[日本語] English
万見
- PDB-6tzb: Crystal structure of the A/Hong Kong/1/1968 (H3N2) influenza viru... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tzb
タイトルCrystal structure of the A/Hong Kong/1/1968 (H3N2) influenza virus hemagglutinin in complex with 6'-SLNLN
要素(Hemagglutinin ...) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6'-sialyl-N-acetyllactosamine / Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.243 Å
データ登録者Wu, N.C. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R56 AI127371 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1170236 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Major antigenic site B of human influenza H3N2 viruses has an evolving local fitness landscape.
著者: Wu, N.C. / Otwinowski, J. / Thompson, A.J. / Nycholat, C.M. / Nourmohammad, A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2019年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年3月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.country ..._chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
C: Hemagglutinin HA1 chain
D: Hemagglutinin HA2 chain
E: Hemagglutinin HA1 chain
F: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,94522
ポリマ－166,5546
非ポリマー8,39116
水16,556919
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area42880 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area58110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)210.401, 132.173, 72.468
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.930, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain B and resid 1 through 171)
21chain D
31chain F
12(chain A and resid 9 through 325)
22chain C
32chain E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYPHEPHE(chain B and resid 1 through 171)BB1 - 1711 - 171
21GLYGLYPHEPHEchain DDD1 - 1711 - 171
31GLYGLYPHEPHEchain FFF1 - 1711 - 171
12PROPROGLUGLU(chain A and resid 9 through 325)AA9 - 3251 - 317
22PROPROGLUGLUchain CCC9 - 3251 - 317
32PROPROGLUGLUchain EEE9 - 3251 - 317

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
Hemagglutinin ... , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA1 chain


分子量: 35320.781 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 27-345 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Hong Kong/1/1968 H3N2) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q91MA7
#2: タンパク質 Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 20197.312 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 346-521 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Hong Kong/1/1968 H3N2) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: H9XC94

-
糖 , 7種, 16分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1039.937 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAcb1-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-1-2-3/a4-b1_b3-c1_c4-d1_d6-e2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 6'-sialyl-N-acetyllactosamine


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 糖鎖要素 / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 6'-sialyl-N-acetyllactosamine
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b6-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 919分子

#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 919 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 6% PEG 8000, and 39% 2-methyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.243→50 Å / Num. obs: 93371 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 37.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 1.111 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
2.25-2.3460.895103550.6060.3970.9811.123
2.34-2.456.90.628103360.8460.260.6810.446
2.45-2.586.80.486103280.7630.2030.5270.674
2.58-2.746.70.318103270.9530.1340.3460.51
2.74-2.956.40.194103490.980.0830.2110.502
2.95-3.245.80.115103640.9810.0520.1260.66
3.24-3.716.70.078103770.9970.0330.0840.824
3.71-4.6870.049104110.9980.020.0531.018
4.68-506.30.039105240.9850.0170.0434.327

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000712データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FNK

