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- PDB-6tqi: I-MOTIF STRUCTURE FORMED FROM THE C STRAND OF A HUMAN TELOMERE FR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tqi
タイトルI-MOTIF STRUCTURE FORMED FROM THE C STRAND OF A HUMAN TELOMERE FRAGMENT
要素DNA (5'-*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*A-3')
キーワードDNA / telomeric / i-motif
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Parkinson, G.N. / Wagner, A. / Viladoms-Claverol, J. / Duman, R. / El-Omari, K.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Native de novo structural determinations of non-canonical nucleic acid motifs by X-ray crystallography at long wavelengths.
著者: Zhang, Y. / El Omari, K. / Duman, R. / Liu, S. / Haider, S. / Wagner, A. / Parkinson, G.N. / Wei, D.
履歴
登録2019年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年11月11日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*A-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,6841
ポリマ－2,6841
非ポリマー00
水00
1
A: DNA (5'-*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*A-3')

A: DNA (5'-*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*A-3')

A: DNA (5'-*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*A-3')

A: DNA (5'-*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*A-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7354
ポリマ－10,7354
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/31
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)31.900, 31.900, 81.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*A-3')


分子量: 2683.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 % / 解説: hexagonal rods
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 15% PEG 400, 5 mM spermine, 50 mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES)
PH範囲: 4.5-5.5

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
31001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0211
シンクロトロンDiamond I2323.0996
シンクロトロンDiamond I0230.92007
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2013年4月25日
DECTRIS PILATUS 12M2PIXEL2016年2月18日
DECTRIS PILATUS 2M3PIXEL2016年2月7日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI(III)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SI(III)SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
3SI(III)SINGLE WAVELENGTHMx-ray3
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
23.09961
30.920071
反射解像度: 2.9→27.63 Å / Num. obs: 704 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 30.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rpim(I) all: 0.007 / Rrim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 79.6 / Num. measured all: 21199
反射 シェル

Rpim(I) all: 0.011 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.9-3.2533.70.04518310.04699
6.49-27.6320.70.036860.9990.03799.8

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0257精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
SHELXDE位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.95→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 16.599 / SU ML: 0.289 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.358
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2267 30 4.4 %RANDOM
Rwork0.2389 ---
obs0.2384 647 98.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 121.8 Å2 / Biso mean: 49.393 Å2 / Biso min: 27.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å2-0.14 Å2-0 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3---0.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 178 0 0 178
残基数----9
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.011199
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.02102
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.941.187304
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6333241
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02105
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.0246
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.026 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 1 -
Rwork0.438 41 -
all-42 -
obs--97.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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