PDB-6to3: GSTF1 from Alopecurus myosuroides - covalently modified

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6to3

タイトル

GSTF1 from Alopecurus myosuroides - covalently modified

要素

Glutathione transferase

キーワード

TRANSFERASE / Glutathione-S-transferase / Ligandin / flavonoid binding / mult-herbicide resistence

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione binding / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / response to toxic substance / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Alopecurus myosuroides (植物)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 2.798 Å

データ登録者

Pohl, E. / Eno, R.F.M. / Freitag-Pohl, S.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Flavonoid-based inhibitors of the Phi-class glutathione transferase from black-grass to combat multiple herbicide resistance.
著者: Schwarz, M. / Eno, R.F.M. / Freitag-Pohl, S. / Coxon, C.R. / Straker, H.E. / Wortley, D.J. / Hughes, D.J. / Mitchell, G. / Moore, J. / Cummins, I. / Onkokesung, N. / Brazier-Hicks, M. / ...

履歴

登録	2019年12月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2022年8月31日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_type / chem_comp ...atom_type / chem_comp / citation / citation_author / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6to3.cif.gz	84.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6to3.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6to3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/6to3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/6to3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7oboC 7odmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tnl-1 6tnl-4 6tnl-2 6tnl-3 6sui-d 5vdo-2 4mp4-2 1yta-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (9) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (8)

登録構造単位

AAA: Glutathione transferase

ヘテロ分子

35.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Glutathione transferase

ヘテロ分子

AAA: Glutathione transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
70.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.760, 104.760, 79.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

#1: タンパク質	Glutathione transferase 分子量: 34854.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Alopecurus myosuroides (植物) / 遺伝子: GST2c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZS17, glutathione transferase
#2: 化合物	ChemComp-5Z8 / 4-chloro-7-nitrobenzofurazan / 4-chloranyl-7-nitro-2,1,3-benzoxadiazole / NBD-Cl / 4-nitro-2,1,3-benzoxadiazole (post-reaction) 分子量: 199.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₂ClN₃O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.62 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: Na/K tartrate and ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月1日
放射	モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.798→59.808 Å / Num. obs: 6748 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 50.1 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 2.798→2.86 Å / R_merge(I) obs: 0.47 / Num. unique obs: 357 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
SAINT		データ削減
SADABS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.798→59.808 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.872 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.208 / ESU R Free: 0.389 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2808	316	4.735 %
R_work	0.2081	-	-
all	0.211	-	-
obs	-	6674	99.035 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.904 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.045 Å²	-0.023 Å²	0 Å²
2-	-	-0.045 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.146 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.798→59.808 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1470	0	18	8	1496

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	1403
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.721	1.65	2099
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.383	1.57	3221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.716	5	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.225	22.083	72
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.921	15	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.41	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	199
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1706
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	334
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	374
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.23	0.2	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	739
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.093	0.2	639
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.376	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.22	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.231	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.154	4.035	759
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.124	4.03	758
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.737	6.013	938
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.735	6.02	939
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.466	4.409	776
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.464	4.413	777
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.348	6.5	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.346	6.505	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.726	47.594	1743
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.729	47.59	1743

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.798-2.871	0.365	29	0.293	437	X-RAY DIFFRACTION	99.3603
2.871-2.95	0.373	29	0.295	442	X-RAY DIFFRACTION	99.3671
2.95-3.035	0.535	18	0.26	431	X-RAY DIFFRACTION	99.5565
3.035-3.128	0.284	25	0.251	423	X-RAY DIFFRACTION	99.5556
3.128-3.231	0.27	26	0.232	402	X-RAY DIFFRACTION	99.7669
3.231-3.344	0.304	20	0.217	397	X-RAY DIFFRACTION	98.5816
3.344-3.47	0.235	16	0.228	398	X-RAY DIFFRACTION	99.759
3.47-3.611	0.182	12	0.203	371	X-RAY DIFFRACTION	98.9664
3.611-3.772	0.336	16	0.191	363	X-RAY DIFFRACTION	98.6979
3.772-3.956	0.217	20	0.191	335	X-RAY DIFFRACTION	98.8858
3.956-4.169	0.248	15	0.193	327	X-RAY DIFFRACTION	98.5591
4.169-4.421	0.26	9	0.188	315	X-RAY DIFFRACTION	99.0826
4.421-4.726	0.292	14	0.187	296	X-RAY DIFFRACTION	98.4127
4.726-5.103	0.224	5	0.181	281	X-RAY DIFFRACTION	98.9619
5.103-5.589	0.335	16	0.2	258	X-RAY DIFFRACTION	98.5611
5.589-6.245	0.184	12	0.185	233	X-RAY DIFFRACTION	98.7903
6.245-7.206	0.394	10	0.193	214	X-RAY DIFFRACTION	98.2456
7.206-8.811	0.225	7	0.133	189	X-RAY DIFFRACTION	98.9899
8.811-12.403	0.235	15	0.153	143	X-RAY DIFFRACTION	100
12.403-59.808	0.172	2	0.39	103	X-RAY DIFFRACTION	96.3303

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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