4fnk


解像度: 2.243→39.748 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2069 4625 4.96 %
Rwork0.1572 --
obs0.1597 93317 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 148.21 Å2 / Biso mean: 49.0655 Å2 / Biso min: 15.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.243→39.748 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11520 0 559 919 12998
Biso mean--89.67 46.78 -
残基数----1469
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812378
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96916855
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571951
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062141
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7157333
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B2551X-RAY DIFFRACTION10.55TORSIONAL
12D2551X-RAY DIFFRACTION10.55TORSIONAL
13F2551X-RAY DIFFRACTION10.55TORSIONAL
21A4558X-RAY DIFFRACTION10.55TORSIONAL
22C4558X-RAY DIFFRACTION10.55TORSIONAL
23E4558X-RAY DIFFRACTION10.55TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.243-2.26850.28971260.2837261287
2.2685-2.29520.30121460.25882923100
2.2952-2.32320.30641470.23152938100
2.3232-2.35260.27951580.22322980100
2.3526-2.38350.25841560.19562937100
2.3835-2.41620.28621420.19192984100
2.4162-2.45070.26191610.18092927100
2.4507-2.48730.23741890.18622967100
2.4873-2.52610.25141780.18212923100
2.5261-2.56760.23361480.17752948100
2.5676-2.61180.22861640.17372961100
2.6118-2.65930.22931570.16412950100
2.6593-2.71040.21581720.16442936100
2.7104-2.76570.24251500.16133009100
2.7657-2.82590.22691400.16532956100
2.8259-2.89160.22811440.16553015100
2.8916-2.96390.23371530.16342959100
2.9639-3.0440.2261540.15972970100
3.044-3.13350.19311480.16042948100
3.1335-3.23460.2341460.16172956100
3.2346-3.35020.21581710.15692999100
3.3502-3.48420.20041460.14712962100
3.4842-3.64270.20241520.14362980100
3.6427-3.83460.20261640.14352947100
3.8346-4.07460.17631620.13362985100
4.0746-4.38890.17871520.12282991100
4.3889-4.82990.17391560.12252987100
4.8299-5.52720.16911560.13662980100
5.5272-6.95760.17151430.16263018100
6.9576-39.7480.18811440.1668304499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.83050.78150.18721.61811.39983.0192-0.1341-0.33340.40740.40340.0886-0.3002-0.12760.2465-0.12860.3870.0612-0.17230.5246-0.1720.53-14.656553.540738.9739
21.6193-0.177-0.45151.63750.11911.018-0.1010.0275-0.64580.0709-0.13930.10680.4565-0.33230.19470.4311-0.130.08560.38590.07330.4164-29.9325-8.592721.0427
30.80860.2540.36592.5109-0.05620.57440.0049-0.2950.04840.4276-0.07380.1240.0286-0.26660.08550.2534-0.04070.05350.38820.0220.1927-23.628617.106832.2873
42.6764-0.41990.26640.0948-0.27111.3201-0.1236-0.55750.98190.3956-0.0083-0.4139-0.22110.17430.11290.41750.036-0.16660.4027-0.1680.6185-10.055752.29139.7163
51.75330.8990.26411.18971.52173.297-0.091-0.42670.34730.61370.0652-0.3578-0.1978-0.08260.00870.53530.1434-0.20890.5195-0.19240.5184-21.63253.658445.7089
60.8021-0.16470.20191.80720.50341.016-0.1776-0.38390.40740.40880.1091-0.1793-0.2094-0.11560.01220.3780.0802-0.10110.4037-0.14540.3685-25.061551.974437.495
72.0308-1.7658-1.46355.64141.02471.0351-0.3685-0.3912-0.02960.72480.31910.3187-0.1002-0.25030.08850.43510.1357-0.02210.6477-0.12520.3238-44.89255.05538.6301
80.25720.37280.35391.6941.48211.8221-0.0752-0.050.0129-0.0487-0.03750.21960.0184-0.0980.12080.2065-0.0691-0.02450.3370.06670.3118-50.386510.63871.1888
91.7086-1.501-0.58312.605-0.10591.2084-0.1279-0.29470.18570.1791-0.08220.2548-0.1831-0.46870.20440.37690.1513-0.02640.4888-0.15360.4041-46.525761.494431.4137
100.6857-0.40780.00972.68410.48580.7843-0.1742-0.260.34370.2120.1410.1694-0.2837-0.12380.07010.33470.0843-0.0420.3981-0.09150.3995-39.396855.988229.4053
110.5339-0.5133-0.1962.29271.0171.07390.02190.0970.2049-0.17290.025-0.1648-0.1302-0.0552-0.05830.1885-0.02260.01120.24020.04770.2208-19.354631.7812-1.3838
121.7407-0.1027-0.24071.4715-0.03451.5096-0.0540.1759-0.2984-0.0340.05110.09870.3848-0.13810.00570.3073-0.07230.04410.21510.00160.2468-16.3872-4.3099-7.1386
130.6703-0.756-0.4482.65911.48111.25680.01090.10460.2554-0.13110.0637-0.2804-0.1683-0.012-0.08010.2467-0.01390.00660.2360.02810.2916-20.548238.17293.0045
140.25630.78380.07793.00690.36480.9355-0.0876-0.18650.6015-0.3740.1941-0.3434-0.5610.0362-0.07430.49580.0105-0.02720.2904-0.08370.6966-20.599568.896419.3228
150.0384-0.2443-0.13171.52280.81640.43570.02940.0848-0.69090.17840.1565-0.76120.5270.389-0.1830.5894-0.0434-0.06480.637-0.12860.8423-15.529939.335113.1318
161.13870.11660.16852.03520.52161.0668-0.0747-0.20570.5192-0.05340.0785-0.333-0.4382-0.0663-0.03360.32150.0259-0.05090.2387-0.06960.4647-24.48858.801922.0456
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 9:37)A9 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 38:257)A38 - 257
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 258:314)A258 - 314
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 315:329)A315 - 329
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 1:60)B1 - 60
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 61:172)B61 - 172
7X-RAY DIFFRACTION7(chain C and resid 9:37)C9 - 37
8X-RAY DIFFRACTION8(chain C and resid 38:325)C38 - 325
9X-RAY DIFFRACTION9(chain D and resid 1:60)D1 - 60
10X-RAY DIFFRACTION10(chain D and resid 61:171)D61 - 171
11X-RAY DIFFRACTION11(chain E and resid 9:117)E9 - 117
12X-RAY DIFFRACTION12(chain E and resid 118:260)E118 - 260
13X-RAY DIFFRACTION13(chain E and resid 261:325)E261 - 325
14X-RAY DIFFRACTION14(chain F and resid 1:55)F1 - 55
15X-RAY DIFFRACTION15(chain F and resid 56:60)F56 - 60
16X-RAY DIFFRACTION16(chain F and resid 61:171)F61 - 171

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る