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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6u09 | ||||||
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タイトル | Discovery of Lysine-Targeted eIF4E Inhibitors through Covalent Docking | ||||||
![]() | Eukaryotic translation initiation factor 4E | ||||||
![]() | TRANSLATION/INHIBITOR / cap-binding site / anti-neoplastic / inhibitor / translation initiation blocking / TRANSLATION-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Deadenylation of mRNA / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / ISG15 antiviral mechanism / mTORC1-mediated signalling / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression ...Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Deadenylation of mRNA / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / ISG15 antiviral mechanism / mTORC1-mediated signalling / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / eukaryotic initiation factor 4G binding / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / chromatoid body / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / mRNA cap binding / RNA 7-methylguanosine cap binding / nuclear export / RISC complex / postsynaptic cytosol / stem cell population maintenance / negative regulation of neuron differentiation / behavioral fear response / mRNA export from nucleus / translational initiation / translation initiation factor activity / positive regulation of mitotic cell cycle / cellular response to dexamethasone stimulus / P-body / neuron differentiation / cytoplasmic stress granule / G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of translation / postsynapse / DNA-binding transcription factor binding / nuclear body / negative regulation of translation / nuclear speck / translation / glutamatergic synapse / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / protein-containing complex / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wan, X.B. / Shoichet, B.K. / Taunton, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Discovery of Lysine-Targeted eIF4E Inhibitors through Covalent Docking. 著者: Wan, X. / Yang, T. / Cuesta, A. / Pang, X. / Balius, T.E. / Irwin, J.J. / Shoichet, B.K. / Taunton, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 316.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 257.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 524.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 531.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22145.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: covalent lysine inhibitor / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-EI9 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.84 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 7.2 / 詳細: HEPES, MPD, PEG 6K, NDSB-256 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月30日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.12011 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.13→146.99 Å / Num. obs: 202752 / % possible obs: 66.2 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 28.59 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 674897 / Scaling rejects: 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4DT6 解像度: 1.79→73.525 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.16 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 117.01 Å2 / Biso mean: 43.6788 Å2 / Biso min: 15.69 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.79→73.525 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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