PDB-6tss: Crystal structure of horse L ferritin (HoLf) Fe(III)-loaded for 6...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tss

タイトル

Crystal structure of horse L ferritin (HoLf) Fe(III)-loaded for 60 minutes

要素

Ferritin light chain

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / horse L ferritin / HoLf / Fe(III) / trinuclear Fe(III) cluster

機能・相同性

機能・相同性情報

ferritin complex / autolysosome / ferric iron binding / autophagosome / iron ion transport / ferrous iron binding / cytoplasmic vesicle / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Pozzi, C. / Ciambellotti, S. / Turano, P. / Mangani, S.

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2020
タイトル: Iron Biomineral Growth from the Initial Nucleation Seed in L-Ferritin.
著者: Ciambellotti, S. / Pozzi, C. / Mangani, S. / Turano, P.

履歴

登録	2019年12月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tss.cif.gz	80.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tss.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tss.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6tss_validation.pdf.gz	6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tss_full_validation.pdf.gz	6 MB	表示
XML形式データ	6tss_validation.xml.gz	9.3 KB	表示
CIF形式データ	6tss_validation.cif.gz	12.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/6tss ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/6tss	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tr9C 6trzC 6ts0C 6ts1C 6tsaC 6tsfC 6tsjC 6tsxC 5lg2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2z5p-1 2v2p-1 1xz3-1 2v2l-1 6job-1 2w0o-1 6s61-d 3noz-1 5erj-1 6ke2-1 5z8j-1 6hjt-1 4z3b-1 5z8s-1 5lg8-1 6tr9-1 6trz-1 2v2n-1 5vtd-1 4lqv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (10) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (10)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#114 - 2009年6月
ヴォールト (Vaults)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ferritin light chain

ヘテロ分子

21.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Ferritin light chain

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
506 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1
crystal symmetry operation	13_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	14_555	-y,-x,-z	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	17_555	x,z,-y	1
crystal symmetry operation	18_555	-x,z,y	1
crystal symmetry operation	19_555	-x,-z,-y	1
crystal symmetry operation	20_555	x,-z,y	1
crystal symmetry operation	21_555	z,y,-x	1
crystal symmetry operation	22_555	z,-y,x	1
crystal symmetry operation	23_555	-z,y,x	1
crystal symmetry operation	24_555	-z,-y,-x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.281, 181.281, 181.281
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-205- CD
2	1	AAA-216- FE

#1: タンパク質	Ferritin light chain / Ferritin L subunit 分子量: 20079.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P02791
#2: 化合物	ChemComp-O / OXYGEN ATOM 分子量: 15.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#3: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 30 mM cadmium nitrate, 1 M ammonium sulfate, 200 mM sodium acetate, pH 5.5

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	100	1	N
2	100	1	N
3	100	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Diamond	I04	1	0.9795
シンクロトロン	Diamond	I04	2	1.73892
シンクロトロン	Diamond	I04	3	1.7512

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS EIGER2 X 16M	1	PIXEL	2019年7月26日
DECTRIS EIGER2 X 16M	2	PIXEL	2019年7月26日
DECTRIS EIGER2 X 16M	3	PIXEL	2019年7月26日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si(111)	MAD	M	x-ray	1
2	Si(111)	MAD	M	x-ray	2
3	Si(111)	MAD	M	x-ray	3

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9795	1
2	1.73892	1
3	1.7512	1

反射

Entry-ID: 6TSS / Observed criterion σ(I): 2 / % possible obs: 100 %

解像度 (Å)	Num. obs	冗長度 (%)	B_iso Wilson estimate (Å²)	CC_1/2	R_merge(I) obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
2.18-104.66	13865	21.6	45.8	1	0.084	0.019	0.089	1	21.8
2.42-104.71	10256	20.1	45.8	0.999	0.11	0.028	0.126	2	15.7
2.48-90.72	9583	20.1	63	0.997	0.139	0.032	0.145	3	11.5

反射シェル

% possible all: 100

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Diffraction-ID
2.18-2.3	22	1.092	3.3	1952	0.863	0.241	1.138	1
2.42-2.55	16.9	1.607	2	1436	0.69	0.409	1.695	2
2.48-2.61	20.1	1.377	2.1	1364	0.788	0.337	1.449	3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LG2

5lg2

解像度: 2.18→104.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.188

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2567	696	5.021 %
R_work	0.1969	-	-
all	0.2	-	-
obs	-	13862	99.964 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.412 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→104.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1339	0	20	65	1424

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.764	1.636	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.393	1.574	2942
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.491	5	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.901	21.905	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.226	15	241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.134	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.146	0.2	170
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.012	0.02	308
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	311
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.211	0.2	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	680
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	610
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.095	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.202	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.903	4.671	679
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.904	4.67	678
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.241	6.975	848
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.239	6.975	849
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.713	5.246	700
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.708	5.245	701
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.38	7.581	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.375	7.58	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.384	55.406	1561
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.157	55.187	1550

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.18-2.237	0.253	46	0.235	937	X-RAY DIFFRACTION	100
2.237-2.298	0.255	46	0.224	921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.298-2.365	0.173	43	0.197	912	X-RAY DIFFRACTION	99.8954
2.365-2.438	0.32	50	0.202	866	X-RAY DIFFRACTION	100
2.438-2.518	0.31	38	0.207	863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.518-2.606	0.303	46	0.204	810	X-RAY DIFFRACTION	100
2.606-2.704	0.252	49	0.173	795	X-RAY DIFFRACTION	100
2.704-2.815	0.227	34	0.171	761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.815-2.94	0.214	44	0.16	744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.083	0.219	46	0.168	713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.083-3.25	0.215	29	0.164	670	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.447	0.209	37	0.157	647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.447-3.684	0.163	26	0.153	613	X-RAY DIFFRACTION	100
3.684-3.979	0.182	31	0.159	572	X-RAY DIFFRACTION	100
3.979-4.358	0.204	35	0.15	533	X-RAY DIFFRACTION	100
4.358-4.871	0.244	18	0.157	487	X-RAY DIFFRACTION	100
4.871-5.623	0.266	21	0.206	444	X-RAY DIFFRACTION	100
5.623-6.882	0.301	28	0.265	368	X-RAY DIFFRACTION	100
6.882-9.711	0.219	16	0.241	310	X-RAY DIFFRACTION	100
9.711-104.66	0.59	13	0.402	200	X-RAY DIFFRACTION	98.1567

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関連情報:EMDBヘッダ

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