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- PDB-6ttj: Neutral invertase 2 from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ttj
タイトルNeutral invertase 2 from Arabidopsis thaliana
要素Alkaline/neutral invertase CINV1
キーワードHYDROLASE / Invertase / Carbohydrate
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-fructofuranosidase activity / endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase activity / beta-fructofuranosidase / sucrose alpha-glucosidase activity / sucrose catabolic process / root development / protein hexamerization / amino acid metabolic process / response to hydrogen peroxide / carbohydrate metabolic process ...beta-fructofuranosidase activity / endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase activity / beta-fructofuranosidase / sucrose alpha-glucosidase activity / sucrose catabolic process / root development / protein hexamerization / amino acid metabolic process / response to hydrogen peroxide / carbohydrate metabolic process / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 100 / Alkaline and neutral invertase / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Alkaline/neutral invertase CINV1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.392 Å
データ登録者Tsirkone, V.G. / Osipov, E.M. / Beelen, S. / Strelkov, S.V.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)G0A4915N ベルギー
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of Arabidopsis thaliana neutral invertase 2.
著者: Tarkowski, L.P. / Tsirkone, V.G. / Osipov, E.M. / Beelen, S. / Lammens, W. / Vergauwen, R. / Van den Ende, W. / Strelkov, S.V.
履歴
登録2019年12月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkaline/neutral invertase CINV1
B: Alkaline/neutral invertase CINV1
C: Alkaline/neutral invertase CINV1
D: Alkaline/neutral invertase CINV1
E: Alkaline/neutral invertase CINV1
F: Alkaline/neutral invertase CINV1
G: Alkaline/neutral invertase CINV1
H: Alkaline/neutral invertase CINV1
I: Alkaline/neutral invertase CINV1
J: Alkaline/neutral invertase CINV1
K: Alkaline/neutral invertase CINV1
L: Alkaline/neutral invertase CINV1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)754,98412
ポリマ－754,98412
非ポリマー00
水00
1
A: Alkaline/neutral invertase CINV1
B: Alkaline/neutral invertase CINV1
C: Alkaline/neutral invertase CINV1
D: Alkaline/neutral invertase CINV1
K: Alkaline/neutral invertase CINV1
L: Alkaline/neutral invertase CINV1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)377,4926
ポリマ－377,4926
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Alkaline/neutral invertase CINV1
F: Alkaline/neutral invertase CINV1
G: Alkaline/neutral invertase CINV1
H: Alkaline/neutral invertase CINV1
I: Alkaline/neutral invertase CINV1
J: Alkaline/neutral invertase CINV1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)377,4926
ポリマ－377,4926
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.450, 186.708, 152.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 83 through 99 or (resid 100...
21(chain B and (resid 83 through 99 or (resid 100...
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101(chain J and (resid 83 through 99 or (resid 100...
111(chain K and (resid 83 through 99 or (resid 100...
121(chain L and (resid 83 through 111 or resid 122...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROPHEPHE(chain A and (resid 83 through 99 or (resid 100...AA83 - 9983 - 99
12ARGARGARGARG(chain A and (resid 83 through 99 or (resid 100...AA100100
13HISHISGLUGLU(chain A and (resid 83 through 99 or (resid 100...AA82 - 53382 - 533
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16HISHISGLUGLU(chain A and (resid 83 through 99 or (resid 100...AA82 - 53382 - 533
21PROPROPHEPHE(chain B and (resid 83 through 99 or (resid 100...BB83 - 9983 - 99
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23HISHISGLUGLU(chain B and (resid 83 through 99 or (resid 100...BB82 - 53382 - 533
24HISHISGLUGLU(chain B and (resid 83 through 99 or (resid 100...BB82 - 53382 - 533
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35HISHISGLUGLU(chain C and (resid 83 through 99 or (resid 100...CC82 - 53382 - 533
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42ARGARGARGARG(chain D and (resid 83 through 99 or (resid 100...DD100100
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52ARGARGARGARG(chain E and (resid 83 through 99 or (resid 100...EE100100
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64HISHISGLUGLU(chain F and (resid 83 through 99 or (resid 100...FF82 - 53382 - 533
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72ARGARGARGARG(chain G and (resid 83 through 99 or (resid 100...GG100100
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81PROPROPHEPHE(chain H and (resid 83 through 99 or (resid 100...HH83 - 9983 - 99
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91PROPROPHEPHE(chain I and (resid 83 through 99 or (resid 100...II83 - 9983 - 99
92ARGARGARGARG(chain I and (resid 83 through 99 or (resid 100...II100100
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94PROPROGLUGLU(chain I and (resid 83 through 99 or (resid 100...II83 - 53383 - 533
95PROPROGLUGLU(chain I and (resid 83 through 99 or (resid 100...II83 - 53383 - 533
96PROPROGLUGLU(chain I and (resid 83 through 99 or (resid 100...II83 - 53383 - 533
101PROPROPHEPHE(chain J and (resid 83 through 99 or (resid 100...JJ83 - 9983 - 99
102ARGARGARGARG(chain J and (resid 83 through 99 or (resid 100...JJ100100
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106HISHISGLUGLU(chain J and (resid 83 through 99 or (resid 100...JJ82 - 53382 - 533
111PROPROPHEPHE(chain K and (resid 83 through 99 or (resid 100...KK83 - 9983 - 99
112ARGARGARGARG(chain K and (resid 83 through 99 or (resid 100...KK100100
113PROPROGLUGLU(chain K and (resid 83 through 99 or (resid 100...KK83 - 53383 - 533
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121PROPROASPASP(chain L and (resid 83 through 111 or resid 122...LL83 - 11183 - 111
122GLNGLNGLYGLY(chain L and (resid 83 through 111 or resid 122...LL122 - 167122 - 167
123GLUGLUGLUGLU(chain L and (resid 83 through 111 or resid 122...LL168168
124PROPROGLUGLU(chain L and (resid 83 through 111 or resid 122...LL83 - 53383 - 533
125PROPROGLUGLU(chain L and (resid 83 through 111 or resid 122...LL83 - 53383 - 533
126PROPROGLUGLU(chain L and (resid 83 through 111 or resid 122...LL83 - 53383 - 533
127PROPROGLUGLU(chain L and (resid 83 through 111 or resid 122...LL83 - 53383 - 533

