PDB-6txa: Crystal structure of tetrameric human D137N-SAMHD1 (residues 109-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6txa

タイトル

Crystal structure of tetrameric human D137N-SAMHD1 (residues 109-626) with XTP, dGMPNPP and Mg

要素

Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

キーワード

HYDROLASE / triphosphohydrolase / metallo-enzyme / binuclear / HD

機能・相同性

機能・相同性情報

Nucleotide catabolism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素 / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / dGTP binding / dATP catabolic process / dGTPase activity / deoxyribonucleotide catabolic process / tetraspanin-enriched microdomain / dGTP catabolic process / DNA strand resection involved in replication fork processing ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.853 Å

データ登録者

Morris, E.R. / Kunzelmann, S. / Caswell, S.J. / Arnold, L.H. / Purkiss, A. / Kelly, G. / Taylor, I.A.

資金援助

英国, 4件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of SAMHD1 inhibitor complexes reveal the mechanism of water-mediated dNTP hydrolysis.
著者: Morris, E.R. / Caswell, S.J. / Kunzelmann, S. / Arnold, L.H. / Purkiss, A.G. / Kelly, G. / Taylor, I.A.

履歴

登録	2020年1月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6txa.cif.gz	3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6txa.ent.gz	2.5 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6txa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6txa_validation.pdf.gz	36 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6txa_full_validation.pdf.gz	36.1 MB	表示
XML形式データ	6txa_validation.xml.gz	260.1 KB	表示
CIF形式データ	6txa_validation.cif.gz	340.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/6txa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/6txa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tx0SC 6txcC 6txeC 6txfC 6xu1C 6yomC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zwe-d 4tnp-d 6cm2-d 4to1-d 4qg1-d 6txe-2 4rxp-1 6tx0-1 6txc-3 6dwj-d 4tny-d 4to2-d 6dwd-d 6txe-3 6dwk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

B: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

C: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

D: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

E: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

F: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

G: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

H: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

I: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

J: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

K: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

L: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

M: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

N: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

O: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

P: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

ヘテロ分子

991 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

B: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

C: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

D: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, SEC-MALLS and AUC experiments demonstrate the HD domain crystallised here assembles into a homotetramer in the presence of XTP, dGMPNPP and Mg2+.
248 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

F: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

G: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

H: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
248 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

I: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

J: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

K: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

L: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
248 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

