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- PDB-6tpl: D0-D1 domain of Intimin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tpl
タイトルD0-D1 domain of Intimin
要素Intimin
キーワードCELL ADHESION / Intimin / adhesion / passenger domain / bacterial Ig domain / Ig / BIG domain
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / cell adhesion
類似検索 - 分子機能
Intimin, C-terminal / Intimin C-type lectin domain / Intimin/invasin bacterial adhesion mediator protein / Inverse autotransporter, beta-domain / Inverse autotransporter, beta-domain superfamily / : / Inverse autotransporter, beta-domain / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain ...Intimin, C-terminal / Intimin C-type lectin domain / Intimin/invasin bacterial adhesion mediator protein / Inverse autotransporter, beta-domain / Inverse autotransporter, beta-domain superfamily / : / Inverse autotransporter, beta-domain / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain profile. / Bacterial Ig-like domain 2 / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain, group 2 / Lysin motif / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Weikum, J. / Leo, J.C. / Morth, J.P.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: The extracellular juncture domains in the intimin passenger adopt a constitutively extended conformation inducing restraints to its sphere of action.
著者: Weikum, J. / Kulakova, A. / Tesei, G. / Yoshimoto, S. / Jaegerum, L.V. / Schutz, M. / Hori, K. / Skepo, M. / Harris, P. / Leo, J.C. / Morth, J.P.
履歴
登録2019年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intimin
B: Intimin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1999
ポリマ－40,9962
非ポリマー2047
水10,809600
1
A: Intimin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6426
ポリマ－20,4981
非ポリマー1445
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Intimin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5583
ポリマ－20,4981
非ポリマー602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.737, 45.325, 67.561
Angle α, β, γ (deg.)97.076, 97.550, 99.902
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Intimin


分子量: 20497.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: eae / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H3JUW4, UniProt: P19809*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 600 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.12 % / 解説: square 200x200x200 um
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.2 MgCl2, 25% PEG 3350. Glycerol added to the reservoir only to extract additional water

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.797→44.149 Å / Num. obs: 32902 / % possible obs: 91.35 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 14.95 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.1014 / Rpim(I) all: 0.06035 / Rrim(I) all: 0.1181 / Net I/σ(I): 7.49
反射 シェル解像度: 1.797→1.862 Å / Rmerge(I) obs: 0.5213 / Num. unique obs: 3238 / CC1/2: 0.821 / Rpim(I) all: 0.3099 / Rrim(I) all: 0.6072

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
xia2データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1f02

