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- PDB-6tun: Helicase domain complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tun
タイトルHelicase domain complex
要素
  • CDK-activating kinase assembly factor MAT1
  • General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Helicase / DNA-repair / Transcription / Cell Cylcle
機能・相同性
機能・相同性情報


MMXD complex / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / central nervous system myelin formation / positive regulation of mitotic recombination / hair follicle maturation / hair cell differentiation / ventricular system development / CAK-ERCC2 complex / transcription factor TFIIK complex / UV protection ...MMXD complex / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / central nervous system myelin formation / positive regulation of mitotic recombination / hair follicle maturation / hair cell differentiation / ventricular system development / CAK-ERCC2 complex / transcription factor TFIIK complex / UV protection / embryonic cleavage / DNA 5'-3' helicase / adult heart development / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / RNA Polymerase I Transcription Termination / regulation of mitotic cell cycle phase transition / hematopoietic stem cell proliferation / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / transcription factor TFIID complex / spinal cord development / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / bone mineralization / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / erythrocyte maturation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / RNA Polymerase I Transcription Initiation / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / hematopoietic stem cell differentiation / transcription elongation by RNA polymerase I / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / embryonic organ development / transcription-coupled nucleotide-excision repair / Cyclin E associated events during G1/S transition / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Formation of RNA Pol II elongation complex / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / DNA helicase activity / extracellular matrix organization / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / post-embryonic development / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / chromosome segregation / determination of adult lifespan / nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / NoRC negatively regulates rRNA expression / multicellular organism growth / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual Incision in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / spindle / Dual incision in TC-NER / response to calcium ion / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / G1/S transition of mitotic cell cycle / Cyclin D associated events in G1 / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / protein-macromolecule adaptor activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / 5'-3' DNA helicase activity / in utero embryonic development / response to oxidative stress / transcription by RNA polymerase II / damaged DNA binding / response to hypoxia / DNA repair / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RAD3/XPD family / Helical and beta-bridge domain / Helical and beta-bridge domain / ATP-dependent helicase Rad3/Chl1-like / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1/Tfb3 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1, centre / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / Helicase-like, DEXD box c2 type ...RAD3/XPD family / Helical and beta-bridge domain / Helical and beta-bridge domain / ATP-dependent helicase Rad3/Chl1-like / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1/Tfb3 / Cdk-activating kinase assembly factor MAT1, centre / CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / Helicase-like, DEXD box c2 type / ATP-dependent helicase, C-terminal / DEAD2 / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type / DEAD_2 / Helicase C-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-2 domain profile. / DEXDc2 / HELICc2 / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD / CDK-activating kinase assembly factor MAT1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Sauer, F. / Kisker, C.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: In TFIIH the Arch domain of XPD is mechanistically essential for transcription and DNA repair.
著者: Peissert, S. / Sauer, F. / Grabarczyk, D.B. / Braun, C. / Sander, G. / Poterszman, A. / Egly, J.M. / Kuper, J. / Kisker, C.
