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万見
- PDB-6tzs: A DNA i-motif/duplex hybrid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tzs
タイトルA DNA i-motif/duplex hybrid
要素DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*CP*TP*GP*(CBR)P*AP*A)-3')
キーワードDNA / i-motif / duplex / quadruplex / hybrid / noncanonical
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Chu, B. / Paukstelis, P.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1149665 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: A DNA G-quadruplex/i-motif hybrid.
著者: Chu, B. / Zhang, D. / Paukstelis, P.J.
履歴
登録2019年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*CP*TP*GP*(CBR)P*AP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*CP*TP*GP*(CBR)P*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8442
ポリマ－6,8442
非ポリマー00
水1267
1
A: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*CP*TP*GP*(CBR)P*AP*A)-3')

A: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*CP*TP*GP*(CBR)P*AP*A)-3')

B: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*CP*TP*GP*(CBR)P*AP*A)-3')

B: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*CP*TP*GP*(CBR)P*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6884
ポリマ－13,6884
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_454-x-1/2,y,-z-1/41
crystal symmetry operation11_564-y+1/2,x+1,z-1/41
crystal symmetry operation15_465y-1,x+1,-z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area9390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.520, 51.520, 111.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-105-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*CP*TP*GP*(CBR)P*AP*A)-3')


分子量: 3422.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.53 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 15% MPD, 120 mM calcium chloride, 20 mM lithium chloride, 8 mM spermidine, 30 mM sodium cacodylate; Equilibrated against 20% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.9187 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→55.8 Å / Num. obs: 2540 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / CC1/2: 0.743 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.182 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 30879 / Scaling rejects: 36
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 1.82 / Num. measured all: 3740 / Num. unique obs: 294 / CC1/2: 0.233 / Rpim(I) all: 0.526 / Rrim(I) all: 1.895 / Net I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→46.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.822 / SU B: 17.568 / SU ML: 0.357 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.71 / ESU R Free: 0.404
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3165 254 10.1 %RANDOM
Rwork0.2665 ---
obs0.2727 2272 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.19 Å2 / Biso mean: 46.873 Å2 / Biso min: 17.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å2-0 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→46.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 446 0 7 453
Biso mean---38.81 -
残基数----22
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.011500
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02244
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6151.303768
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6273576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02122
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.485 16 -
Rwork0.446 168 -
all-184 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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