-
要素

#1: タンパク質
Alkaline/neutral invertase CINV1 / Alkaline/neutral invertase G / A/N-INVG / Cytosolic invertase 1 / AtCYT-INV1


分子量: 62915.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Neutral Invertase from the model plant Arabidopsis thaliana
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CINV1, INVG, At1g35580, F15O4.33 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LQF2, beta-fructofuranosidase

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶解説: Needles
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9
詳細: 2.9 M NaCl, 9% polyethylene glycol 4000, 0.1 M bicine, pH 9.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.39→49 Å / Num. obs: 79402 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.95 / Rmerge(I) obs: 0.415 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 3.39→3.46 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 1.698 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4000 / CC1/2: 0.852 / % possible all: 87.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GOO

5goo


解像度: 3.392→46.654 Å / SU ML: 0.58 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2838 3964 5 %Random selecrion
Rwork0.2521 75250 --
obs0.2537 79214 98.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 139.81 Å2 / Biso mean: 59.8902 Å2 / Biso min: 31.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.392→46.654 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数42174 0 0 0 42174
残基数----5261
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A15576X-RAY DIFFRACTION6.104TORSIONAL
12B15576X-RAY DIFFRACTION6.104TORSIONAL
13C15576X-RAY DIFFRACTION6.104TORSIONAL
14D15576X-RAY DIFFRACTION6.104TORSIONAL
15E15576X-RAY DIFFRACTION6.104TORSIONAL
16F15576X-RAY DIFFRACTION6.104TORSIONAL
17G15576X-RAY DIFFRACTION6.104TORSIONAL
18H15576X-RAY DIFFRACTION6.104TORSIONAL
19I15576X-RAY DIFFRACTION6.104TORSIONAL
110J15576X-RAY DIFFRACTION6.104TORSIONAL
111K15576X-RAY DIFFRACTION6.104TORSIONAL
112L15576X-RAY DIFFRACTION6.104TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.392-3.43330.44011170.4134221683
3.4333-3.47670.44591360.4163265196
3.4767-3.52240.37891470.34692661100
3.5224-3.57070.35541430.34552688100
3.5707-3.62170.39341340.31642720100
3.6217-3.67570.41771300.3689261397
3.6757-3.73310.37461340.3288273099
3.7331-3.79430.31611550.30232687100
3.7943-3.85970.33661590.31652705100
3.8597-3.92980.45511380.3857251494
3.9298-4.00540.31011200.28432759100
4.0054-4.08710.30291180.25632722100
4.0871-4.17590.28891530.24052701100
4.1759-4.2730.2381350.2432736100
4.273-4.37980.26021460.23042723100
4.3798-4.49810.28241390.23452722100
4.4981-4.63030.2431380.22022718100
4.6303-4.77970.24611380.22342720100
4.7797-4.95030.24071550.20112690100
4.9503-5.14830.22731430.21212731100
5.1483-5.38220.24611580.21632742100
5.3822-5.66550.27271490.23432704100
5.6655-6.01980.26081460.22142729100
6.0198-6.48350.26611660.23652691100
6.4835-7.13390.2411480.21612722100
7.1339-8.16140.23651300.19222745100
8.1614-10.26450.17921470.15942743100
10.2645-46.6540.21991420.1935276799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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