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万見
- PDB-6u05: Crystal Structure of Fungal RNA Kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u05
タイトルCrystal Structure of Fungal RNA Kinase
要素tRNA ligase
キーワードTRANSFERASE / RNA ligase / RNA repair / polynucleotide kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP-dependent polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / RNA ligase (ATP) / RNA ligase (ATP) activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / phosphoric diester hydrolase activity / endonuclease activity / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
tRNA ligase Trl1, fungi / tRNA ligase, phosphodiesterase / tRNA ligase, kinase domain, fungi / Fungal tRNA ligase phosphodiesterase domain / tRNA ligase kinase domain / T4 RNA ligase 1, N-terminal / RNA ligase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.948 Å
データ登録者Shuman, S. / Goldgur, Y. / Banerjee, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM42498 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Atomic structures of the RNA end-healing 5'-OH kinase and 2',3'-cyclic phosphodiesterase domains of fungal tRNA ligase: conformational switches in the kinase upon binding of the GTP phosphate donor.
著者: Banerjee, A. / Goldgur, Y. / Schwer, B. / Shuman, S.
履歴
登録2019年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1084
ポリマ－49,5461
非ポリマー5623
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.747, 44.690, 79.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.530, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 tRNA ligase


分子量: 49545.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
株: SC5314 / ATCC MYA-2876
遺伝子: LIG1, RLG1, TRL1, CAALFM_C702060WA, CaJ7.0238, CaO19.13864, CaO19.6511
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P43075, RNA ligase (ATP)
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M KH2PO4, 20% PEG3350 / Temp details: ambient

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.948→50 Å / Num. obs: 38436 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 1.387 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.95-1.982.70.55616520.8630.3560.6631.18183.1
1.98-2.022.80.54417340.8640.3460.6481.09387.4
2.02-2.0630.51418050.8350.3240.6111.14793.2
2.06-2.13.10.46819140.8930.2930.5551.15996.3
2.1-2.153.30.38719110.940.2370.4561.17595.6
2.15-2.23.50.40618450.9390.2380.4741.21594.3
2.2-2.254.10.36119320.9640.1950.4121.21697.7
2.25-2.314.30.30319650.9760.1590.3431.23299.3
2.31-2.384.30.28119670.9750.1460.3181.26998.9
2.38-2.464.30.21819720.9840.1140.2471.2999
2.46-2.544.30.19719610.9820.1030.2241.28599.3
2.54-2.654.20.15219640.990.0810.1731.31298.5
2.65-2.7740.12519640.990.0690.1431.31297.8
2.77-2.914.20.10418770.9920.0550.1181.41894.8
2.91-3.14.40.08319910.9960.0430.0941.53499.4
3.1-3.334.40.06819800.9960.0350.0771.67899.4
3.33-3.674.20.05520110.9970.0290.0621.81299.5
3.67-4.240.04318980.9980.0230.0491.83694.7
4.2-5.294.40.03620410.9990.0180.0411.60899.9
5.29-504.10.03220520.9990.0170.0371.39497.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
SOLOMON位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5U32

5u32


解像度: 1.948→39.675 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2213 2011 5.24 %
Rwork0.1852 --
obs0.187 38346 95.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 152.93 Å2 / Biso mean: 52.7025 Å2 / Biso min: 21.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.948→39.675 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3347 0 34 168 3549
Biso mean--37.63 48.81 -
残基数----413
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9483-1.99710.38451110.3165193072
1.9971-2.05110.33161350.2869242490
2.0511-2.11140.31171440.2559257795
2.1114-2.17960.31251450.2408253794
2.1796-2.25740.29811500.2229263097
2.2574-2.34780.24961400.2128270499
2.3478-2.45470.2361470.2057265799
2.4547-2.58410.21371320.1958268099
2.5841-2.74590.24611640.1984269199
2.7459-2.95790.22161480.1941259696
2.9579-3.25540.2431490.1837272799
3.2554-3.72620.1981530.1739273199
3.7262-4.69340.18411400.148265496
4.6934-39.670.18381530.1669279798
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.8886-0.7788-2.46411.98730.34263.1656-0.1619-0.0928-0.05610.00570.0793-0.04550.1455-0.01970.06190.3106-0.0420.02380.2211-0.05190.286824.55696.71219.1603
20.4265-0.2883-0.00250.19110.00270.0272-0.1362-0.07510.26720.06150.25880.5542-0.3627-0.3089-0.12690.55960.0634-0.06030.64280.22490.904143.5064-14.760523.9033
33.1448-0.4573-0.61132.14630.47863.17110.02520.2694-0.0203-0.2090.01240.228-0.164-0.4605-0.05440.27260.017-0.01050.27510.04180.265671.3023-27.10927.32
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 409 through 626 )A409 - 626
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 627 through 653 )A627 - 653
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 654 through 832 )A654 - 832

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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