M: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

N: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

O: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

P: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
248 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.782, 172.897, 275.886
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.200, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	ASN	ASN	A	A	114 - 599	8 - 493
2	1	THR	THR	ASN	ASN	B	B	114 - 599	8 - 493
1	2	MET	MET	ASN	ASN	A	A	115 - 599	9 - 493
2	2	MET	MET	ASN	ASN	C	C	115 - 599	9 - 493
1	3	THR	THR	ASN	ASN	A	A	114 - 599	8 - 493
2	3	THR	THR	ASN	ASN	D	D	114 - 599	8 - 493
1	4	THR	THR	ASN	ASN	A	A	114 - 599	8 - 493
2	4	THR	THR	ASN	ASN	E	E	114 - 599	8 - 493
1	5	THR	THR	TRP	TRP	A	A	114 - 598	8 - 492
2	5	THR	THR	TRP	TRP	F	F	114 - 598	8 - 492
1	6	THR	THR	GLU	GLU	A	A	114 - 597	8 - 491
2	6	THR	THR	GLU	GLU	G	G	114 - 597	8 - 491
1	7	THR	THR	ASN	ASN	A	A	114 - 599	8 - 493
2	7	THR	THR	ASN	ASN	H	H	114 - 599	8 - 493
1	8	MET	MET	TRP	TRP	A	A	115 - 598	9 - 492
2	8	MET	MET	TRP	TRP	I	I	115 - 598	9 - 492
1	9	MET	MET	GLU	GLU	A	A	115 - 597	9 - 491
2	9	MET	MET	GLU	GLU	J	J	115 - 597	9 - 491
1	10	MET	MET	ASN	ASN	A	A	115 - 599	9 - 493
2	10	MET	MET	ASN	ASN	K	K	115 - 599	9 - 493
1	11	MET	MET	ASN	ASN	A	A	115 - 599	9 - 493
2	11	MET	MET	ASN	ASN	L	L	115 - 599	9 - 493
1	12	MET	MET	ASN	ASN	A	A	115 - 599	9 - 493
2	12	MET	MET	ASN	ASN	M	M	115 - 599	9 - 493
1	13	MET	MET	ASN	ASN	A	A	115 - 599	9 - 493
2	13	MET	MET	ASN	ASN	N	N	115 - 599	9 - 493
1	14	THR	THR	ASN	ASN	A	A	114 - 599	8 - 493
2	14	THR	THR	ASN	ASN	O	O	114 - 599	8 - 493
1	15	THR	THR	TRP	TRP	A	A	114 - 598	8 - 492
2	15	THR	THR	TRP	TRP	P	P	114 - 598	8 - 492
1	16	MET	MET	ASN	ASN	B	B	115 - 599	9 - 493
2	16	MET	MET	ASN	ASN	C	C	115 - 599	9 - 493
1	17	THR	THR	ASN	ASN	B	B	114 - 599	8 - 493
2	17	THR	THR	ASN	ASN	D	D	114 - 599	8 - 493
1	18	THR	THR	ASN	ASN	B	B	114 - 599	8 - 493
2	18	THR	THR	ASN	ASN	E	E	114 - 599	8 - 493
1	19	THR	THR	GLU	GLU	B	B	114 - 597	8 - 491
2	19	THR	THR	GLU	GLU	F	F	114 - 597	8 - 491
1	20	THR	THR	TRP	TRP	B	B	114 - 598	8 - 492
2	20	THR	THR	TRP	TRP	G	G	114 - 598	8 - 492
1	21	THR	THR	ASN	ASN	B	B	114 - 599	8 - 493
2	21	THR	THR	ASN	ASN	H	H	114 - 599	8 - 493
1	22	MET	MET	ASN	ASN	B	B	115 - 599	9 - 493
2	22	MET	MET	ASN	ASN	I	I	115 - 599	9 - 493
1	23	MET	MET	GLU	GLU	B	B	115 - 597	9 - 491
2	23	MET	MET	GLU	GLU	J	J	115 - 597	9 - 491
1	24	MET	MET	TRP	TRP	B	B	115 - 598	9 - 492
2	24	MET	MET	TRP	TRP	K	K	115 - 598	9 - 492
1	25	MET	MET	TRP	TRP	B	B	115 - 598	9 - 492
2	25	MET	MET	TRP	TRP	L	L	115 - 598	9 - 492
1	26	MET	MET	ASN	ASN	B	B	115 - 599	9 - 493
2	26	MET	MET	ASN	ASN	M	M	115 - 599	9 - 493
1	27	MET	MET	ASN	ASN	B	B	115 - 599	9 - 493
