PDB-6tpc: Crystal structure of Endoglucanase N194A from Penicillium verruculosum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tpc

タイトル

Crystal structure of Endoglucanase N194A from Penicillium verruculosum

要素

Endoglucanase

キーワード

HYDROLASE / endohydrolysis / cellulose

機能・相同性

glucan catabolic process / cellulase / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Glycoside hydrolase superfamily / PHOSPHATE ION / cellulase

機能・相同性情報

生物種

Talaromyces verruculosus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52218948487 Å

データ登録者

Nemashkalov, V. / Kravchenko, O. / Gabdulkhakov, A. / Tischenko, S. / Rozhkova, A. / Sinitsyn, A.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Endoglucanase N194A from Penicillium verruculosum
著者: Nemashkalov, V. / Kravchenko, O. / Gabdulkhakov, A. / Tischenko, S. / Rozhkova, A. / Sinitsyn, A.

履歴

登録	2019年12月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tpc.cif.gz	278.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tpc.ent.gz	213.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tpc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6tpc_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tpc_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6tpc_validation.xml.gz	26.4 KB	表示
CIF形式データ	6tpc_validation.cif.gz	39.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/6tpc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/6tpc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5i6sS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6t9g-3 5l9c-1 6yon-1 6yon-3 6yon-2 1gzj-1 6t9g-1 5l9c-2 6t9f-1 5l9c-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endoglucanase

C: Endoglucanase

ヘテロ分子

70.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Endoglucanase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Endoglucanase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.372, 82.551, 90.935
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-714- HOH

#1: タンパク質

Endoglucanase

分子量: 34602.781 Da / 分子数: 2 / 変異: N194A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Talaromyces verruculosus (菌類) / 発現宿主:

Penicillium canescens (菌類) / 参照: UniProt: A0A1U7Q1U3

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION

分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 化合物

ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION

分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.57 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: PEG 6000, Bis-Tris-Propan,20% PEG 6000, MPD, tert-butano

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978565 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.522→48.652 Å / Num. obs: 90739 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 7.56 % / B_iso Wilson estimate: 16.1128787453 Å² / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.24
反射シェル	解像度: 1.522→1.61 Å / Num. unique obs: 14123 / CC_1/2: 0.861

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5I6S

5i6s

解像度: 1.52218948487→48.6515593423 Å / SU ML: 0.193301673141 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32584533157 / 位相誤差: 28.8661653177

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.221846673182	4722	5.21848683774 %
R_work	0.175230683744	-	-
obs	0.177624471113	90486	97.0921498777 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.6305504444 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52218948487→48.6515593423 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4736	0	66	410	5212

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00512636119379	4992
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.866593048202	6843
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0502889950893	739
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00551675044625	889
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.1370701075	1699

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5222-1.5395	0.399139023576	120	0.343865153697	2650	X-RAY DIFFRACTION	89.8475510866
1.5395-1.5576	0.370300651069	161	0.305338211512	2788	X-RAY DIFFRACTION	95.3135100194
1.5576-1.5766	0.327459031304	151	0.278646040667	2764	X-RAY DIFFRACTION	95.4173486088
1.5766-1.5966	0.303248704872	177	0.264102406035	2762	X-RAY DIFFRACTION	95.6705729167
1.5966-1.6176	0.322738426271	155	0.245405198769	2790	X-RAY DIFFRACTION	96.2103887618
1.6176-1.6397	0.326954237498	135	0.239527287858	2781	X-RAY DIFFRACTION	95.2007835455
1.6397-1.6632	0.281173431542	164	0.224335038954	2790	X-RAY DIFFRACTION	96.409921671
1.6632-1.688	0.275779087955	150	0.211486303577	2827	X-RAY DIFFRACTION	96.1873990307
1.688-1.7144	0.258029601921	151	0.213006163159	2780	X-RAY DIFFRACTION	95.6592689295
1.7144-1.7425	0.262337707813	173	0.205236715499	2784	X-RAY DIFFRACTION	96.4134333225
1.7425-1.7725	0.281483194165	163	0.199970401484	2806	X-RAY DIFFRACTION	96.7100977199
1.7725-1.8047	0.267781887911	143	0.187545949397	2834	X-RAY DIFFRACTION	96.4991896272
1.8047-1.8395	0.255907228699	133	0.185779947609	2865	X-RAY DIFFRACTION	96.5228589826
1.8395-1.877	0.237005870671	149	0.165262146382	2837	X-RAY DIFFRACTION	97.1372804164
1.877-1.9178	0.230601307927	173	0.155854323149	2821	X-RAY DIFFRACTION	97.4292222584
1.9178-1.9624	0.199192074386	147	0.156523075	2872	X-RAY DIFFRACTION	97.2929423139
1.9624-2.0115	0.220019771763	184	0.158611964809	2839	X-RAY DIFFRACTION	97.6105908944
2.0115-2.0659	0.221761747874	155	0.167549044695	2864	X-RAY DIFFRACTION	97.639068564
2.0659-2.1267	0.198477124011	165	0.166257228289	2866	X-RAY DIFFRACTION	97.9005167959
2.1267-2.1953	0.2421707049	185	0.169984039077	2830	X-RAY DIFFRACTION	97.8896103896
2.1953-2.2738	0.206709926964	152	0.159169072624	2900	X-RAY DIFFRACTION	98.2298036691
2.2738-2.3648	0.211323467966	157	0.154339644062	2893	X-RAY DIFFRACTION	97.9447655748
2.3648-2.4725	0.209098678331	191	0.159716870798	2874	X-RAY DIFFRACTION	98.934796643
2.4725-2.6028	0.232868838345	157	0.160521258219	2923	X-RAY DIFFRACTION	98.5284708893
2.6028-2.7659	0.189096554384	158	0.162837522733	2947	X-RAY DIFFRACTION	98.7281399046
2.7659-2.9794	0.238659328052	149	0.176057791465	2948	X-RAY DIFFRACTION	98.945686901
2.9794-3.2792	0.242211192788	142	0.179014635673	2979	X-RAY DIFFRACTION	99.2368839428
3.2792-3.7535	0.20839086395	162	0.174269908206	2982	X-RAY DIFFRACTION	99.1172761665
3.7535-4.7284	0.176056084937	183	0.144018215074	2998	X-RAY DIFFRACTION	99.1274540355
4.7284-48.6515	0.152110660185	137	0.166360023584	3170	X-RAY DIFFRACTION	98.7458942968

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