1f02


解像度: 1.8→24.77 Å / SU ML: 0.209 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 24.5627
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2309 1615 4.91 %
Rwork0.1873 --
obs0.1894 32879 91.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2836 0 7 600 3443
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00292883
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57923931
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0512514
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0026500
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.56391761
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.850.28861330.25792550X-RAY DIFFRACTION88.87
1.85-1.910.27431410.22832565X-RAY DIFFRACTION90.35
1.91-1.980.26751300.2152617X-RAY DIFFRACTION91.2
1.98-2.060.2181210.18962567X-RAY DIFFRACTION90.87
2.06-2.150.25491410.19532585X-RAY DIFFRACTION90.78
2.15-2.260.24711350.18592624X-RAY DIFFRACTION90.79
2.26-2.410.24131360.18632568X-RAY DIFFRACTION90.56
2.41-2.590.231450.19772595X-RAY DIFFRACTION91.79
2.59-2.850.28061210.20222667X-RAY DIFFRACTION93.09
2.85-3.260.24841490.18592628X-RAY DIFFRACTION92.97
3.26-4.110.21131420.16742620X-RAY DIFFRACTION92.1
4.11-24.770.16951210.16232678X-RAY DIFFRACTION93.3
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.54445548351-1.7122023385-4.812783184192.434064633891.546099273913.0200099072-0.0380941887817-0.2488757856590.3101755778090.3822745138710.172976093204-0.297374259537-0.2262516896290.15393290122-0.04411978016380.222356258585-0.0103602757462-0.04678875791760.1315949349330.003643980601270.1613709915138.6675855870733.6403213349-7.15038783194
21.98581517273-0.2848526905010.1421826150422.334515732580.5051500142321.366443566560.106038456303-0.1858577956260.4365210860780.07702119357090.0785675288982-0.247986677887-0.537033230544-0.0226036054614-0.2655764107760.2206846590790.00580720981942-0.01423763997430.124651051509-0.00484944534060.1876845380017.8285163858831.8241592597-5.69641236408
31.067037903010.0873372765322-0.1270315434161.109052677050.4585185747930.6076455939930.08126434844540.1059250456360.0603304626791-0.6417029669650.06394661217230.1838276088470.101148360806-0.0769406460510.1544041213090.290146360606-0.0276868708354-0.07311236983740.137618908592-0.005546509683750.157474235943-4.4616023490522.2887080771-38.0316290749
40.5181163915120.379892269399-0.2256185579071.99168513910.1932679970480.1705337900820.02191534173750.168675536149-0.0423665729507-0.1912368248890.1630019872370.285607113010.253966578503-0.1340565469670.7564012619810.345197187056-0.0306820551811-0.1376076265490.194655921376-0.005154760704580.185637595984-8.1307643129920.2215136214-41.3225757846
50.649015878593-0.269835133386-0.07947601020730.823964329003-0.2846321377560.539049043775-0.02595990778870.0201795637175-0.0278928413953-0.1795251930330.001454995689030.0129511806534-0.110267085553-0.03064629720020.03021767422130.14616000175-0.0103163720395-0.01369878436450.106838795827-0.03083191169120.1447767515840.88453685383412.9996187936-29.2431680633
62.928293008811.24927517910.5344193465571.649412529460.03022146958821.5976247394-0.0501216267453-0.107840454858-0.105957127395-0.0344227905166-0.03819819790250.3633501704970.0492778634242-0.2846119951360.02114807930050.1040599708440.009210098639050.01670719378350.125842015478-0.004346361730880.238585337096-8.343748102761.98040641412-22.7918290784
71.376206767391.76546797546-1.511126116123.79318595707-1.207956910512.01375730933-0.0130401505252-0.170933761157-0.1876468816650.0377105517747-0.0241575773937-0.2165253033150.07309553076480.28240167985-0.02448561944120.08125853506180.0267608065348-0.0008465451449710.08595979226520.0196627960310.1654804890716.654675150560.223997916599-19.1233383755
80.9011400312920.2107214164620.4767697878160.9554869515770.2278977978950.8898195368860.00478431443757-0.108949389814-0.09827653677510.01857575785010.00941792055654-0.01547083720270.08883625494440.0341806948865-0.0198073020280.1090107186010.007278821619410.01568762960730.1153578308740.002715360010530.1712798414574.120849447734.82174657052-21.5955539914
90.3987882096740.18512689770.3890168916660.1375638675630.07262638218020.6116410941390.344487333244-0.0174459619949-0.4013107618350.01310999357020.07056855138060.05898246287890.999168727559-0.1129852543892.305679506030.751792107989-0.0243331186051-0.2271451791190.30013945313-0.001542858260630.20702381977811.901984440315.27905753198.62985211594
100.0311045926223-0.01244828400980.016044800930.0049454162338-0.007886897263870.01189996657580.179805492158-0.0514691044412-0.234185125471-0.05374089671760.02189913718570.04928432702190.507051277671-0.1618466970660.1247672074380.847389554624-0.101376439289-0.1898267170410.2439333389640.05016014210440.22458815492311.118531148815.571785718813.0101851256
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134.080934383431.5272330628-2.808409601564.1171531318-0.8696755945295.304217049870.01325219435290.2560953148280.0958011290497-0.3732887105140.005794372445240.0954542368127-0.10448067702-0.188232533975-0.03916971734030.1309164236330.0196538332591-0.02616344396050.137158428309-0.01638389328390.1383032269136.4784308284724.8443662463-18.9804749108
141.660183403620.0339482449861-1.461162557051.211595742990.5744598353942.220531098160.034113824667-0.2913393861120.03986324805770.2543934019720.1343788125450.337079637222-0.050214443496-0.191402470941-0.09108922906430.1618775831450.04723492872430.04178123363320.2609181345350.06015936623290.18295449524-6.5137717044930.51094639670.0112825067156
157.19005613943-1.34379956596-1.483038755041.805600713840.3623997333281.293599177360.04125488376420.1888443248530.301287391359-0.02007580234250.0694348652414-0.0977711142251-0.0811298159119-0.0765611678566-0.09450643571020.119121847363-0.0121063141665-0.009817822150890.0809124923190.02257996748410.1705936257772.8016925983337.2662001624-10.7964183788
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171.24131940367-0.519157837095-1.306477646180.4370022027040.7623040461461.97390254373-0.06165401843740.00243024144282-0.0213909424344-0.104484318172-0.07701455278070.000815125934454-0.0589545503915-0.215494930789-0.1732257430880.0616062581940.003881821616470.007655791146810.1285532463190.04386465023520.1213314376333.0635677351130.7271241708-14.584954851
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 728 through 735 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 736 through 752 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 555 through 610 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 611 through 629 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 630 through 677 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 678 through 694 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 695 through 708 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 709 through 752 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 558 through 610 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 611 through 629 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 630 through 649 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 650 through 665 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 666 through 677 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 678 through 694 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 695 through 708 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 709 through 716 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 717 through 727 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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