履歴
登録2020年1月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD
B: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD
D: CDK-activating kinase assembly factor MAT1
C: CDK-activating kinase assembly factor MAT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7626
ポリマ－63,6914
非ポリマー712
水2,720151
1
A: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD
D: CDK-activating kinase assembly factor MAT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8813
ポリマ－31,8462
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD
C: CDK-activating kinase assembly factor MAT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8813
ポリマ－31,8462
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.940, 78.350, 92.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD / TFIIH subunit XPD / Basic transcription factor 2 80 kDa subunit / BTF2 p80 / CXPD / DNA excision ...TFIIH subunit XPD / Basic transcription factor 2 80 kDa subunit / BTF2 p80 / CXPD / DNA excision repair protein ERCC-2 / DNA repair protein complementing XP-D cells / TFIIH basal transcription factor complex 80 kDa subunit / TFIIH p80 / Xeroderma pigmentosum group D-complementing protein


分子量: 22539.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Arch domain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC2, XPD, XPDC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18074, DNA helicase
#2: タンパク質 CDK-activating kinase assembly factor MAT1 / CDK7/cyclin-H assembly factor / Cyclin-G1-interacting protein / Menage a trois / RING finger ...CDK7/cyclin-H assembly factor / Cyclin-G1-interacting protein / Menage a trois / RING finger protein 66 / RING finger protein MAT1 / p35 / p36


分子量: 9305.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MNAT1, CAP35, MAT1, RNF66 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51948
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris pH 8.5 25% PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0064 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0064 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→46.71 Å / Num. obs: 33675 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.07→2.13 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2591 / CC1/2: 0.759 / Rpim(I) all: 0.439

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.07→46.71 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2273 1286 3.83 %
Rwork0.192 --
obs0.1933 33596 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→46.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3863 0 2 151 4016
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074047
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8885479
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8122522
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047624
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005718
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.07-2.15290.30881420.29223508X-RAY DIFFRACTION99
2.1529-2.25090.30431360.25033544X-RAY DIFFRACTION99
2.2509-2.36950.26661460.23323555X-RAY DIFFRACTION100
2.3695-2.5180.27541420.21933542X-RAY DIFFRACTION99
2.518-2.71240.23861400.2053571X-RAY DIFFRACTION99
2.7124-2.98530.2631450.20813569X-RAY DIFFRACTION100
2.9853-3.41720.25691490.19283596X-RAY DIFFRACTION99
3.4172-4.30480.18061190.16773648X-RAY DIFFRACTION99
4.3048-46.710.19931670.17113777X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.39672.7012-3.21118.5406-2.83186.68590.32080.09220.1130.80740.2740.4102-0.9106-0.2278-0.57050.43340.13880.04080.39840.03750.4974-23.091-9.694633.9899
29.20440.8132-2.15372.43870.21352.8593-0.51580.29930.0925-0.23980.52130.8181-0.0063-0.73130.12090.503-0.00940.08090.43360.01310.6843-30.6231-28.721538.6664
34.9407-1.08691.40312.4003-3.50566.1820.38980.4216-1.0254-1.254-0.0520.36850.9727-0.4082-0.10490.6619-0.004-0.08250.3311-0.03730.5085-21.6116-30.547830.8528
48.72934.1858-4.31775.1372-2.69646.07050.2358-0.08520.56690.41810.19240.4971-0.3745-0.0314-0.43340.36080.01730.06150.2687-0.0180.328-13.5578-14.172535.1888
56.8558-2.0681-3.6653.18042.76043.4035-0.4082-0.5310.61270.24180.7438-0.73580.05310.949-0.3740.6885-0.1674-0.02190.484-0.0080.4297-2.7044-3.71324.3418
63.79351.5309-3.71726.099-1.85113.66150.1866-0.0469-0.24790.1471-0.0659-0.3708-0.42470.1114-0.07710.4450.02750.02740.3440.00730.3259-4.5424-17.502430.1173
76.55070.6149-3.51967.52220.52536.21280.09690.60820.0087-0.1191-0.08521.0184-0.2311-0.59760.07890.4263-0.0084-0.00670.30410.01570.4186-23.8317-21.113328.8631
84.9631-4.2076-4.42125.33164.64587.46410.2414-0.0754-0.3464-0.3805-0.0780.5009-0.62930.017-0.01380.3395-0.0063-0.02520.27980.00870.3916-15.5634-18.642919.5898
90.3496-1.2654-1.94556.41283.50697.1959-0.2868-0.2448-0.45941.0820.9637-0.18441.19060.7201-0.72910.6340.1341-0.17880.4646-0.02220.4857-10.2624-39.34214.3018
