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- PDB-6trs: Crystal structure of TFIIH subunit p52 in complex with p8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6trs
タイトルCrystal structure of TFIIH subunit p52 in complex with p8
要素
  • RNA polymerase II transcription factor B subunit 2
  • Uncharacterized protein
キーワードTRANSCRIPTION / TFIIH / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


: / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / ATPase activator activity / nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription factor TFIIH subunit p52/Tfb2 / Transcription factor Tfb2, C-terminal domain / Transcription factor Tfb2 / Transcription factor Tfb2 (p52) C-terminal domain / TFIIH subunit TTDA/Tfb5 / TFB5-like superfamily / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 / RNA polymerase II transcription factor B subunit 5
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Koelmel, W. / Kuper, J. / Schoenwetter, E. / Kisker, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)KI-562/11-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: How to limit the speed of a motor: the intricate regulation of the XPB ATPase and translocase in TFIIH.
著者: Kappenberger, J. / Koelmel, W. / Schoenwetter, E. / Scheuer, T. / Woerner, J. / Kuper, J. / Kisker, C.
履歴
登録2019年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase II transcription factor B subunit 2
B: RNA polymerase II transcription factor B subunit 2
D: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,0543
ポリマ－104,0543
非ポリマー00
水00
1
A: RNA polymerase II transcription factor B subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2451
ポリマ－46,2451
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16100 Å2
2
B: RNA polymerase II transcription factor B subunit 2
D: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8092
ポリマ－57,8092
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area24750 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)74.216, 85.954, 92.172
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.930, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2


分子量: 46245.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
遺伝子: CTHT_0044720 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S965
#2: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 11563.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
遺伝子: CTHT_0052580 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SDQ1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.79 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: ammonium chloride, PEG 4000, TRIS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→19.92 Å / Num. obs: 17307 / % possible obs: 88.7 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 53.57 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.28 / Rpim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.68→2.95 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 1.429 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 865 / CC1/2: 0.318 / Rpim(I) all: 0.715 / % possible all: 49.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Aimlessデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.68→19.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.849 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.818 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.434
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1091 6.38 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.217 17099 52.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 145.28 Å2 / Biso mean: 53.17 Å2 / Biso min: 19.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.11 Å20 Å25.508 Å2
2---7.756 Å20 Å2
3----7.354 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.49 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.68→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5606 0 0 0 5606
残基数----708
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1974SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes956HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5722HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion763SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6428SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5722HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7758HARMONIC20.95
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.8
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.85
LS精密化 シェル解像度: 2.68→2.85 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1748 18 7.69 %
Rwork0.2285 216 -
all0.2243 234 -
obs--4.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.022-0.6126-0.73842.52921.05052.22620.00770.01820.0136-0.18680.01370.18430.0334-0.2146-0.02140.1692-0.00020.0503-0.25850.0532-0.2231-5.160814.6689-37.0178
20.44770.49040.63361.76250.99511.37760.02090.030.08620.1799-0.00420.24080.0216-0.0904-0.01680.239-0.01680.0501-0.20710.0377-0.2199-10.75761.5866-18.898
30.17260.3112-1.02873.9938-1.34834.21820.0075-0.0617-0.01650.0453-0.04390.2064-0.0347-0.11650.03640.0610.1262-0.0171-0.0767-0.0071-0.0581-20.6765-31.6625-32.7338
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A109 - 435
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B105 - 496
3X-RAY DIFFRACTION3{ D|* }D4 - 69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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