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万見
- PDB-6tm9: VIM-2_1cc-. Triazole inhibitors with promising inhibitor effects ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tm9
タイトルVIM-2_1cc-. Triazole inhibitors with promising inhibitor effects against antibiotic resistance metallo-beta-lactamases
要素Beta-lactamase class B VIM-2
キーワードANTIBIOTIC / Metallo-beta-lactamase inhibitor / NH-triazole / inhibition properties / crystal structure.
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9NW / HYDROXIDE ION / beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.07 Å
データ登録者Leiros, H.-K.S.
資金援助 ノルウェー, 1件
組織認可番号国
Research Council of Norway273332/2018 ノルウェー
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural studies of triazole inhibitors with promising inhibitor effects against antibiotic resistance metallo-beta-lactamases.
著者: Muhammad, Z. / Skagseth, S. / Boomgaren, M. / Akhter, S. / Frohlich, C. / Ismael, A. / Christopeit, T. / Bayer, A. / Leiros, H.S.
履歴
登録2019年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase class B VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9195
ポリマ－28,3531
非ポリマー5664
水6,359353
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area290 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area9660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.347, 44.343, 60.837
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-536-

HOH

21A-801-

HOH

31A-851-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase class B VIM-2 / BlaVIM-2 / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta lactamase protein / ...BlaVIM-2 / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta lactamase protein / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / VIM-2 / VIM-2 beta-lactamase / VIM-2 class B metallo b-lactamase / VIM-2 type metallo-beta-lactamase


分子量: 28352.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The Zn and OH- are bound to the Enzme / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K2N0
#2: 化合物 ChemComp-9NW / 2,5-bis(chloranyl)-~{N}-[[5-[(cyclohexylamino)methyl]-2~{H}-1,2,3-triazol-4-yl]methyl]benzenesulfonamide


分子量: 418.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H21Cl2N5O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.42 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 22-27% polyethylene glycol (PEG) 3350 and 0.2 M magnesium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.07→38.26 Å / Num. obs: 115206 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 10.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.07→1.0968 Å / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ACX

5acx


解像度: 1.07→38.24 Å / SU ML: 0.0916 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.5209
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1575 2000 1.74 %
Rwork0.1381 113205 -
obs0.1385 115205 97.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.07→38.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1733 0 29 353 2115
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01671988
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.46682753
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1021304
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0108375
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.882722
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.07-1.10.24851340.24347572X-RAY DIFFRACTION92.92
1.1-1.130.21891370.21517786X-RAY DIFFRACTION94.81
1.13-1.160.24311380.19737810X-RAY DIFFRACTION95.46
1.16-1.20.21351400.18817905X-RAY DIFFRACTION96.51
1.2-1.240.18921410.1617962X-RAY DIFFRACTION97.29
1.24-1.290.15791420.15018056X-RAY DIFFRACTION98.47
1.29-1.350.15161440.13738170X-RAY DIFFRACTION99.02
1.35-1.420.14681450.12458177X-RAY DIFFRACTION99.44
1.42-1.510.13851440.11828178X-RAY DIFFRACTION99.39
1.51-1.620.14111450.11658232X-RAY DIFFRACTION99.64
1.62-1.790.13681470.11838277X-RAY DIFFRACTION99.65
1.79-2.050.1491460.11598285X-RAY DIFFRACTION99.67
2.05-2.580.13491480.12558307X-RAY DIFFRACTION98.84
2.58-38.240.16311490.14448488X-RAY DIFFRACTION97.43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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