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- PDB-6tzb: Crystal structure of the A/Hong Kong/1/1968 (H3N2) influenza viru... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6tzb | |||||||||
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Title | Crystal structure of the A/Hong Kong/1/1968 (H3N2) influenza virus hemagglutinin in complex with 6'-SLNLN | |||||||||
![]() | (Hemagglutinin ...) x 2 | |||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN | |||||||||
Function / homology | ![]() viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wu, N.C. / Wilson, I.A. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Major antigenic site B of human influenza H3N2 viruses has an evolving local fitness landscape. Authors: Wu, N.C. / Otwinowski, J. / Thompson, A.J. / Nycholat, C.M. / Nourmohammad, A. / Wilson, I.A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 625.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 513.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4fnkS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1
NCS ensembles :
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Components
-Hemagglutinin ... , 2 types, 6 molecules ACEBDF
#1: Protein | Mass: 35320.781 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: residues 27-345 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / Gene: HA / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 20197.312 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: residues 346-521 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / Gene: HA / Production host: ![]() |
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-Sugars , 7 types, 16 molecules 
#3: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #7: Polysaccharide | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 6'-sialyl-N-acetyllactosamine | #8: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #9: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 1 types, 919 molecules 
#10: Water | ChemComp-HOH / |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3 Å3/Da / Density % sol: 58.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 6% PEG 8000, and 39% 2-methyl-2,4-pentanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 12, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.243→50 Å / Num. obs: 93371 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 37.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 1.111 / Net I/σ(I): 6.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4FNK Resolution: 2.243→39.748 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.4
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 148.21 Å2 / Biso mean: 49.0655 Å2 / Biso min: 15.26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.243→39.748 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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