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万見
- PDB-6tro: Crystal structure of the T-cell receptor GVY01 bound to HLA A2*01... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tro
タイトルCrystal structure of the T-cell receptor GVY01 bound to HLA A2*01-GVYDGREHTV
要素
  • (T-cell receptor ...) x 2
  • Beta-2-microglobulin
  • MAGE-A4 peptide (amino acids 230-239)
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / human leukocyte antigen / MAGE-A4 / T-cell receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cell cycle / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib ...positive regulation of cell cycle / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / histone deacetylase binding / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Melanoma associated antigen, N-terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / MAGE conserved domain profile. / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / MAGE homology domain, winged helix WH1 motif / MAGE homology domain, winged helix WH2 motif / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen ...Melanoma associated antigen, N-terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / MAGE conserved domain profile. / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / MAGE homology domain, winged helix WH1 motif / MAGE homology domain, winged helix WH2 motif / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Melanoma-associated antigen 4 / Beta-2-microglobulin / HLA class I antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Coles, C.H. / McMurran, C. / Lloyd, A. / Hibbert, L. / Lupardus, P.J. / Cole, D.K. / Harper, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: T cell receptor interactions with human leukocyte antigen govern indirect peptide selectivity for the cancer testis antigen MAGE-A4.
著者: Coles, C.H. / McMurran, C. / Lloyd, A. / Hock, M. / Hibbert, L. / Raman, M.C.C. / Hayes, C. / Lupardus, P. / Cole, D.K. / Harper, S.
履歴
登録2019年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / pdbx_contact_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: MAGE-A4 peptide (amino acids 230-239)
D: T-cell receptor alpha chain
E: T-cell receptor beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,3835
ポリマ－96,3835
非ポリマー00
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10590 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area38470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)220.040, 220.040, 96.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31951.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5B8RNS7, UniProt: Q53Z42*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
T-cell receptor ... , 2種, 2分子 DE

#4: タンパク質 T-cell receptor alpha chain


分子量: 23016.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質 T-cell receptor beta chain


分子量: 28401.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 24分子 C

#3: タンパク質・ペプチド MAGE-A4 peptide (amino acids 230-239)


分子量: 1134.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43358*PLUS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1 M succinic acid, 0.1 M HEPES pH 7.0, 1 % w/v PEG MME 2k

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→67.91 Å / Num. obs: 27736 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 85.884 Å2 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 183925
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
3-3.056.81.2940213820.6871.93999.6
8.14-67.93638.9872214550.0130.03492.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
xia20.5.744データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia20.5.744データ削減
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HUJ, 6AVF, 5e00

3huj

6avf

5e00


解像度: 3→67.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 45.777 / SU ML: 0.364 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.414 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2702 1355 4.9 %RANDOM
Rwork0.2133 ---
obs0.2162 26360 98.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 210.85 Å2 / Biso mean: 102.286 Å2 / Biso min: 60.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.63 Å2-0.82 Å2-0 Å2
2---1.63 Å20 Å2
3---5.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→67.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6572 0 0 23 6595
Biso mean---73.82 -
残基数----814
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0136750
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175902
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2031.6519165
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.051.57713718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7995806
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.22921.98394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.01151099
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7391549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0370.2854
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021515
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 101 -
Rwork0.341 1922 -
all-2023 -
obs--99.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4651-0.5527-1.14551.44550.18912.47350.2391-0.23860.33860.22750.110.489-0.4457-0.0759-0.3490.5638-0.06010.18180.11620.11620.423675.0792-21.99473.4098
27.1023-0.92020.22184.91420.23642.50250.20060.45820.1998-0.4616-0.0030.5824-0.2333-0.5671-0.19760.4257-0.00040.12360.22040.16170.458258.8203-31.98012.497
310.5982-1.0237-0.7930.15130.49254.94041.14350.6614-1.5636-0.03220.0580.11290.41191.4444-1.20150.56430.118-0.13970.5652-0.48150.95393.6258-29.9696-2.444
46.8940.6544-2.62352.2410.22672.3311-0.08960.31480.197-0.18620.121-0.5876-0.20160.0127-0.03140.52440.06570.08110.04750.01230.2075120.9007-9.0489-22.2368
54.57350.3644-1.45122.07820.17420.72530.26190.2769-0.177-0.1668-0.1936-0.557-0.0065-0.0462-0.06830.4510.10780.00050.16840.00790.166122.0498-27.6034-31.008
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 274
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 10
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 217
5X-RAY DIFFRACTION5E4 - 256

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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