PDB-6tou: Rabies virus glycoprotein PH domain in complex with the scFv frag...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tou

タイトル

Rabies virus glycoprotein PH domain in complex with the scFv fragment of broadly neutralizing human antibody RVC20

要素

Glycoprotein,Glycoprotein
Single-chain Fv

キーワード

VIRAL PROTEIN / glycoprotein / antibody

機能・相同性

Rhabdovirus glycoprotein / Rhabdovirus spike glycoprotein fusion domain / viral envelope / virion membrane / membrane / Glycoprotein

機能・相同性情報

生物種

Rabies lyssavirus (ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.587 Å

データ登録者

Hellert, J. / Rey, F.A.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure of the prefusion-locking broadly neutralizing antibody RVC20 bound to the rabies virus glycoprotein.
著者: Hellert, J. / Buchrieser, J. / Larrous, F. / Minola, A. / de Melo, G.D. / Soriaga, L. / England, P. / Haouz, A. / Telenti, A. / Schwartz, O. / Corti, D. / Bourhy, H. / Rey, F.A.

履歴

登録	2019年12月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tou.cif.gz	141.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tou.ent.gz	109.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tou.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/6tou ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/6tou	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6a79-1 6q90-1 6pqb-3 7lxw-d 4ffy-d 6a78-1 5aaw-5 6q8z-1 6w9d-3 6qe3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

G: Glycoprotein,Glycoprotein

A: Single-chain Fv

ヘテロ分子

40.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.945, 81.945, 155.927
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1333- HOH

#1: タンパク質	Glycoprotein,Glycoprotein 分子量: 13100.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rabies lyssavirus (ウイルス) / プラスミド: pMT / 細胞株 (発現宿主): Schneider 2 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: Q8JUA9
#2: 抗体	Single-chain Fv 分子量: 27520.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: scFv / プラスミド: pMT / 細胞株 (発現宿主): Schneider 2 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.9 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.7 uL of 18 mg/mL complex in 20 mM Tris-Cl pH 8.0, 150 mM NaCl were added to 0.7 uL of reservoir solution containing 100 mM Tris-Cl pH 8.0, 300 mM CaCl2, 22% w/v PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月1日詳細: Cryogenically cooled channel cut crystal monochromator, a convex prefocussing mirror and a Kirkpatrick-Baez pair of focussing mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.587→46.506 Å / Num. obs: 15457 / % possible obs: 89.5 % / 冗長度: 25.7 % / B_iso Wilson estimate: 84.61 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.106 / R_sym value: 0.103 / Net I/σ(I): 21.374
反射シェル	解像度: 2.587→2.72 Å / 冗長度: 28.1 % / Num. unique obs: 774 / CC_1/2: 0.66 / R_pim(I) all: 0.705 / R_rim(I) all: 3.758 / R_sym value: 3.69 / % possible all: 33.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
STARANISO		データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Phyre2 homology model of RVC20 scFv

解像度: 2.587→46.506 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.05

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.225	1545	10 %
R_work	0.1898	-	-
obs	0.1932	15454	89.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 294.92 Å² / B_iso mean: 105.8974 Å² / B_iso min: 58.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.587→46.506 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2323	0	818	88	3229
B_iso mean	-	-	84.94	93.35	-
残基数	-	-	-	-	195

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2382
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.607	3228
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	351
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	403
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.455	1394

