[日本語] English
万見
- PDB-6tor: human O-phosphoethanolamine phospho-lyase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tor
タイトルhuman O-phosphoethanolamine phospho-lyase
要素Ethanolamine-phosphate phospho-lyase
キーワードLYASE / O-phosphoethanolamine phospho-lyase / pyridoxal 5'-phosphate-dependent enzyme / phospholipid metabolism.
機能・相同性
機能・相同性情報


ethanolamine-phosphate phospho-lyase / ethanolamine-phosphate phospho-lyase activity / Synthesis of PE / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Ethanolamine-phosphate phospho-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Vettraino, C. / Donini, S. / Parisini, E.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Structural characterization of human O-phosphoethanolamine phospho-lyase.
著者: Vettraino, C. / Peracchi, A. / Donini, S. / Parisini, E.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Structural characterization of human O-phosphoethanolamine phospho-lyase.
著者: Vettraino, C. / Peracchi, S. / Donini, S. / Parisini, E.
履歴
登録2019年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ethanolamine-phosphate phospho-lyase
B: Ethanolamine-phosphate phospho-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,56410
ポリマ－111,5162
非ポリマー1,0498
水10,287571
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6320 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area30290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.998, 137.998, 121.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質 Ethanolamine-phosphate phospho-lyase / Alanine--glyoxylate aminotransferase 2-like 1


分子量: 55757.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ETNPPL, AGXT2L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8TBG4, ethanolamine-phosphate phospho-lyase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸


分子量: 248.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N2O5P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 3350, 100 mM Bis Tris propane pH 7.0, 200 mM ammonium sulfate, and 3% MPD.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→69.09 Å / Num. obs: 54318 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 16.39 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rpim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.102 / Num. unique obs: 54318

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PHASERモデル構築
SCALAデータスケーリング
MOSFLMdata processing
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5G4I

5g4i


解像度: 2.05→69.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 4.186 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1989 2812 5.2 %RANDOM
Rwork0.1631 ---
obs0.165 51478 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.21 Å2 / Biso mean: 21 Å2 / Biso min: 4.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.44 Å20.22 Å2-0 Å2
2--0.44 Å2-0 Å2
3----1.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→69.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6296 0 68 571 6935
Biso mean--49.06 29.98 -
残基数----806
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0136486
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176051
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6051.6458743
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3851.58314047
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7615800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.59322.831332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.957151123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8551534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2830
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021317
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 206 -
Rwork0.219 3820 -
all-4026 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る