2	27	MET	MET	ASN	ASN	N	N	115 - 599	9 - 493
1	28	THR	THR	ASN	ASN	B	B	114 - 599	8 - 493
2	28	THR	THR	ASN	ASN	O	O	114 - 599	8 - 493
1	29	THR	THR	GLU	GLU	B	B	114 - 597	8 - 491
2	29	THR	THR	GLU	GLU	P	P	114 - 597	8 - 491
1	30	MET	MET	TRP	TRP	C	C	115 - 598	9 - 492
2	30	MET	MET	TRP	TRP	D	D	115 - 598	9 - 492
1	31	MET	MET	ASN	ASN	C	C	115 - 599	9 - 493
2	31	MET	MET	ASN	ASN	E	E	115 - 599	9 - 493
1	32	MET	MET	TRP	TRP	C	C	115 - 598	9 - 492
2	32	MET	MET	TRP	TRP	F	F	115 - 598	9 - 492
1	33	MET	MET	GLU	GLU	C	C	115 - 597	9 - 491
2	33	MET	MET	GLU	GLU	G	G	115 - 597	9 - 491
1	34	MET	MET	ASN	ASN	C	C	115 - 599	9 - 493
2	34	MET	MET	ASN	ASN	H	H	115 - 599	9 - 493
1	35	MET	MET	ASN	ASN	C	C	115 - 599	9 - 493
2	35	MET	MET	ASN	ASN	I	I	115 - 599	9 - 493
1	36	MET	MET	TRP	TRP	C	C	115 - 598	9 - 492
2	36	MET	MET	TRP	TRP	J	J	115 - 598	9 - 492
1	37	MET	MET	ASN	ASN	C	C	115 - 599	9 - 493
2	37	MET	MET	ASN	ASN	K	K	115 - 599	9 - 493
1	38	MET	MET	ASN	ASN	C	C	115 - 599	9 - 493
2	38	MET	MET	ASN	ASN	L	L	115 - 599	9 - 493
1	39	MET	MET	ASN	ASN	C	C	115 - 599	9 - 493
2	39	MET	MET	ASN	ASN	M	M	115 - 599	9 - 493
1	40	MET	MET	ASN	ASN	C	C	115 - 599	9 - 493
2	40	MET	MET	ASN	ASN	N	N	115 - 599	9 - 493
1	41	MET	MET	ASN	ASN	C	C	115 - 599	9 - 493
2	41	MET	MET	ASN	ASN	O	O	115 - 599	9 - 493
1	42	MET	MET	TRP	TRP	C	C	115 - 598	9 - 492
2	42	MET	MET	TRP	TRP	P	P	115 - 598	9 - 492
1	43	THR	THR	ASN	ASN	D	D	114 - 599	8 - 493
2	43	THR	THR	ASN	ASN	E	E	114 - 599	8 - 493
1	44	THR	THR	TRP	TRP	D	D	114 - 598	8 - 492
2	44	THR	THR	TRP	TRP	F	F	114 - 598	8 - 492
1	45	THR	THR	TRP	TRP	D	D	114 - 598	8 - 492
2	45	THR	THR	TRP	TRP	G	G	114 - 598	8 - 492
1	46	THR	THR	ASN	ASN	D	D	114 - 599	8 - 493
2	46	THR	THR	ASN	ASN	H	H	114 - 599	8 - 493
1	47	MET	MET	ASN	ASN	D	D	115 - 599	9 - 493
2	47	MET	MET	ASN	ASN	I	I	115 - 599	9 - 493
1	48	MET	MET	GLU	GLU	D	D	115 - 597	9 - 491
2	48	MET	MET	GLU	GLU	J	J	115 - 597	9 - 491
1	49	MET	MET	ASN	ASN	D	D	115 - 599	9 - 493
2	49	MET	MET	ASN	ASN	K	K	115 - 599	9 - 493
1	50	MET	MET	ASN	ASN	D	D	115 - 599	9 - 493
2	50	MET	MET	ASN	ASN	L	L	115 - 599	9 - 493
1	51	MET	MET	ASN	ASN	D	D	115 - 599	9 - 493
2	51	MET	MET	ASN	ASN	M	M	115 - 599	9 - 493
1	52	MET	MET	ASN	ASN	D	D	115 - 599	9 - 493
2	52	MET	MET	ASN	ASN	N	N	115 - 599	9 - 493
1	53	THR	THR	ASN	ASN	D	D	114 - 599	8 - 493
2	53	THR	THR	ASN	ASN	O	O	114 - 599	8 - 493
1	54	THR	THR	TRP	TRP	D	D	114 - 598	8 - 492
2	54	THR	THR	TRP	TRP	P	P	114 - 598	8 - 492
1	55	THR	THR	GLU	GLU	E	E	114 - 597	8 - 491
2	55	THR	THR	GLU	GLU	F	F	114 - 597	8 - 491
1	56	THR	THR	TRP	TRP	E	E	114 - 598	8 - 492
2	56	THR	THR	TRP	TRP	G	G	114 - 598	8 - 492
1	57	THR	THR	ASN	ASN	E	E	114 - 599	8 - 493
2	57	THR	THR	ASN	ASN	H	H	114 - 599	8 - 493
1	58	MET	MET	ASN	ASN	E	E	115 - 599	9 - 493
2	58	MET	MET	ASN	ASN	I	I	115 - 599	9 - 493