108.0106-0.7649-1.94433.36342.62763.23070.2751-1.3441-0.74390.1852-0.04231.296-1.1308-0.5116-0.12070.8466-0.0672-0.1360.69950.10370.5345-16.0484-29.97715.5792
116.7005-5.08574.27953.7246-2.91744.35250.2238-0.0927-0.1436-0.30720.0040.09180.51490.1651-0.45470.4701-0.0594-0.12480.33250.01080.4322-23.7228-29.1867-14.305
127.8888-0.43824.1965.50731.97293.5456-0.30050.11070.4181-0.2110.06560.3885-0.4586-0.17930.15520.4325-0.004-0.13170.34820.00490.5147-30.0174-10.4119-15.0789
131.6092-1.00270.58125.7787-0.85020.6827-0.5633-0.35840.9332-0.375-0.3370.3123-1.4129-0.19590.68350.63070.0388-0.08680.418-0.0690.4856-19.2241-8.6722-8.2439
146.3444-1.70842.70124.016-1.65256.20520.17720.6848-0.4745-0.72560.0512-0.1621-0.0630.4115-0.31620.4144-0.0291-0.03570.4-0.08280.4498-12.3436-25.5836-10.5717
154.78064.65812.79364.63793.21533.3967-0.29480.6929-0.8688-0.75050.1432-0.9301-0.19491.2233-0.51430.70490.1373-0.29230.5702-0.20970.8106-1.354-35.15640.724
165.2777-0.75373.17697.43-3.94234.0482-0.25870.3472-0.2117-0.36060.0805-0.9299-0.59850.8560.12950.3411-0.03110.05070.4896-0.14220.4331-3.9234-21.0396-5.5386
172.81731.45082.81494.62611.91647.4296-0.2439-0.7560.18540.08090.14890.5711-0.3244-0.23350.13010.4325-0.025-0.04230.29790.00810.4373-20.0126-16.6677-3.9545
187.8154-6.71225.7396.1075-5.83867.3287-0.5325-1.0164-0.55220.11150.88382.3911-0.1985-2.7585-0.60970.74050.0777-0.32360.7349-0.08410.8178-32.3568-27.3667-8.1223
199.14014.6344.72265.47215.88967.02230.2594-0.5811-0.15080.4418-0.1873-0.01270.3177-0.1837-0.07940.33780.0079-0.05170.3225-0.00160.3417-17.1462-24.30560.3738
205.31944.23434.46153.62844.00024.28110.32850.50270.2613-0.00770.08880.3715-0.49120.307-0.51810.48930.0239-0.02210.3483-0.0220.3171-7.3595-11.476814.4064
210.90081.74712.63663.42754.48276.8092-0.46150.27020.4535-1.09250.09241.4655-1.63850.37390.32060.8176-0.10090.03920.4676-0.01610.5811-10.80220.039419.8965
229.1852-3.35021.41953.1234-2.77313.4984-0.2505-0.82950.40620.97530.4592-0.3379-0.60190.3081-0.32290.5677-0.01750.01360.5178-0.0280.3116-6.7016-18.815944.7486
232.75692.7790.0455.41163.26527.4536-0.0671-0.2064-0.36360.16710.2797-0.41150.07950.2957-0.12690.46440.04910.02570.31450.0230.3542-10.9945-31.959739.6877
244.4519-0.0136-2.81097.44182.22282.6735-0.1781-1.6048-1.06791.3004-0.0239-0.40710.90990.99680.10431.02110.2619-0.00690.84780.17210.6574-7.9498-31.600552.8598
254.3557-0.53162.32723.34292.05383.29110.19831.1113-0.8449-0.5490.6048-0.90171.13670.8399-0.90510.84410.01890.07950.7315-0.07370.5688-5.7641-20.7904-20.4117
264.6315-1.80760.16739.3553.20577.0848-0.18360.28280.1045-0.85590.165-0.1369-0.5332-0.15880.00550.5798-0.1085-0.02840.39950.04470.3361-9.924-7.4111-15.615
271.4975-2.8546-0.50955.72821.28990.38320.63981.40130.5399-3.0631-1.1155-1.6367-1.5680.5110.95951.8867-0.27660.33141.1150.26810.8639-7.6331-8.3712-29.044
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 246 through 276 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 277 through 289 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 290 through 325 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 326 through 343 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 344 through 353 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 354 through 368 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 369 through 391 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 392 through 419 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 420 through 439 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 246 through 252 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 253 through 276 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 277 through 289 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 290 through 325 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 326 through 344 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 345 through 353 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 354 through 368 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 369 through 385 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 386 through 394 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 395 through 409 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 410 through 419 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 420 through 439 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 66 through 81 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 82 through 111 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 112 through 130 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 65 through 81 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 82 through 111 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 112 through 129 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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