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- PDB-2lca: Solution structure of the C domain of RV0899 from mycobacterium t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lca
タイトルSolution structure of the C domain of RV0899 from mycobacterium tuberculosis
要素Uncharacterized protein Rv0899/MT0922
キーワードpeptidoglycan-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


response to host pH environment / plasma membrane => GO:0005886 / cell wall / ammonium transmembrane transport / peptidoglycan binding / response to acidic pH / porin activity / monoatomic ion transport / peptidoglycan-based cell wall / cell outer membrane ...response to host pH environment / plasma membrane => GO:0005886 / cell wall / ammonium transmembrane transport / peptidoglycan binding / response to acidic pH / porin activity / monoatomic ion transport / peptidoglycan-based cell wall / cell outer membrane / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / BON-like domain / BON domain / BON domain / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. / OmpA-like domain / Outer membrane protein, bacterial / : / OmpA-like domain profile. ...: / BON-like domain / BON domain / BON domain / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. / OmpA-like domain / Outer membrane protein, bacterial / : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidoglycan-binding protein ArfA / Peptidoglycan-binding protein ArfA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 20
データ登録者Marassi, F. / Yao, Y.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Molecular Structure and Peptidoglycan Recognition of Mycobacterium tuberculosis ArfA (Rv0899).
著者: Yao, Y. / Barghava, N. / Kim, J. / Niederweis, M. / Marassi, F.M.
履歴
登録2011年4月26日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月18日Group: Structure summary
改定 1.22012年2月15日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.52024年10月30日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein Rv0899/MT0922


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0971
ポリマ－14,0971
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein Rv0899/MT0922


分子量: 14096.714 Da / 分子数: 1 / 断片: OmpA-like residues 196-326 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: Rv0899, MT0922, MTCY31.27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P65593, UniProt: P9WIU5*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HN(CA)CB
1313D C(CO)NH
1413D H(CCO)NH
1513D (H)CCH-TOCSY
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY aliphatic

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.5 mM / 構成要素: protein-1 / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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