1	59	MET	MET	GLU	GLU	E	E	115 - 597	9 - 491
2	59	MET	MET	GLU	GLU	J	J	115 - 597	9 - 491
1	60	MET	MET	TRP	TRP	E	E	115 - 598	9 - 492
2	60	MET	MET	TRP	TRP	K	K	115 - 598	9 - 492
1	61	MET	MET	TRP	TRP	E	E	115 - 598	9 - 492
2	61	MET	MET	TRP	TRP	L	L	115 - 598	9 - 492
1	62	MET	MET	ASN	ASN	E	E	115 - 599	9 - 493
2	62	MET	MET	ASN	ASN	M	M	115 - 599	9 - 493
1	63	MET	MET	ASN	ASN	E	E	115 - 599	9 - 493
2	63	MET	MET	ASN	ASN	N	N	115 - 599	9 - 493
1	64	THR	THR	ASN	ASN	E	E	114 - 599	8 - 493
2	64	THR	THR	ASN	ASN	O	O	114 - 599	8 - 493
1	65	THR	THR	GLU	GLU	E	E	114 - 597	8 - 491
2	65	THR	THR	GLU	GLU	P	P	114 - 597	8 - 491
1	66	THR	THR	TRP	TRP	F	F	114 - 598	8 - 492
2	66	THR	THR	TRP	TRP	G	G	114 - 598	8 - 492
1	67	THR	THR	TRP	TRP	F	F	114 - 598	8 - 492
2	67	THR	THR	TRP	TRP	H	H	114 - 598	8 - 492
1	68	MET	MET	GLU	GLU	F	F	115 - 597	9 - 491
2	68	MET	MET	GLU	GLU	I	I	115 - 597	9 - 491
1	69	MET	MET	TRP	TRP	F	F	115 - 598	9 - 492
2	69	MET	MET	TRP	TRP	J	J	115 - 598	9 - 492
1	70	MET	MET	GLU	GLU	F	F	115 - 597	9 - 491
2	70	MET	MET	GLU	GLU	K	K	115 - 597	9 - 491
1	71	MET	MET	GLU	GLU	F	F	115 - 597	9 - 491
2	71	MET	MET	GLU	GLU	L	L	115 - 597	9 - 491
1	72	MET	MET	TRP	TRP	F	F	115 - 598	9 - 492
2	72	MET	MET	TRP	TRP	M	M	115 - 598	9 - 492
1	73	MET	MET	GLU	GLU	F	F	115 - 597	9 - 491
2	73	MET	MET	GLU	GLU	N	N	115 - 597	9 - 491
1	74	THR	THR	TRP	TRP	F	F	114 - 598	8 - 492
2	74	THR	THR	TRP	TRP	O	O	114 - 598	8 - 492
1	75	THR	THR	TRP	TRP	F	F	114 - 598	8 - 492
2	75	THR	THR	TRP	TRP	P	P	114 - 598	8 - 492
1	76	THR	THR	GLU	GLU	G	G	114 - 597	8 - 491
2	76	THR	THR	GLU	GLU	H	H	114 - 597	8 - 491
1	77	MET	MET	GLU	GLU	G	G	115 - 597	9 - 491
2	77	MET	MET	GLU	GLU	I	I	115 - 597	9 - 491
1	78	MET	MET	GLU	GLU	G	G	115 - 597	9 - 491
2	78	MET	MET	GLU	GLU	J	J	115 - 597	9 - 491
1	79	MET	MET	GLU	GLU	G	G	115 - 597	9 - 491
2	79	MET	MET	GLU	GLU	K	K	115 - 597	9 - 491
1	80	MET	MET	GLU	GLU	G	G	115 - 597	9 - 491
2	80	MET	MET	GLU	GLU	L	L	115 - 597	9 - 491
1	81	MET	MET	TRP	TRP	G	G	115 - 598	9 - 492
2	81	MET	MET	TRP	TRP	M	M	115 - 598	9 - 492
1	82	MET	MET	TRP	TRP	G	G	115 - 598	9 - 492
2	82	MET	MET	TRP	TRP	N	N	115 - 598	9 - 492
1	83	THR	THR	TRP	TRP	G	G	114 - 598	8 - 492
2	83	THR	THR	TRP	TRP	O	O	114 - 598	8 - 492
1	84	THR	THR	TRP	TRP	G	G	114 - 598	8 - 492
2	84	THR	THR	TRP	TRP	P	P	114 - 598	8 - 492
1	85	MET	MET	TRP	TRP	H	H	115 - 598	9 - 492
2	85	MET	MET	TRP	TRP	I	I	115 - 598	9 - 492
1	86	MET	MET	GLU	GLU	H	H	115 - 597	9 - 491
2	86	MET	MET	GLU	GLU	J	J	115 - 597	9 - 491
1	87	MET	MET	ASN	ASN	H	H	115 - 599	9 - 493
2	87	MET	MET	ASN	ASN	K	K	115 - 599	9 - 493
1	88	MET	MET	ASN	ASN	H	H	115 - 599	9 - 493
2	88	MET	MET	ASN	ASN	L	L	115 - 599	9 - 493
1	89	MET	MET	ASN	ASN	H	H	115 - 599	9 - 493
2	89	MET	MET	ASN	ASN	M	M	115 - 599	9 - 493
