392	0.2436	2.562	0.1808	1.6563	0.0686	-0.4494	-0.0494	0.0618	0.068	0.0625	0.0435	0.0382	-0.117	0.1898	-0.0369	-0.0169	0.2533	-0.0092	0.1609	33.1777	21.3364	36.6503

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 8 through 149 )	B	8 - 149
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 150 through 186 )	B	150 - 186
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 187 through 299 )	B	187 - 299
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 8 through 95 )	A	8 - 95
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 96 through 186 )	A	96 - 186
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 187 through 298 )	A	187 - 298

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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