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.5873-2.6708	0.4197	25	0.3517	227	16
2.6708-2.7662	0.3508	112	0.3394	1000	73
2.7662-2.877	0.3411	141	0.2836	1271	92
2.877-3.0079	0.3546	155	0.2894	1394	100
3.0079-3.1664	0.2931	153	0.2437	1385	100
3.1664-3.3648	0.2359	154	0.226	1385	100
3.3648-3.6245	0.2423	157	0.2045	1409	100
3.6245-3.989	0.2008	158	0.1718	1421	100
3.989-4.5658	0.1714	158	0.1439	1421	100
4.5658-5.7508	0.2046	160	0.1489	1445	100
5.7508-46.506	0.23	172	0.2044	1551	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.8275	2.5219	-4.2397	2.5947	0.6023	2.974	-0.2809	-1.615	-0.6154	0.6686	1.0223	0.5265	1.3095	0.326	-0.7206	1.0847	0.1004	0.0788	1.7645	0.62	1.4128	-1.0224	-35.8708	-8.9941
2	8.5887	-5.7089	-5.6872	3.8739	3.2251	9.8714	0.9469	-3.6277	-2.3714	1.9986	-1.4744	1.4001	2.054	-3.5747	0.7287	1.9564	-0.6887	-0.0821	3.2052	0.8767	1.479	3.6689	-33.3216	5.4038
3	3.1777	-1.6814	-3.4133	6.6702	3.5941	4.2339	1.0868	-1.6726	-0.596	0.9473	-0.1721	-2.3103	1.1199	-1.6044	-1.0928	0.796	-0.2004	-0.3347	1.3919	0.5103	1.2025	12.9883	-30.6188	-6.3226
4	7.2799	1.538	4.7593	7.6612	-1.8489	4.1805	0.1822	-1.9735	-1.6869	0.086	0.4606	-0.2648	0.3141	-0.0742	-0.7235	0.7296	-0.1295	0.1012	1.2749	0.4762	0.9468	8.734	-31.2521	-10.8023
5	6.4591	-6.1092	5.9778	5.737	-5.6883	5.5683	-0.2967	-3.2525	-0.8913	1.8625	-0.2319	-0.6892	-0.1706	0.7947	0.2104	0.9277	-0.0688	0.0065	2.3754	0.6514	1.3945	9.1614	-33.1294	-3.7477
6	6.1167	-5.1966	4.453	4.4034	-3.7691	3.2437	-0.1177	-1.0838	1.0868	2.0817	1.5084	-0.0586	-2.5352	3.9441	-1.0695	2.3229	-0.1713	-0.7743	1.9836	0.3139	1.7555	16.3182	-21.9648	-4.2545
7	4.0663	-4.048	0.1345	4.1658	-0.7657	2.2611	-1.0823	-0.2855	-0.0618	0.4722	-0.1332	-1.1695	3.6105	0.0802	1.1614	1.6005	0.0834	0.1873	1.5766	0.2419	0.9985	19.4508	-32.346	-10.4728
8	6.9351	-5.8089	-4.6899	4.9069	3.7235	3.3346	1.5107	2.2925	-0.2874	-1.4671	-1.9409	0.6371	-0.3251	-1.5271	-0.0815	1.1092	-0.0284	-0.0695	1.3084	0.0102	0.826	-15.9382	-27.882	-31.0558
9	5.5048	-1.797	-3.423	2.7031	0.3625	1.9412	0.2734	0.0182	0.3573	-0.2398	-0.3356	1.7208	-0.23	-0.8647	0.2877	0.6066	-0.0389	-0.0847	0.9381	0.1476	1.0165	-20.7039	-18.6392	-18.4711
10	6.0153	-1.5176	-5.8762	2.2432	1.159	5.8304	-0.0805	1.923	-1.454	-0.182	-0.5247	0.465	-0.2558	0.5214	1.154	1.1639	-0.036	0.0259	1.0268	0.0729	1.1061	-10.0786	-38.2594	-25.7338
11	8.3852	-1.9476	-0.4873	7.5138	-0.2911	4.602	0.0087	-0.898	-0.5616	0.4136	0.1148	-0.0206	0.2766	-0.1911	-0.1138	0.4833	-0.0852	-0.0519	0.9367	0.1818	0.6044	-10.4948	-24.9186	-17.3262
12	7.2652	-4.361	-3.2774	6.7	0.2294	4.5053	0.3329	-0.5351	0.4167	-0.2418	-0.2211	-0.8351	0.3033	0.4183	-0.11	0.5034	-0.1941	-0.0758	0.761	0.0713	0.6936	-5.6649	-24.4943	-22.5959
13	5.5227	-2.0287	-5.2362	3.3174	0.7655	5.2369	0.6709	0.7697	0.6822	-0.3769	0.3019	-0.5547	-0.1923	-1.7216	-0.8822	0.6869	-0.0834	-0.0406	1.0037	0.2452	0.9136	-17.8734	-12.5194	-23.3091
14	8.231	-2.8992	6.5429	7.0301	-3.794	7.9996	0.0072	-0.2687	-0.0014	-0.1385	0.5348	0.0801	-0.9026	-0.993	-0.6421	0.4987	-0.0491	0.0507	0.6065	-0.0117	0.6142	5.183	-11.2669	-34.5162
15	8.0654	0.0482	0.3146	7.3648	-1.2182	7.6461	0.2276	-0.1261	-0.7044	-0.4749	0.1585	-0.029	0.3844	0.0992	-0.4285	0.4762	-0.0021	0.0075	0.6081	0.0426	0.4843	4.7832	-21.3998	-34.7837
16	3.8041	0.7236	-2.147	4.9908	-0.87	3.9287	-0.0335	0.1885	-0.1234	-0.2619	0.0941	0.1229	-0.2622	-0.5467	-0.1395	0.5078	-0.0449	0.0169	0.7661	0.0327	0.6256	0.5678	-16.2831	-34.7091

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'G' and (resid 41 through 196 )	G	41 - 196
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'G' and (resid 197 through 218 )	G	197 - 218
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'G' and (resid 219 through 227 )	G	219 - 227
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'G' and (resid 228 through 234 )	G	228 - 234
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'G' and (resid 235 through 244 )	G	235 - 244
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'G' and (resid 245 through 249 )	G	245 - 249
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'G' and (resid 250 through 255 )	G	250 - 255
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 1 through 7 )	A	1 - 7
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 8 through 25 )	A	8 - 25
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 26 through 34 )	A	26 - 34
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 35 through 82 )	A	35 - 82
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 82A through 103 )	A	82A - 103
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 104 through 113 )	A	104 - 113
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 1000 through 1018 )	A	1000 - 1018
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 1019 through 1075 )	A	1019 - 1075
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 1076 through 1107 )	A	1076 - 1107

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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