1	90	MET	MET	ASN	ASN	H	H	115 - 599	9 - 493
2	90	MET	MET	ASN	ASN	N	N	115 - 599	9 - 493
1	91	THR	THR	ASN	ASN	H	H	114 - 599	8 - 493
2	91	THR	THR	ASN	ASN	O	O	114 - 599	8 - 493
1	92	THR	THR	TRP	TRP	H	H	114 - 598	8 - 492
2	92	THR	THR	TRP	TRP	P	P	114 - 598	8 - 492
1	93	MET	MET	GLU	GLU	I	I	115 - 597	9 - 491
2	93	MET	MET	GLU	GLU	J	J	115 - 597	9 - 491
1	94	MET	MET	ASN	ASN	I	I	115 - 599	9 - 493
2	94	MET	MET	ASN	ASN	K	K	115 - 599	9 - 493
1	95	MET	MET	ASN	ASN	I	I	115 - 599	9 - 493
2	95	MET	MET	ASN	ASN	L	L	115 - 599	9 - 493
1	96	MET	MET	ASN	ASN	I	I	115 - 599	9 - 493
2	96	MET	MET	ASN	ASN	M	M	115 - 599	9 - 493
1	97	MET	MET	ASN	ASN	I	I	115 - 599	9 - 493
2	97	MET	MET	ASN	ASN	N	N	115 - 599	9 - 493
1	98	MET	MET	ASN	ASN	I	I	115 - 599	9 - 493
2	98	MET	MET	ASN	ASN	O	O	115 - 599	9 - 493
1	99	MET	MET	GLU	GLU	I	I	115 - 597	9 - 491
2	99	MET	MET	GLU	GLU	P	P	115 - 597	9 - 491
1	100	MET	MET	TRP	TRP	J	J	115 - 598	9 - 492
2	100	MET	MET	TRP	TRP	K	K	115 - 598	9 - 492
1	101	MET	MET	TRP	TRP	J	J	115 - 598	9 - 492
2	101	MET	MET	TRP	TRP	L	L	115 - 598	9 - 492
1	102	MET	MET	TRP	TRP	J	J	115 - 598	9 - 492
2	102	MET	MET	TRP	TRP	M	M	115 - 598	9 - 492
1	103	MET	MET	TRP	TRP	J	J	115 - 598	9 - 492
2	103	MET	MET	TRP	TRP	N	N	115 - 598	9 - 492
1	104	MET	MET	TRP	TRP	J	J	115 - 598	9 - 492
2	104	MET	MET	TRP	TRP	O	O	115 - 598	9 - 492
1	105	MET	MET	TRP	TRP	J	J	115 - 598	9 - 492
2	105	MET	MET	TRP	TRP	P	P	115 - 598	9 - 492
1	106	MET	MET	ASN	ASN	K	K	115 - 599	9 - 493
2	106	MET	MET	ASN	ASN	L	L	115 - 599	9 - 493
1	107	MET	MET	ASN	ASN	K	K	115 - 599	9 - 493
2	107	MET	MET	ASN	ASN	M	M	115 - 599	9 - 493
1	108	MET	MET	ASN	ASN	K	K	115 - 599	9 - 493
2	108	MET	MET	ASN	ASN	N	N	115 - 599	9 - 493
1	109	MET	MET	ASN	ASN	K	K	115 - 599	9 - 493
2	109	MET	MET	ASN	ASN	O	O	115 - 599	9 - 493
1	110	MET	MET	GLU	GLU	K	K	115 - 597	9 - 491
2	110	MET	MET	GLU	GLU	P	P	115 - 597	9 - 491
1	111	MET	MET	ASN	ASN	L	L	115 - 599	9 - 493
2	111	MET	MET	ASN	ASN	M	M	115 - 599	9 - 493
1	112	MET	MET	TRP	TRP	L	L	115 - 598	9 - 492
2	112	MET	MET	TRP	TRP	N	N	115 - 598	9 - 492
1	113	MET	MET	ASN	ASN	L	L	115 - 599	9 - 493
2	113	MET	MET	ASN	ASN	O	O	115 - 599	9 - 493
1	114	MET	MET	GLU	GLU	L	L	115 - 597	9 - 491
2	114	MET	MET	GLU	GLU	P	P	115 - 597	9 - 491
1	115	MET	MET	ASN	ASN	M	M	115 - 599	9 - 493
2	115	MET	MET	ASN	ASN	N	N	115 - 599	9 - 493
1	116	MET	MET	ASN	ASN	M	M	115 - 599	9 - 493
2	116	MET	MET	ASN	ASN	O	O	115 - 599	9 - 493
1	117	MET	MET	TRP	TRP	M	M	115 - 598	9 - 492
2	117	MET	MET	TRP	TRP	P	P	115 - 598	9 - 492
1	118	MET	MET	ASN	ASN	N	N	115 - 599	9 - 493
2	118	MET	MET	ASN	ASN	O	O	115 - 599	9 - 493
1	119	MET	MET	GLU	GLU	N	N	115 - 597	9 - 491
2	119	MET	MET	GLU	GLU	P	P	115 - 597	9 - 491
1	120	THR	THR	TRP	TRP	O	O	114 - 598	8 - 492
2	120	THR	THR	TRP	TRP	P	P	114 - 598	8 - 492

