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万見
- PDB-6tn4: Rapid optimisation of fragments and hits to lead compounds from s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tn4
タイトルRapid optimisation of fragments and hits to lead compounds from screening of crude reaction mixtures
要素Heat shock protein HSP 90-alpha
キーワードCHAPERONE / OFF-RATE SCREENING / PDHK / HSP90 / SPR / KINASE INHIBITORS / FRAGMENT SCREENING / CANCER / PDK2 / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm mitochondrial sheath / dATP binding / Scavenging by Class F Receptors / sulfonylurea receptor binding / CTP binding / positive regulation of protein polymerization / vRNP Assembly / UTP binding / sperm plasma membrane / positive regulation of tau-protein kinase activity ...sperm mitochondrial sheath / dATP binding / Scavenging by Class F Receptors / sulfonylurea receptor binding / CTP binding / positive regulation of protein polymerization / vRNP Assembly / UTP binding / sperm plasma membrane / positive regulation of tau-protein kinase activity / chaperone-mediated autophagy / telomerase holoenzyme complex assembly / protein insertion into mitochondrial outer membrane / Respiratory syncytial virus genome replication / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / Uptake and function of diphtheria toxin / mitochondrial transport / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / TPR domain binding / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / dendritic growth cone / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / regulation of protein ubiquitination / skeletal muscle contraction / HSF1-dependent transactivation / positive regulation of cell size / response to unfolded protein / telomere maintenance via telomerase / chaperone-mediated protein complex assembly / protein unfolding / HSF1 activation / regulation of protein-containing complex assembly / Attenuation phase / RHOBTB2 GTPase cycle / eNOS activation / axonal growth cone / positive regulation of lamellipodium assembly / DNA polymerase binding / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Signaling by ERBB2 / : / cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of defense response to virus by host / endocytic vesicle lumen / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / response to salt stress / positive regulation of cardiac muscle contraction / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / activation of innate immune response / nitric-oxide synthase regulator activity / positive regulation of interferon-beta production / response to cold / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / AURKA Activation by TPX2 / lysosomal lumen / ESR-mediated signaling / protein tyrosine kinase binding / VEGFR2 mediated vascular permeability / response to cocaine / brush border membrane / ATP-dependent protein folding chaperone / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / neuron migration / Constitutive Signaling by EGFRvIII / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / Signaling by ERBB2 ECD mutants / tau protein binding / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Regulation of necroptotic cell death / cellular response to virus / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Downregulation of ERBB2 signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / histone deacetylase binding / Aggrephagy / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of protein import into nucleus / response to estrogen / positive regulation of protein catabolic process / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / regulation of protein localization / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / disordered domain specific binding
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase ...Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
2,4-bis(oxidanyl)benzamide / Heat shock protein HSP 90-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.274 Å
データ登録者Baker, L.M. / Aimon, A. / Murray, J.B. / Surgenor, A.E. / Matassova, N. / Roughley, S.D. / von Delft, F. / Hubbard, R.E.
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2020
タイトル: Rapid optimisation of fragments and hits to lead compounds from screening of crude reaction mixtures
著者: Baker, L.M. / Aimon, A. / Murray, J.B. / Surgenor, A.E. / Matassova, N. / Roughley, S.D. / Collins, P.M. / Krojer, T. / von Delft, F. / Hubbard, R.E.
履歴
登録2019年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Heat shock protein HSP 90-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1153
ポリマ－25,9261
非ポリマー1892
水6,666370
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.693, 89.422, 99.829
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-732-

HOH

21AAA-734-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Heat shock protein HSP 90-alpha / Heat shock 86 kDa / HSP86 / Lipopolysaccharide-associated protein 2 / LPS-associated protein 2 / ...Heat shock 86 kDa / HSP86 / Lipopolysaccharide-associated protein 2 / LPS-associated protein 2 / Renal carcinoma antigen NY-REN-38


分子量: 25926.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSP90AA1, HSP90A, HSPC1, HSPCA / プラスミド: PET19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P07900
#2: 化合物 ChemComp-NLZ / 2,4-bis(oxidanyl)benzamide / 2,4-ジヒドロキシベンズアミド


分子量: 153.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG3350, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.274→36.318 Å / Num. obs: 60158 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.274→1.387 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.748 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3009 / CC1/2: 0.739 / % possible all: 68.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.274→36.318 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.053 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 3067 5.097 %
Rwork0.172 --
all0.173 --
obs-57101 77.635 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.296 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.018 Å20 Å20 Å2
2---0.016 Å20 Å2
3----0.001 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.274→36.318 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1643 0 12 370 2025
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0131711
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.0171595
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9571.6492316
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4081.583712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4685219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.18623.72186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.55515315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.467158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021915
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.02347
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.2363
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2110.21458
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.2855
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0740.2739
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2130.2251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.2920.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.060.26
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1790.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3390.235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.111.834849
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0781.829848
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1582.7451062
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1572.7511063
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3042.16862
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3022.161863
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7753.1061249
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.7733.1061250
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.72924.7832128
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.40823.0782005
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.274-1.3870.329150.379234X-RAY DIFFRACTION4.3746
1.304-1.3390.34300.347669X-RAY DIFFRACTION12.6037
1.339-1.3780.333940.321453X-RAY DIFFRACTION28.7868
1.378-1.420.2941470.3222733X-RAY DIFFRACTION55.2359
1.42-1.4670.322190.2984039X-RAY DIFFRACTION83.4411
1.467-1.5190.2852380.2514631X-RAY DIFFRACTION99.7542
1.519-1.5760.2182580.2114481X-RAY DIFFRACTION99.9789
1.576-1.640.2162080.1944364X-RAY DIFFRACTION99.9781
1.64-1.7130.1912300.1854135X-RAY DIFFRACTION100
1.713-1.7970.2242210.1793983X-RAY DIFFRACTION99.9762
1.797-1.8940.2032350.173765X-RAY DIFFRACTION100
1.894-2.0080.2112040.1743589X-RAY DIFFRACTION100
2.008-2.1470.1871690.1773395X-RAY DIFFRACTION100
2.147-2.3190.1791620.163175X-RAY DIFFRACTION100
2.319-2.540.1851670.1522912X-RAY DIFFRACTION99.9027
2.54-2.8390.1871330.1552663X-RAY DIFFRACTION100
2.839-3.2770.1631190.1542353X-RAY DIFFRACTION99.9596
3.277-4.0110.165940.1452014X-RAY DIFFRACTION99.9526
4.011-5.6630.183610.161614X-RAY DIFFRACTION99.9403
5.663-36.3180.253630.202899X-RAY DIFFRACTION98.364

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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