PDB-6tnl: GSTF1 from Alopecurus myosuroides

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tnl

タイトル

GSTF1 from Alopecurus myosuroides

要素

Glutathione transferase

キーワード

TRANSFERASE / Glutathione-S-transferase / Ligandin / flavonoid binding / mult-herbicide resistence

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione binding / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / response to toxic substance / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Alopecurus myosuroides (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Pohl, E. / Eno, R.F.M. / Freitag-Pohl, S. / Edwards, R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: GSTF1 from Alopecurus myosuroides
著者: Pohl, E. / Eno, R.F.M. / Freitag-Pohl, S. / Edwards, R.

履歴

登録	2019年12月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tnl.cif.gz	431.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tnl.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tnl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/6tnl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/6tnl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tjsC 6tk8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tnl-2 6tnl-4 6tnl-3 2vcw-2 6rk6-1 6sv5-d 1gsd-1 1yta-2 6sui-d 1krf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (9) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (8)

登録構造単位

AAA: Glutathione transferase

BBB: Glutathione transferase

CCC: Glutathione transferase

DDD: Glutathione transferase

EEE: Glutathione transferase

FFF: Glutathione transferase

ヘテロ分子

150 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Glutathione transferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
50 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

FFF: Glutathione transferase

ヘテロ分子

BBB: Glutathione transferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

CCC: Glutathione transferase

ヘテロ分子

CCC: Glutathione transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

EEE: Glutathione transferase

ヘテロ分子

DDD: Glutathione transferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	180.780, 180.780, 237.888
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	Glutathione transferase 分子量: 24993.783 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Alopecurus myosuroides (植物) / 遺伝子: GST2c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZS17, glutathione transferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 587 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.75 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Ammonium sulfate/PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 108121 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 26.5
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.486 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 5383 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.95→41.947 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / WR_factor R_free: 0.293 / WR_factor R_work: 0.269 / Average fsc free: 0.9094 / Average fsc work: 0.9195 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.174 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2836	5353	4.991 %
R_work	0.2595	101894	-
all	0.261	-	-
obs	-	107247	99.098 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.856 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.082 Å²	0.041 Å²	0 Å²
2-	-	0.082 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.268 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→41.947 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9010	0	15	587	9612

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	9309
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	8583
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.882	1.636	12707
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.366	1.567	19793
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.13	5	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.69	22.247	454
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.604	15	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.898	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	10339
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.023	0.02	2054
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	1900
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.223	0.2	7136
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	4581
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.097	0.2	3806
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	439
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.111	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.235	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.223	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.259	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.705	3.726	4560
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.704	3.726	4559
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.899	5.559	5673
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.899	5.56	5674
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.186	3.897	4749
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.15	3.89	4738
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.505	5.767	7032
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.469	5.757	7015
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.522	42.583	10521
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.501	42.491	10459

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.95-2.001	0.322	371	0.328	7537	0.328	7920	0.859	0.857	99.8485	0.284
2.001-2.055	0.317	410	0.318	7321	0.318	7743	0.874	0.879	99.845	0.272
2.055-2.115	0.323	403	0.308	7132	0.309	7559	0.877	0.884	99.6825	0.263
2.115-2.18	0.332	376	0.289	6919	0.291	7308	0.876	0.9	99.8221	0.244
2.18-2.251	0.324	326	0.297	6711	0.298	7050	0.892	0.904	99.8156	0.248
2.251-2.33	0.301	336	0.293	6490	0.294	6863	0.907	0.912	99.4609	0.244
2.33-2.418	0.314	325	0.297	6284	0.298	6636	0.901	0.914	99.5931	0.248
2.418-2.516	0.315	316	0.277	6036	0.279	6387	0.904	0.923	99.452	0.236
2.516-2.627	0.261	283	0.264	5816	0.263	6137	0.931	0.934	99.3808	0.228
2.627-2.755	0.278	260	0.273	5518	0.273	5831	0.927	0.934	99.0911	0.246
2.755-2.903	0.306	287	0.264	5262	0.267	5614	0.933	0.938	98.8422	0.242
2.903-3.079	0.321	259	0.259	4940	0.262	5261	0.907	0.941	98.8215	0.248
3.079-3.29	0.317	244	0.269	4672	0.272	4991	0.915	0.94	98.4973	0.283
3.29-3.552	0.298	251	0.258	4329	0.26	4668	0.936	0.948	98.1148	0.301
3.552-3.888	0.262	211	0.237	3947	0.238	4259	0.949	0.955	97.6286	0.303
3.888-4.342	0.216	187	0.212	3600	0.212	3890	0.971	0.967	97.3522	0.288
4.342-5.005	0.215	181	0.213	3184	0.213	3451	0.966	0.966	97.508	0.291
5.005-6.108	0.255	141	0.22	2771	0.221	2942	0.956	0.965	98.9803	0.3
6.108-8.548	0.285	127	0.214	2168	0.218	2314	0.957	0.967	99.1789	0.305
8.548-41.947	0.296	59	0.279	1257	0.28	1382	0.941	0.952	95.2243	0.449

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