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- PDB-6tyt: Structure of Ku80 von Willebrand domain S229A mutant complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tyt
タイトルStructure of Ku80 von Willebrand domain S229A mutant complexed with APLF and XLF Ku Binding Motif
要素
  • ALA-LYS-GLY-LEU-PHE-MET
  • ARG-LYS-ARG-ILE-LEU-PRO-THR-TRP-MET-LEU-ALA
  • X-ray repair cross-complementing protein 5
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Ku80 von Willebrand factor A domain / Fluorine-19 NMR / Ku binding motif / Conditional binding site
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / DNA ligase IV complex / regulation of isotype switching / Ku70:Ku80 complex / poly-ADP-D-ribose binding / histone chaperone activity / DNA end binding / regulation of epithelial to mesenchymal transition / single strand break repair / telomeric DNA binding ...ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / DNA ligase IV complex / regulation of isotype switching / Ku70:Ku80 complex / poly-ADP-D-ribose binding / histone chaperone activity / DNA end binding / regulation of epithelial to mesenchymal transition / single strand break repair / telomeric DNA binding / DNA repair-dependent chromatin remodeling / site of DNA damage / protein localization to chromatin / 3'-5' exonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / embryo implantation / protein folding chaperone / telomere maintenance / DNA helicase activity / DNA endonuclease activity / double-strand break repair via nonhomologous end joining / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / site of double-strand break / double-strand break repair / histone binding / DNA recombination / damaged DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / DNA repair / nucleotide binding / DNA damage response / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aprataxin and PNK-like factor, PBZ domain / Aprataxin and PNK-like factor / PBZ domain / PNK, FHA domain / FHA domain / XLF, N-terminal / : / : / XLF N-terminal domain / XLF protein coiled-coil region ...Aprataxin and PNK-like factor, PBZ domain / Aprataxin and PNK-like factor / PBZ domain / PNK, FHA domain / FHA domain / XLF, N-terminal / : / : / XLF N-terminal domain / XLF protein coiled-coil region / XRCC4-like, N-terminal domain superfamily / Ku, C-terminal / Ku, C-terminal domain superfamily / Ku C terminal domain like / Ku80 / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80, N-terminal alpha/beta / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / Ku70/Ku80 N-terminal alpha/beta domain / Ku70 and Ku80 are 70kDa and 80kDa subunits of the Lupus Ku autoantigen / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / SPOC-like, C-terminal domain superfamily / von Willebrand factor, type A domain / SMAD/FHA domain superfamily / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-homologous end-joining factor 1 / X-ray repair cross-complementing protein 5 / Aprataxin and PNK-like factor
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.40348787647 Å
データ登録者Min, J. / Pedersen, L.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ZIA-ES102645 米国
引用ジャーナル: DNA Repair (Amst.) / 年: 2019
タイトル: Ligand binding characteristics of the Ku80 von Willebrand domain.
著者: Kim, K. / Min, J. / Kirby, T.W. / Gabel, S.A. / Pedersen, L.C. / London, R.E.
履歴
登録2019年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: X-ray repair cross-complementing protein 5
B: ALA-LYS-GLY-LEU-PHE-MET
C: ARG-LYS-ARG-ILE-LEU-PRO-THR-TRP-MET-LEU-ALA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0573
ポリマ－30,0573
非ポリマー00
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.642, 79.407, 146.174
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 X-ray repair cross-complementing protein 5


分子量: 26169.980 Da / 分子数: 1 / 断片: Ku80 von Willebrand domain / 変異: C190S, S229A, deletion loop (E171 through R188) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: XELAEV_18044412mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1L8EVE5, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: タンパク質・ペプチド ALA-LYS-GLY-LEU-PHE-MET


分子量: 1918.394 Da / 分子数: 1 / 断片: XLF Ku Binding Motif / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: A0A1L8ENT6*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド ARG-LYS-ARG-ILE-LEU-PRO-THR-TRP-MET-LEU-ALA


分子量: 1968.368 Da / 分子数: 1 / 断片: APLF Ku Binding Motif / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IW19*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.07 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES NaOH pH 7.5, 25 % (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 10611 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 66.1879875512 Å2 / Rrim(I) all: 0.41 / Net I/σ(I): 43
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / Num. unique obs: 410 / Rrim(I) all: 0.643

