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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6u05 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Fungal RNA Kinase | ||||||
![]() | tRNA ligase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / RNA ligase / RNA repair / polynucleotide kinase | ||||||
Function / homology | ![]() GTP-dependent polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / RNA ligase (ATP) / RNA ligase (ATP) activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / phosphoric diester hydrolase activity / endonuclease activity / ATP binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shuman, S. / Goldgur, Y. / Banerjee, A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Atomic structures of the RNA end-healing 5'-OH kinase and 2',3'-cyclic phosphodiesterase domains of fungal tRNA ligase: conformational switches in the kinase upon binding of the GTP phosphate donor. Authors: Banerjee, A. / Goldgur, Y. / Schwer, B. / Shuman, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 192.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 149.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6tzmC ![]() 6tzoC ![]() 6tzxC ![]() 6u00C ![]() 6u03C ![]() 5u32S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 49545.871 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: SC5314 / ATCC MYA-2876 Gene: LIG1, RLG1, TRL1, CAALFM_C702060WA, CaJ7.0238, CaO19.13864, CaO19.6511 Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P43075, RNA ligase (ATP) |
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#2: Chemical | ChemComp-GDP / |
#3: Chemical | ChemComp-MG / |
#4: Chemical | ChemComp-PO4 / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2M KH2PO4, 20% PEG3350 / Temp details: ambient |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 24, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.948→50 Å / Num. obs: 38436 / % possible obs: 96.3 % / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 1.387 / Net I/σ(I): 7.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5U32 Resolution: 1.948→39.675 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.01
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 152.93 Å2 / Biso mean: 52.7025 Å2 / Biso min: 21.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.948→39.675 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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