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- PDB-5goo: Crystal structure of alkaline invertase InvA from Anabaena sp. PC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5goo
タイトルCrystal structure of alkaline invertase InvA from Anabaena sp. PCC 7120 complexed with fructose
要素Alkaline Invertase
キーワードHYDROLASE / alkaline invertases / cyanobacteria / glycoside hydrolase family 100 / sucrose hydrolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase activity / beta-fructofuranosidase / sucrose alpha-glucosidase activity / sucrose catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 100 / Alkaline and neutral invertase / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-fructofuranose / beta-fructofuranosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Xie, J. / Cai, K. / Hu, H.X. / Jiang, Y.L. / Yang, F. / Hu, P.F. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China 中国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Analysis of the Catalytic Mechanism and Substrate Specificity of Anabaena Alkaline Invertase InvA Reveals a Novel Glucosidase.
著者: Xie, J. / Cai, K. / Hu, H.X. / Jiang, Y.L. / Yang, F. / Hu, P.F. / Cao, D.D. / Li, W.F. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
履歴
登録2016年7月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkaline Invertase
B: Alkaline Invertase
C: Alkaline Invertase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,7949
ポリマ－159,9783
非ポリマー8176
水8,197455
1
A: Alkaline Invertase
B: Alkaline Invertase
C: Alkaline Invertase
ヘテロ分子

A: Alkaline Invertase
B: Alkaline Invertase
C: Alkaline Invertase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)321,58918
ポリマ－319,9556
非ポリマー1,63412
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area31870 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area82100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.772, 177.927, 181.557
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Alkaline Invertase / Alr1521 protein


分子量: 53325.844 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 9-460 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
株: PCC 7120 / 遺伝子: invA, alr1521 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YWS9, beta-fructofuranosidase
#2: 糖 ChemComp-FRU / beta-D-fructofuranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose / β-D-フルクトフラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DFrufbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-fructofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-FrufIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FruSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 455 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.5 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris / PH範囲: 8-8.5 / Temp details: 287 K first, then transfer to 298 K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月27日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 87561 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 25.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 5.9 % / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
PHENIX位相決定
MOLREPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.11→31.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.803 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.174 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 4392 5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.194 83084 96.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.94 Å20 Å20 Å2
2---1.16 Å20 Å2
3----0.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→31.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10731 0 54 455 11240
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01911076
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0210468
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0441.97215023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.737324046
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.89851332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.1423.743529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.756151723
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6211568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.21588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02112503
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022659
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2073.4325337
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2073.4315336
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0355.146666
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0355.1416667
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4673.6135734
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4673.6135734
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5065.3388354
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.9627.60513177
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.9627.60613178
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.11→2.16 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 307 -
Rwork0.246 5582 -
obs--89.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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