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6TYZ

6tyz


解像度: 2.40348787647→34.888011588 Å / SU ML: 0.361225211007 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36284228671 / 位相誤差: 34.9799203314
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259533479025 488 4.94878815536 %
Rwork0.22504942686 --
obs0.226705772622 9861 96.0830166618 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 83.3805343643 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.40348787647→34.888011588 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1641 0 0 4 1645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001822041398661665
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.378013571632258
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0385994338424278
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00109721775406286
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2031700419572
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4035-2.48940.342557961643410.316793255799774X-RAY DIFFRACTION82.406471183
2.4894-2.5890.319465416535460.2879210862864X-RAY DIFFRACTION90.099009901
2.589-2.70680.44047996420.268121223863899X-RAY DIFFRACTION92.9841897233
2.7068-2.84940.307134787627510.293965440295947X-RAY DIFFRACTION98.5192497532
2.8494-3.02790.345851702856470.319218940516974X-RAY DIFFRACTION99.70703125
3.0279-3.26150.332190516829530.269989538707956X-RAY DIFFRACTION100
3.2615-3.58940.23068151479500.249411828414969X-RAY DIFFRACTION99.8041136141
3.5894-4.10810.219770128153540.232207749547976X-RAY DIFFRACTION99.5169082126
4.1081-5.17310.232903878838510.170339641266966X-RAY DIFFRACTION97.7884615385
5.1731-34.880.2504397053530.2017244322221048X-RAY DIFFRACTION99.2786293959
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.7846391242-1.032569408370.5268881739020.357733614496-0.946365313846.51103397442-0.3185235125930.6065018550171.42924420989-0.2150730262350.1163641498130.248215064597-0.6158817711410.05514065276270.09741570962840.595802283404-0.1002040737030.0009087645797740.5844091901930.0172247804720.65989523233916.40411419569.51088032021-24.995785096
26.20940326467-1.16283290837-3.469586814423.327596275921.878772709718.89736303609-0.1937472502190.382493919970.579411786885-0.3245496056610.05154037867210.651153198267-0.388704005773-1.264883935670.1964481604680.565959186208-0.0180627329125-0.1622066941170.772153462848-0.004995830231220.6466659244174.102597566718.7564983175-24.6855851421
31.84319801557-0.511660779510.7974701852421.82178314351-0.8012954846870.827055576925-0.578045486811-0.074633031556-0.798120379383-0.6335791940090.0234187933983-0.05899888796660.787723867877-0.621203220246-0.02250595987030.69262757324-0.2370392244390.04812082468310.522888250454-0.2223294110270.7757523038725.86091125379-4.18556687217-22.3625165578
49.1327046910.4477724412890.06520874711711.22293431655-0.1532924958387.42202725852-0.289236628664-1.325307850540.7676277343840.4756174196270.1641275146280.811022062227-0.290994317429-1.307326380890.1144220359750.598682512590.0846696062987-0.02875060609240.781184364139-0.162225243860.4738113299924.217633595216.17707497847-8.56178297705
54.254689142510.639703682310.6650102171083.5289892809-1.193295338538.94350000337-0.3452184944070.385077554930.3762627910540.02895851807410.4094569824640.189425960156-0.6202279009690.306599961661-0.2172599857460.660844915862-0.09974105190840.05391183214050.698332675621-0.150460416310.65852824527216.27473761126.64741272198-12.352973635
66.296413313811.66038570238-2.565427838141.28347648346-0.9132136205368.71436503667-0.566897408155-0.507669008389-0.4905334600330.0582663267207-0.372794185963-0.1028178044990.04696306024220.8257693173540.8476157704460.601919452049-0.048306648942-0.04254498826470.643519471255-0.05453004153750.65235152599918.34298231164.25612786551-11.1922223751
75.732934594415.73008471483-4.939500567215.72655138905-4.937934279334.25653682586-1.199721623941.91655329555-2.71898656449-1.28196876913-0.06128768344180.5896569729882.187626799-0.2829031416740.08756228448810.8317161675150.1682820759580.1396342680510.822757416095-0.3187007865640.742040363318.4699317049-4.67599770004-20.3937251572
87.917141579288.987639644845.491280702351.999825557566.23321771183.8069991147-0.6283435868731.158242622852.562663010630.437568371637-0.3380820227051.12700457408-0.194445034139-1.953682642620.6930423436250.5853048681730.105241256505-0.05515768806961.04102582152-0.1121810263310.862198592397-5.616191579058.75425507699-9.41867326095
98.557813617082.86318891758-5.216592638635.778767764072.696832899057.275797508370.539745845092-0.629250136946-1.609100222670.298509037802-2.016581255651.78845193588-0.150655894031-0.3296679983441.55328452910.610162608549-0.1806845985180.1172071545971.43089823567-0.3061622921361.13734315162-7.25928297396-1.31171100109-12.2191217591
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 46 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 47 through 120 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 121 through 134 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 135 through 156 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 157 through 197 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 198 through 236 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 306 through 311 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 182 through 187 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 188 through 192 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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