NCSアンサンブル:

-
タンパク質 , 1種, 16分子 ABCDEFGHIJKLMNOP

#1: タンパク質	Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1 / dNTPase / Dendritic cell-derived IFNG-induced protein / DCIP / Monocyte protein 5 / MOP-5 / SAM ...dNTPase / Dendritic cell-derived IFNG-induced protein / DCIP / Monocyte protein 5 / MOP-5 / SAM domain and HD domain-containing protein 1 / hSAMHD1 分子量: 60207.816 Da / 分子数: 16 / 変異: D137N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAMHD1, MOP5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 参照: UniProt: Q9Y3Z3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素

#1: タンパク質

Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1 / dNTPase / Dendritic cell-derived IFNG-induced protein / DCIP / Monocyte protein 5 / MOP-5 / SAM ...

分子量: 60207.816 Da / 分子数: 16 / 変異: D137N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAMHD1, MOP5 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2
参照: UniProt: Q9Y3Z3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 5種, 127分子

#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	... ChemComp-XG4 / 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine 分子量: 506.196 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CZF / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate / xanthosine triphosphate / XTP 分子量: 524.165 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₄O₁₅P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M Bistris methane-HCl pH 6, 15% (w/v) PEG 3350, 0.15 M Li2SO4.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.96861 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.96861 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.85→146.334 Å / Num. obs: 140978 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 49.5 Å² / CC_1/2: 0.98 / R_merge(I) obs: 0.186 / R_pim(I) all: 0.117 / R_rim(I) all: 0.22 / Net I/σ(I): 4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.853-3.201	3.4	0.577	1.5	7049	0.729	0.364	0.684	67.3
8.918-146.334	3.3	0.049	10.4	7047	0.996	0.031	0.058	99.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	9.57 Å	274.75 Å
Translation	9.57 Å	274.75 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
STARANISO		データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6TX0

