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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tqs | |||||||||||||||
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タイトル | The crystal structure of the MSP domain of human MOSPD2 in complex with the conventional FFAT motif of ORP1. | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING / Membrane contact sites / FFAT motif / MSP domain / Endoplasmic reticulum | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endoplasmic reticulum-endosome membrane contact site / FFAT motif binding / lipid droplet formation / organelle membrane contact site / : / perinuclear endoplasmic reticulum / bile acid biosynthetic process / RHOD GTPase cycle / positive regulation of monocyte chemotaxis / positive regulation of neutrophil chemotaxis ...endoplasmic reticulum-endosome membrane contact site / FFAT motif binding / lipid droplet formation / organelle membrane contact site / : / perinuclear endoplasmic reticulum / bile acid biosynthetic process / RHOD GTPase cycle / positive regulation of monocyte chemotaxis / positive regulation of neutrophil chemotaxis / cholesterol binding / Synthesis of bile acids and bile salts / endomembrane system / specific granule membrane / vesicle-mediated transport / MHC class II antigen presentation / cholesterol metabolic process / protein homooligomerization / phospholipid binding / chemotaxis / late endosome / endosome / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | McEwen, A.G. / Poussin-Courmontagne, P. / Di Mattia, T. / Wendling, C. / Cavarelli, J. / Tomasetto, C. / Alpy, F. | |||||||||||||||
資金援助 | フランス, 4件
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引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2020 タイトル: FFAT motif phosphorylation controls formation and lipid transfer function of inter-organelle contacts. 著者: Di Mattia, T. / Martinet, A. / Ikhlef, S. / McEwen, A.G. / Nomine, Y. / Wendling, C. / Poussin-Courmontagne, P. / Voilquin, L. / Eberling, P. / Ruffenach, F. / Cavarelli, J. / Slee, J. / ...著者: Di Mattia, T. / Martinet, A. / Ikhlef, S. / McEwen, A.G. / Nomine, Y. / Wendling, C. / Poussin-Courmontagne, P. / Voilquin, L. / Eberling, P. / Ruffenach, F. / Cavarelli, J. / Slee, J. / Levine, T.P. / Drin, G. / Tomasetto, C. / Alpy, F. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tqs.cif.gz | 352.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tqs.ent.gz | 285.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tqs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6tqs_validation.pdf.gz | 574.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6tqs_full_validation.pdf.gz | 583.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6tqs_validation.xml.gz | 34 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6tqs_validation.cif.gz | 46.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/6tqs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/6tqs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 11分子 ABCDEFGHIJK
#1: タンパク質 | 分子量: 24268.594 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MSP domain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MOSPD2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NHP6 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2323.427 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: FFAT motif / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BXW6 |
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-非ポリマー , 7種, 289分子
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-TFA / #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | ChemComp-CL / | #7: 化合物 | ChemComp-PEG / | #8: 化合物 | ChemComp-1PE / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M sodium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月25日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.25→109.88 Å / Num. obs: 42297 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 36.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.244 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.248 / Net I/σ(I): 11.3 / Num. measured all: 1549132 / Scaling rejects: 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1WIC 解像度: 2.25→70.64 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.81
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 170.97 Å2 / Biso mean: 63.0693 Å2 / Biso min: 28.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.25→70.64 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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