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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tou | ||||||
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タイトル | Rabies virus glycoprotein PH domain in complex with the scFv fragment of broadly neutralizing human antibody RVC20 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / glycoprotein (糖タンパク質) / antibody (抗体) | ||||||
機能・相同性 | Rhabdovirus glycoprotein / Rhabdovirus spike glycoprotein / membrane => GO:0016020 / エンベロープ (ウイルス) / virion membrane / 糖タンパク質 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rabies lyssavirus (狂犬病ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.587 Å | ||||||
データ登録者 | Hellert, J. / Rey, F.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Structure of the prefusion-locking broadly neutralizing antibody RVC20 bound to the rabies virus glycoprotein. 著者: Hellert, J. / Buchrieser, J. / Larrous, F. / Minola, A. / de Melo, G.D. / Soriaga, L. / England, P. / Haouz, A. / Telenti, A. / Schwartz, O. / Corti, D. / Bourhy, H. / Rey, F.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tou.cif.gz | 141.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tou.ent.gz | 109.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tou.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/6tou ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/6tou | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13100.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rabies lyssavirus (狂犬病ウイルス) プラスミド: pMT / 細胞株 (発現宿主): Schneider 2 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: Q8JUA9 | ||||
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#2: 抗体 | 分子量: 27520.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: scFv / プラスミド: pMT / 細胞株 (発現宿主): Schneider 2 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.9 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.7 uL of 18 mg/mL complex in 20 mM Tris-Cl pH 8.0, 150 mM NaCl were added to 0.7 uL of reservoir solution containing 100 mM Tris-Cl pH 8.0, 300 mM CaCl2, 22% w/v PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月1日 詳細: Cryogenically cooled channel cut crystal monochromator, a convex prefocussing mirror and a Kirkpatrick-Baez pair of focussing mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9801 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.587→46.506 Å / Num. obs: 15457 / % possible obs: 89.5 % / 冗長度: 25.7 % / Biso Wilson estimate: 84.61 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.106 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 21.374 |
反射 シェル | 解像度: 2.587→2.72 Å / 冗長度: 28.1 % / Num. unique obs: 774 / CC1/2: 0.66 / Rpim(I) all: 0.705 / Rrim(I) all: 3.758 / Rsym value: 3.69 / % possible all: 33.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Phyre2 homology model of RVC20 scFv 解像度: 2.587→46.506 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.05
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 294.92 Å2 / Biso mean: 105.8974 Å2 / Biso min: 58.68 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.587→46.506 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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