6tx0

解像度: 2.853→146.243 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 49.724 / SU ML: 0.384 / SU R Cruickshank DPI: 0.4486 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.483
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2118	7029	5 %	RANDOM
R_work	0.1944	-	-	-
obs	0.1953	133948	66.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 175.01 Å² / B_iso mean: 54.995 Å² / B_iso min: 10.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.24 Å²	-0 Å²	-0.46 Å²
2-	-	-0.53 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.853→146.243 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	61333	0	1643	0	62976
B_iso mean	-	-	34.38	-	-
残基数	-	-	-	-	7666

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	64483
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	57620
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.535	1.951	87789
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.034	2.989	133487
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.143	5	7635
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.776	23.977	3118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.656	15	10532
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.913	15	403
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	9495
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	71105
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	13246

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	32026	0.04
1	2	B	32026	0.04
2	1	A	31882	0.05
2	2	C	31882	0.05
3	1	A	31882	0.05
3	2	D	31882	0.05
4	1	A	31962	0.05
4	2	E	31962	0.05
5	1	A	31858	0.04
5	2	F	31858	0.04
6	1	A	31688	0.04
6	2	G	31688	0.04
7	1	A	31980	0.05
7	2	H	31980	0.05
8	1	A	31756	0.05
8	2	I	31756	0.05
9	1	A	31690	0.04
9	2	J	31690	0.04
10	1	A	31920	0.04
10	2	K	31920	0.04
11	1	A	31480	0.05
11	2	L	31480	0.05
12	1	A	31534	0.04
12	2	M	31534	0.04
13	1	A	31774	0.04
13	2	N	31774	0.04
14	1	A	31732	0.04
14	2	O	31732	0.04
15	1	A	31778	0.04
15	2	P	31778	0.04
16	1	B	31858	0.04
16	2	C	31858	0.04
17	1	B	31858	0.05
17	2	D	31858	0.05
18	1	B	32038	0.04
18	2	E	32038	0.04
19	1	B	31586	0.04
19	2	F	31586	0.04
20	1	B	31796	0.04
20	2	G	31796	0.04
21	1	B	31982	0.04
21	2	H	31982	0.04
22	1	B	31874	0.03
22	2	I	31874	0.03
23	1	B	31666	0.04
23	2	J	31666	0.04
24	1	B	31722	0.05
24	2	K	31722	0.05
25	1	B	31486	0.04
25	2	L	31486	0.04
26	1	B	31560	0.04
26	2	M	31560	0.04
27	1	B	31772	0.04
27	2	N	31772	0.04
28	1	B	31818	0.04
28	2	O	31818	0.04
29	1	B	31514	0.04
29	2	P	31514	0.04
30	1	C	31784	0.04
30	2	D	31784	0.04
31	1	C	31958	0.03
31	2	E	31958	0.03
32	1	C	31686	0.04
32	2	F	31686	0.04
33	1	C	31602	0.04
33	2	G	31602	0.04
34	1	C	32032	0.03
34	2	H	32032	0.03
35	1	C	31970	0.04
35	2	I	31970	0.04
36	1	C	31796	0.04
36	2	J	31796	0.04
37	1	C	31912	0.04
37	2	K	31912	0.04
38	1	C	31584	0.04
38	2	L	31584	0.04
39	1	C	31630	0.04
39	2	M	31630	0.04
40	1	C	31802	0.03
40	2	N	31802	0.03
41	1	C	31714	0.04
41	2	O	31714	0.04
42	1	C	31620	0.04
42	2	P	31620	0.04
43	1	D	31932	0.04
43	2	E	31932	0.04
44	1	D	31714	0.04
44	2	F	31714	0.04
45	1	D	31850	0.03
45	2	G	31850	0.03
46	1	D	31940	0.05
46	2	H	31940	0.05
47	1	D	31864	0.04
47	2	I	31864	0.04
48	1	D	31826	0.03
48	2	J	31826	0.03
49	1	D	31782	0.04
49	2	K	31782	0.04
50	1	D	31632	0.04
50	2	L	31632	0.04
51	1	D	31766	0.03
51	2	M	31766	0.03
52	1	D	31688	0.04
52	2	N	31688	0.04
53	1	D	31816	0.05
53	2	O	31816	0.05
54	1	D	31620	0.04
54	2	P	31620	0.04
55	1	E	31624	0.04
55	2	F	31624	0.04
56	1	E	31774	0.04
56	2	G	31774	0.04
57	1	E	32042	0.04
57	2	H	32042	0.04
58	1	E	31916	0.04
58	2	I	31916	0.04
59	1	E	31804	0.04
59	2	J	31804	0.04
60	1	E	31852	0.04
60	2	K	31852	0.04
61	1	E	31642	0.03
61	2	L	31642	0.03
62	1	E	31662	0.04
62	2	M	31662	0.04
63	1	E	31876	0.04
63	2	N	31876	0.04
64	1	E	31886	0.03
64	2	O	31886	0.03
65	1	E	31566	0.03
65	2	P	31566	0.03
66	1	F	31826	0.04
66	2	G	31826	0.04
67	1	F	31706	0.05
67	2	H	31706	0.05
68	1	F	31460	0.05
68	2	I	31460	0.05
69	1	F	31696	0.04
69	2	J	31696	0.04
70	1	F	31694	0.03
70	2	K	31694	0.03
71	1	F	31402	0.04
71	2	L	31402	0.04
72	1	F	31578	0.04
72	2	M	31578	0.04
73	1	F	31460	0.04
73	2	N	31460	0.04
74	1	F	31802	0.03
74	2	O	31802	0.03
75	1	F	31748	0.03
75	2	P	31748	0.03
76	1	G	31648	0.04
76	2	H	31648	0.04
77	1	G	31630	0.04
77	2	I	31630	0.04
78	1	G	31668	0.03
78	2	J	31668	0.03
79	1	G	31488	0.04
79	2	K	31488	0.04
80	1	G	31326	0.04
80	2	L	31326	0.04
81	1	G	31632	0.03
81	2	M	31632	0.03
82	1	G	31624	0.04
82	2	N	31624	0.04
83	1	G	31714	0.04
83	2	O	31714	0.04
84	1	G	31690	0.03
84	2	P	31690	0.03
85	1	H	31948	0.03
85	2	I	31948	0.03
86	1	H	31736	0.04
86	2	J	31736	0.04
87	1	H	31864	0.05
87	2	K	31864	0.05
88	1	H	31556	0.04
88	2	L	31556	0.04
89	1	H	31646	0.05
89	2	M	31646	0.05
90	1	H	31920	0.04
90	2	N	31920	0.04
91	1	H	31766	0.05
91	2	O	31766	0.05
92	1	H	31650	0.05
92	2	P	31650	0.05
93	1	I	31698	0.04
93	2	J	31698	0.04
94	1	I	31726	0.04
94	2	K	31726	0.04
95	1	I	31690	0.04
95	2	L	31690	0.04
96	1	I	31734	0.04
96	2	M	31734	0.04
97	1	I	31846	0.03
97	2	N	31846	0.03
98	1	I	31804	0.04
98	2	O	31804	0.04
99	1	I	31410	0.04
99	2	P	31410	0.04
100	1	J	31784	0.04
100	2	K	31784	0.04
101	1	J	31600	0.04
101	2	L	31600	0.04
102	1	J	31700	0.03
102	2	M	31700	0.03
103	1	J	31730	0.03
103	2	N	31730	0.03
104	1	J	31692	0.04
104	2	O	31692	0.04
105	1	J	31702	0.03
105	2	P	31702	0.03
106	1	K	31552	0.04
106	2	L	31552	0.04
107	1	K	31682	0.03
107	2	M	31682	0.03
108	1	K	31784	0.04
108	2	N	31784	0.04
109	1	K	31684	0.05
109	2	O	31684	0.05
110	1	K	31512	0.04
110	2	P	31512	0.04
111	1	L	31574	0.04
111	2	M	31574	0.04
112	1	L	31582	0.04
112	2	N	31582	0.04
113	1	L	31664	0.03
113	2	O	31664	0.03
114	1	L	31334	0.04
114	2	P	31334	0.04
115	1	M	31674	0.03
115	2	N	31674	0.03
116	1	M	31592	0.03
116	2	O	31592	0.03
117	1	M	31474	0.04
117	2	P	31474	0.04
118	1	N	31702	0.03
118	2	O	31702	0.03
119	1	N	31418	0.04
119	2	P	31418	0.04
120	1	O	31624	0.04
120	2	P	31624	0.04

