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Yorodumi- PDB-6rk6: Characterization of an intertidal zone metagenome oligoribonuclea... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6rk6 | ||||||
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Title | Characterization of an intertidal zone metagenome oligoribonuclease and the role of the intermolecular disulfide bond for homodimer formation and nuclease activity. | ||||||
Components | OligoribonucleaseOligonucleotidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / oligoribonuclease / metagenome / RNA / homodimer | ||||||
Function / homology | : Function and homology information | ||||||
Biological species | metagenome (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.15 Å | ||||||
Authors | Piotrowski, Y. / Berg, K. / Klebl, D.P. / Leiros, I. / Larsen, A.N. | ||||||
Funding support | Norway, 1items
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Citation | Journal: Febs Open Bio / Year: 2019 Title: Characterization of an intertidal zone metagenome oligoribonuclease and the role of the intermolecular disulfide bond for homodimer formation and nuclease activity. Authors: Piotrowski, Y. / Berg, K. / Klebl, D.P. / Leiros, I. / Larsen, A.N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6rk6.cif.gz | 230.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6rk6.ent.gz | 188.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6rk6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/6rk6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/6rk6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2gbzS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21551.566 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) metagenome (others) / Gene: orn / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Variant (production host): Rosetta 2 / References: EC: 3.1.13.3 #2: Chemical | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 0.1 M Hepes, pH 7.0, 5% (v/v) PEG 8000. / PH range: 7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.91841 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 14, 2016 / Details: Focussing mirror |
Radiation | Monochromator: Si111 single crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.15→44.58 Å / Num. obs: 12264 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 79.0105713424 Å2 / Rpim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 8.2 |
Reflection shell | Resolution: 3.15→3.37 Å / Redundancy: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2200 / Rpim(I) all: 0.551 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2GBZ Resolution: 3.15→44.58 Å / SU ML: 0.47 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.33
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.15→44.58 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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