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万見
- PDB-6ttp: Crystal structure of the human METTL3-METTL14 complex bound to Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ttp
タイトルCrystal structure of the human METTL3-METTL14 complex bound to Compound 1/Adenosine (DHU_M3M_023)
要素
  • N6-adenosine-methyltransferase catalytic subunit
  • N6-adenosine-methyltransferase non-catalytic subunit
キーワードTRANSFERASE / Compound / Complex / Mettl3 / Mettl14 / Epitranscriptomic
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / positive regulation of cap-independent translational initiation / endothelial to hematopoietic transition / RNA methyltransferase activity / regulation of meiotic cell cycle / RNA methylation / dosage compensation by inactivation of X chromosome ...negative regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / positive regulation of cap-independent translational initiation / endothelial to hematopoietic transition / RNA methyltransferase activity / regulation of meiotic cell cycle / RNA methylation / dosage compensation by inactivation of X chromosome / primary miRNA processing / forebrain radial glial cell differentiation / oxidoreductase complex / S-adenosyl-L-methionine binding / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / mRNA stabilization / gliogenesis / mRNA modification / regulation of neuron differentiation / regulation of T cell differentiation / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / stem cell population maintenance / oogenesis / mRNA destabilization / negative regulation of Notch signaling pathway / mRNA catabolic process / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / positive regulation of translation / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / circadian rhythm / cellular response to UV / spermatogenesis / nuclear body / nuclear speck / protein heterodimerization activity / innate immune response / mRNA binding / DNA damage response / Golgi apparatus / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
N6-adenosine-methyltransferase non-catalytic subunit METTL14-like / mRNA (2'-O-methyladenosine-N(6)-)-methyltransferase-like (MT-A70-like) family profile. / N6-adenosine-methyltransferase MT-A70-like / mRNA (2'-O-methyladenosine-N(6)-)-methyltransferase (EC 2.1.1.62) family profile. / MT-A70-like / MT-A70 / MT-A70-like family profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ADENOSINE / N6-adenosine-methyltransferase catalytic subunit / N6-adenosine-methyltransferase non-catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bedi, R.K. / Huang, D. / Sledz, P. / Caflisch, A.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030B_189363 スイス
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2020
タイトル: Small-Molecule Inhibitors of METTL3, the Major Human Epitranscriptomic Writer.
著者: Bedi, R.K. / Huang, D. / Eberle, S.A. / Wiedmer, L. / Sledz, P. / Caflisch, A.
履歴
登録2019年12月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N6-adenosine-methyltransferase catalytic subunit
B: N6-adenosine-methyltransferase non-catalytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,1194
ポリマ－116,7922
非ポリマー3262
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.250, 64.250, 226.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 N6-adenosine-methyltransferase catalytic subunit / Methyltransferase-like protein 3 / hMETTL3 / N6-adenosine-methyltransferase 70 kDa subunit / MT-A70


分子量: 64562.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL3, MTA70
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q86U44, mRNA m6A methyltransferase
#2: タンパク質 N6-adenosine-methyltransferase non-catalytic subunit / Methyltransferase-like protein 14 / hMETTL14


分子量: 52229.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL14, KIAA1627
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9HCE5
#3: 化合物 ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H13N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 3350, 200 mM Magnesium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→44.8 Å / Num. obs: 36716 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 8.51 % / Biso Wilson estimate: 39.87 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 24.79
反射 シェル解像度: 2→2.13 Å / Num. unique obs: 5758 / CC1/2: 0.838

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L6D

5l6d


解像度: 2→44.78 Å / SU ML: 0.2031 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.2346
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2274 1835 5 %
Rwork0.1932 34846 -
obs0.1949 36681 97.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→44.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3432 0 23 212 3667
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00843553
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95764839
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07533
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063622
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4421469
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.060.2761340.26022551X-RAY DIFFRACTION95.21
2.06-2.120.27041380.2372619X-RAY DIFFRACTION97.66
2.12-2.190.24641390.23062640X-RAY DIFFRACTION98.02
2.19-2.270.30881400.22562664X-RAY DIFFRACTION98.14
2.27-2.360.26491400.21742648X-RAY DIFFRACTION98.2
2.36-2.460.2641400.21862677X-RAY DIFFRACTION98.5
2.46-2.590.26991350.2162551X-RAY DIFFRACTION94.68
2.59-2.760.24031410.22032676X-RAY DIFFRACTION98.77
2.76-2.970.27611420.21322708X-RAY DIFFRACTION98.96
2.97-3.270.21551450.19822749X-RAY DIFFRACTION99.18
3.27-3.740.1861390.17532648X-RAY DIFFRACTION96.1
3.74-4.710.17171470.15322796X-RAY DIFFRACTION99.56
4.71-44.780.25351550.19552919X-RAY DIFFRACTION98.15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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