LS精密化シェル

解像度: 2.853→2.927 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.397	31	-
R_work	0.351	671	-
all	-	702	-
obs	-	-	4.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1725	-0.0616	-0.0091	0.0785	0.1168	0.3628	-0.0024	-0.0052	0.0535	0.0365	0.0651	-0.0396	0.0914	0.0289	-0.0627	0.0432	0.007	0.0094	0.2014	0.0106	0.1187	85.9224	39.6669	-58.193
2	0.1624	-0.0912	-0.0418	0.0666	0.0834	0.4563	0.1053	-0.0005	0.068	-0.0781	0.0052	-0.0801	-0.0637	0.0143	-0.1105	0.1007	0.01	0.1145	0.1444	0.0333	0.1776	89.6926	70.4638	-75.6608
3	0.0891	-0.0444	-0.134	0.0867	0.1354	0.4975	0.0787	0.0134	0.0005	-0.0383	-0.0527	-0.0546	-0.1255	-0.1766	-0.0261	0.1112	0.0724	0.0304	0.2352	0.0278	0.0874	52.3487	75.6334	-64.448
4	0.1234	-0.0155	-0.0368	0.0892	0.0591	0.3323	0.039	0.0888	-0.0357	0.004	-0.1421	-0.0133	0.0093	-0.1367	0.1031	0.0353	-0.0051	0.0229	0.2799	-0.0336	0.0929	49.7891	41.1923	-73.7639
5	0.1197	-0.0794	-0.1672	0.239	0.099	0.2533	-0.0881	-0.0337	-0.0294	-0.0273	0.0086	-0.0683	0.1239	0.0675	0.0795	0.1501	0.0311	0.0873	0.1086	0.0601	0.1313	46.0892	11.9233	0.412
6	0.1794	-0.0685	-0.2213	0.0395	0.0947	0.4264	-0.1338	0.0231	-0.0795	0.0837	-0.0234	0.0593	0.1243	-0.0132	0.1572	0.2099	-0.0535	0.12	0.0821	0.0094	0.1387	12.1623	6.5215	9.1603
7	0.0916	0.109	-0.0687	0.3182	0.1312	0.3785	0.0006	0.0161	0.0004	-0.0649	-0.0848	0.0359	-0.0203	-0.0957	0.0842	0.1123	-0.0022	0.0008	0.1844	-0.037	0.0843	6.5554	37.3704	-14.701
8	0.1045	-0.027	-0.1504	0.1529	0.1541	0.3452	0.053	-0.0526	0.0138	-0.0304	-0.0008	-0.0217	-0.0579	0.0126	-0.0522	0.1187	-0.0228	0.0347	0.1553	0.0082	0.1017	35.355	49.8442	2.1108
9	0.0763	-0.0355	-0.0502	0.1876	-0.0539	0.6024	0.0948	-0.0427	-0.0461	0.1178	-0.1075	0.0126	-0.2679	0.1586	0.0127	0.3028	-0.1916	-0.06	0.129	0.0294	0.0292	94.6417	28.352	-126.3019
10	0.033	0.0922	-0.0377	0.3165	-0.0345	0.6159	0.027	0.0014	0.003	0.0325	-0.0182	0.0528	-0.0936	-0.0876	-0.0088	0.22	-0.0197	0.0236	0.096	-0.0078	0.0594	62.4227	17.7892	-137.004
11	0.1706	0.2125	-0.0027	0.2749	-0.0482	0.4006	0.0427	-0.0875	-0.1062	0.0503	-0.096	-0.1318	0.1803	-0.071	0.0533	0.2846	-0.0544	-0.0146	0.0639	0.0545	0.0881	78.4968	-17.792	-133.7599
12	0.1516	0.0589	0.2158	0.2446	-0.1281	0.6819	0.0011	0.0755	-0.0989	-0.065	-0.0421	-0.1104	0.0109	0.2033	0.041	0.0744	0.0317	0.0285	0.1479	0.0363	0.2038	106.1858	-1.4875	-148.819
13	0.1206	0.0062	-0.2442	0.3469	-0.1049	0.6227	0.1177	-0.1293	0.08	0.0023	0.0454	0.0646	-0.1681	0.2819	-0.1631	0.1625	-0.0677	0.096	0.2346	-0.0436	0.0764	33.5272	-12.7658	-58.6141
14	0.1993	0.0423	-0.1923	0.1432	0.0238	0.4995	0.1594	0.1256	0.0769	0.0302	-0.0059	-0.0234	-0.1112	-0.174	-0.1534	0.159	0.1496	0.0748	0.2099	0.1135	0.0734	-0.3249	-16.312	-68.2062
15	0.1279	0.0403	-0.2501	0.03	-0.1242	0.7521	-0.1421	-0.0195	-0.0426	-0.019	-0.0048	-0.0108	0.2486	-0.0651	0.1469	0.2308	0.051	0.1027	0.1362	0.0072	0.0818	7.6372	-54.3317	-63.9429
16	0.1484	-0.0563	-0.3007	0.0364	0.1105	0.6268	-0.0608	-0.0823	-0.0272	-0.0308	0.0007	-0.0172	0.1365	0.2248	0.0601	0.2091	0.1515	0.1074	0.2531	0.071	0.0555	37.7138	-44.7796	-80.5252

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	114 - 901
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	114 - 901
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	115 - 901
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	114 - 901
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	114 - 901
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	114 - 901
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	114 - 901
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	114 - 901
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	115 - 901
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	115 - 901
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	115 - 901
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	115 - 901
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	115 - 901
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	115 - 901
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	114 - 901
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	114 - 803

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 16分子 ABCDEFGHIJKLMNOP

-
非ポリマー , 5種, 127分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 16分子 ABCDEFGHIJKLMNOP

-非ポリマー , 5種, 127分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 16分子 ABCDEFGHIJKLMNOP

-
非ポリマー , 5種, 127分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)