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- PDB-6tlh: Crystal structure of mouse KANK3 ankyrin repeats -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tlh
タイトルCrystal structure of mouse KANK3 ankyrin repeats
要素KN motif and ankyrin repeat domain-containing protein 3
キーワードCELL ADHESION / Protein binding / Ankyrin repeat domain-containing protein 47 / actin polymerization
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of actin filament polymerization / negative regulation of stress fiber assembly / cytoskeleton / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kank N-terminal motif / KN motif / : / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / KN motif and ankyrin repeat domain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Khan, R. / Singh, A.K. / Goult, B.T.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/N007336/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBBS007245/1 英国
Human Frontier Science ProgramRGP00001/2016
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of mouse KANK3 ankyrin repeats
著者: Khan, R. / Singh, A.K. / Goult, B.T.
履歴
登録2019年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KN motif and ankyrin repeat domain-containing protein 3
B: KN motif and ankyrin repeat domain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5978
ポリマ－54,0912
非ポリマー5066
水6,666370
1
A: KN motif and ankyrin repeat domain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1833
ポリマ－27,0451
非ポリマー1382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: KN motif and ankyrin repeat domain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4145
ポリマ－27,0451
非ポリマー3684
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)149.437, 45.778, 69.596
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-965-

HOH

21A-1090-

HOH

31B-946-

HOH

41B-1077-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A8 - 245
2111B8 - 245

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要素

#1: タンパク質 KN motif and ankyrin repeat domain-containing protein 3 / Ankyrin repeat domain-containing protein 47


分子量: 27045.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Residues 524-773 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kank3, Ankrd47, D17Ertd288e, Ng28 / プラスミド: pET-151-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z1P7
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.97 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium formate, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→69.32 Å / Num. obs: 42604 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.776 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2516 / CC1/2: 0.811 / Rpim(I) all: 0.472 / Rrim(I) all: 0.909 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4hbd

4hbd


解像度: 1.8→53.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 3.749 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.137
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2359 2143 5 %RANDOM
Rwork0.1994 ---
obs0.2012 40455 97.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 130.28 Å2 / Biso mean: 32.084 Å2 / Biso min: 16.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.08 Å2-0 Å20.78 Å2
2---1.26 Å20 Å2
3---3.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→53.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3537 0 33 370 3940
Biso mean--43.91 38.4 -
残基数----480
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0153624
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173251
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5291.734910
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5531.7557600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5875482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.00422.086163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.98315538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.3511525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2479
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024206
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02594
Refine LS restraints NCS数: 1761 / タイプ: TIGHT THERMAL / Rms dev position: 4.13 Å / Weight position: 0.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 169 -
Rwork0.344 2956 -
all-3125 -
obs--96.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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