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- PDB-6tzc: Crystal Structure of African Swine Fever Virus A179L with the Aut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tzc
タイトルCrystal Structure of African Swine Fever Virus A179L with the Autophagy Regulator Beclin
要素
  • Apoptosis regulator Bcl-2 homolog
  • Beclin-1
  • Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/APOPTOSIS / Apoptosis / Autophagy / Bcl-2 virus / STRUCTURAL PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN-APOPTOSIS complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / BH domain binding / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / symbiont-mediated suppression of host autophagy / early endosome to late endosome transport / late endosome to vacuole transport / phagophore assembly site / cellular response to nitrogen starvation ...phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / BH domain binding / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / symbiont-mediated suppression of host autophagy / early endosome to late endosome transport / late endosome to vacuole transport / phagophore assembly site / cellular response to nitrogen starvation / host cell endoplasmic reticulum / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / autophagosome assembly / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / host cell mitochondrion / maltodextrin transmembrane transport / phosphatidylinositol 3-kinase binding / cellular response to glucose starvation / mitophagy / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / positive regulation of autophagy / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / autophagosome / regulation of cytokinesis / cell chemotaxis / macroautophagy / mitochondrial membrane / autophagy / outer membrane-bounded periplasmic space / protein-macromolecule adaptor activity / regulation of apoptotic process / defense response to virus / periplasmic space / endosome membrane / cell division / apoptotic process / DNA damage response / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. ...Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Apoptosis regulator Bcl-2 homolog / Beclin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Banjara, S. / Kvansakul, M. / Hinds, M.G.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)FT130101349 オーストラリア
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of African Swine Fever Virus A179L with the Autophagy Regulator Beclin.
著者: Banjara, S. / Shimmon, G.L. / Dixon, L.K. / Netherton, C.L. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M.
履歴
登録2019年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
B: Apoptosis regulator Bcl-2 homolog
C: Beclin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9994
ポリマ－61,6573
非ポリマー3421
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2990 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area22390 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)54.565, 44.347, 129.022
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.532, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP


分子量: 40684.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9
#2: タンパク質 Apoptosis regulator Bcl-2 homolog


分子量: 18126.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus (strain Badajoz 1971 Vero-adapted) (ウイルス)
株: Badajoz 1971 Vero-adapted / 遺伝子: Ba71V-041, A179L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42485
#3: タンパク質・ペプチド Beclin-1


分子量: 2845.193 Da / 分子数: 1 / Fragment: BH3 motif, residues 103-128 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q4A1L5
#4: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 % / 解説: Thin Plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→51.59 Å / Num. obs: 24021 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 34.28 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2.41→2.47 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2373 / CC1/2: 0.48 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMBER1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UA5

5ua5


解像度: 2.41→51.58 Å / SU ML: 0.3476 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 27.2483
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2527 1182 4.92 %
Rwork0.2139 22839 -
obs0.2159 24021 98.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→51.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4140 0 23 126 4289
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00474297
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59035849
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0439655
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032749
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.32031550
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.41-2.520.32981320.30122829X-RAY DIFFRACTION98.5
2.52-2.650.36041420.27852817X-RAY DIFFRACTION99.13
2.65-2.820.30611240.26262858X-RAY DIFFRACTION98.61
2.82-3.030.29921760.24712807X-RAY DIFFRACTION99.14
3.03-3.340.2631640.23792851X-RAY DIFFRACTION99.83
3.34-3.820.25191460.19282857X-RAY DIFFRACTION99.57
3.82-4.810.18771530.16632862X-RAY DIFFRACTION98.69
4.82-51.580.2281450.19112958X-RAY DIFFRACTION98.01
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.33282671775-0.738900472331-0.6170219449921.42702698612-0.5048234772762.287987973990.1144280031460.2727044004510.518270361150.0327508698150.132116630050.0240583204576-0.389337281403-0.194810711469-0.2046112113080.3234318713990.00698738967261-0.01226605694370.2906983299620.0637495444510.360083349024-15.447598951-6.10298838892-27.0462563021
20.804406382105-0.353928415017-0.02725773923840.9276381486430.5846141105661.82312774227-0.002290573455120.189760360759-0.6228943698050.2451367247180.0596219930627-0.4393263708070.6748415000880.313025512562-0.09887856909140.3655686950010.05782481552120.0599228483140.366650207287-0.03094903527120.542794103857-8.58986784656-22.083655068-30.1412261445
31.117577630290.645660779978-0.9097695491551.91958384234-1.346363448211.30468502999-0.06820681521680.7272201589290.103699488207-0.4885331574430.1647570537130.06000612196950.142796833157-0.108950882572-0.04864689141360.53484153747-0.02318640245660.01139299798040.8239542160740.03747365303650.357122252626-5.31616509006-3.28799332697-54.7843548128
41.304501769140.462985923298-0.1073457635272.07880171089-0.08637131801430.78649273741-0.2711233031220.33328774327-0.3769013753560.138820249510.0407032983360.00343162983586-0.06122518373210.5659609255390.2014750574540.4395128615920.0944690267880.07663479517790.9765692267280.1246975695880.4362597561778.89580535765-4.00473724388-49.0511779071
51.782773161190.376664424422-0.9011756315041.10173341129-0.8571902528221.94845766113-0.02396252618240.6740394066980.00362699757837-0.297396280660.133415191270.1143979516420.0123114097755-0.280100524197-0.0288577486610.3667710319730.00756618355896-0.01965837246010.530070435093-0.01096038264270.296421208601-13.9085305779-8.97983698733-44.9256526016
63.202887679340.4699573730810.3283112938832.6657670148-1.127670238191.981095790590.05211276259460.05187119675450.4064971971430.374195080601-0.0488204727939-0.133589018027-0.722749200540.799514852486-0.03604888654750.50378762251-0.0519814752045-0.02656098376970.727687983437-0.002088561392050.5807041502678.167329874541.7031418186-41.8405481553
76.6523416262-1.047534246151.075405057423.60010288198-0.3477722257743.11736467318-0.150111074896-0.1358790035380.5312400175330.01243768460580.08896896690690.0902022991886-0.03142260773360.09575311038270.1746870770390.247688184611-0.0133134132521-0.02805841946380.277290001239-0.02697423943890.36630312582913.2013394412-13.2462364202-3.75173751835
83.27172850123-0.505654314737-0.03094734011411.49479658933-0.1071370455141.72496595466-0.05631369346650.166902323139-0.1349392635750.02250862197220.009701610505270.0009730178339550.1446379001930.002610346154850.03764652814090.1976060392770.00264093213669-0.01547155712810.07280026118890.01479878184050.24389416234312.9503625115-20.5834832841-11.2344317066
98.06851265674-4.3548371041-2.44577281733.936482491571.585117001685.675363459440.1259300354270.0594763720698-0.978418999735-0.1477079097-0.00671012356819-0.4212787041830.431884875534-0.0585327739439-0.02503221336950.311681692275-0.0128267613188-0.02586410218990.2198122226410.05184568510260.6365990919066.64883584158-30.4076743385-5.85160180723
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 28 through 98 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 99 through 131 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 132 through 198 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 199 through 226 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 227 through 359 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 360 through 394 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 3 through 53 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 54 through 146 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 106 through 125 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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