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- PDB-6tu9: The ROR1 Pseudokinase Domain Bound To Ponatinib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tu9
タイトルThe ROR1 Pseudokinase Domain Bound To Ponatinib
要素Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Receptor Transmembrane Kinase Pseudokinase Small-molecule inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Wnt receptor activity / Wnt-protein binding / astrocyte development / inner ear development / coreceptor activity / stress fiber / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / axon terminus / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity ...WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Wnt receptor activity / Wnt-protein binding / astrocyte development / inner ear development / coreceptor activity / stress fiber / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / axon terminus / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / sensory perception of sound / positive regulation of neuron projection development / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / cell surface / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, receptor ROR / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. ...Tyrosine-protein kinase, receptor ROR / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Kringle-like fold / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0LI / Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Mathea, S. / Preuss, F. / Chatterjee, D. / Niininen, W. / Ungureanu, D. / Shin, D. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into Pseudokinase Domains of Receptor Tyrosine Kinases.
著者: Sheetz, J.B. / Mathea, S. / Karvonen, H. / Malhotra, K. / Chatterjee, D. / Niininen, W. / Perttila, R. / Preuss, F. / Suresh, K. / Stayrook, S.E. / Tsutsui, Y. / Radhakrishnan, R. / ...著者: Sheetz, J.B. / Mathea, S. / Karvonen, H. / Malhotra, K. / Chatterjee, D. / Niininen, W. / Perttila, R. / Preuss, F. / Suresh, K. / Stayrook, S.E. / Tsutsui, Y. / Radhakrishnan, R. / Ungureanu, D. / Knapp, S. / Lemmon, M.A.
履歴
登録2020年1月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.country ..._chem_comp.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1
B: Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9634
ポリマ－70,8972
非ポリマー1,0652
水1,69394
1
A: Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9812
ポリマ－35,4491
非ポリマー5331
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9812
ポリマ－35,4491
非ポリマー5331
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.290, 85.969, 72.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.045, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1 / Neurotrophic tyrosine kinase / receptor-related 1


分子量: 35448.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROR1, NTRKR1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q01973
#2: 化合物 ChemComp-0LI / 3-(imidazo[1,2-b]pyridazin-3-ylethynyl)-4-methyl-N-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}benzam ide / Ponatinib / ポナチニブ


分子量: 532.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H27F3N6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 7.2, 12% PEG20K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→42.98 Å / Num. obs: 49088 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 34.75 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3246 / CC1/2: 0.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GT4

4gt4


解像度: 1.94→42.98 Å / SU ML: 0.2604 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.55 / 位相誤差: 30.6522
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2414 2583 5.27 %
Rwork0.2088 --
obs0.2105 49010 98.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 47.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→42.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4000 0 78 94 4172
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00734196
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84685711
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551621
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052780
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5011628
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.94-1.980.42041510.38592518X-RAY DIFFRACTION98.12
1.98-2.020.39661310.34522526X-RAY DIFFRACTION96.83
2.02-2.060.35651320.3152558X-RAY DIFFRACTION97.89
2.06-2.110.3331570.29162564X-RAY DIFFRACTION99.31
2.11-2.160.32351330.25262626X-RAY DIFFRACTION99.03
2.16-2.220.31021530.22892544X-RAY DIFFRACTION99.23
2.22-2.290.24581520.21922575X-RAY DIFFRACTION99.06
2.29-2.360.28271400.21352617X-RAY DIFFRACTION99.07
2.36-2.440.26491150.20822581X-RAY DIFFRACTION99.23
2.44-2.540.28951490.21192584X-RAY DIFFRACTION99.35
2.54-2.660.25941300.21092597X-RAY DIFFRACTION99.09
2.66-2.80.26121560.2142560X-RAY DIFFRACTION98.69
2.8-2.970.2531590.21192553X-RAY DIFFRACTION97.62
2.97-3.20.28421380.21372615X-RAY DIFFRACTION99.64
3.2-3.520.2361520.20472585X-RAY DIFFRACTION99.2
3.52-4.030.22511410.19092588X-RAY DIFFRACTION98.59
4.03-5.080.17571540.16552608X-RAY DIFFRACTION99
5.08-42.980.18851400.19782628X-RAY DIFFRACTION97.77
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.0379918679 Å / Origin y: 29.2720116605 Å / Origin z: -18.6884529476 Å
111213212223313233
T0.236601956962 Å20.0126234360081 Å2-0.0491815006731 Å2-0.252862743666 Å2-0.0190399180859 Å2--0.324257993401 Å2
L0.473690050931 °20.368507819508 °2-0.792506941589 °2-0.734275156758 °2-0.458914883204 °2--1.25643703953 °2
S0.0342589907782 Å °0.0166681913035 Å °-0.0100070713615 Å °0.00901323962452 Å °-0.0319209419436 Å °-0.00951247094593 Å °-0.0463472374387 Å °-0.0137950753964 Å °-0.00428331247484 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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