[日本語] English
万見
- PDB-6tlc: Unphosphorylated human STAT3 in complex with MS3-6 monobody -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tlc
タイトルUnphosphorylated human STAT3 in complex with MS3-6 monobody
要素
  • Monobody
  • Signal transducer and activator of transcription 3
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Inhibitor / Complex / STAT3 (シグナル伝達兼転写活性化因子3) / Monobody
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA sequestering activity / positive regulation of metalloendopeptidase activity / PTK6 Activates STAT3 / eye photoreceptor cell differentiation / retinal rod cell differentiation / radial glial cell differentiation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of primary miRNA processing / leptin-mediated signaling pathway / negative regulation of neuron migration ...RNA sequestering activity / positive regulation of metalloendopeptidase activity / PTK6 Activates STAT3 / eye photoreceptor cell differentiation / retinal rod cell differentiation / radial glial cell differentiation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of primary miRNA processing / leptin-mediated signaling pathway / negative regulation of neuron migration / T-helper 17 type immune response / Signalling to STAT3 / negative regulation of inflammatory response to wounding / primary miRNA binding / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / response to leptin / regulation of feeding behavior / 有性生殖 / interleukin-11-mediated signaling pathway / T-helper 17 cell lineage commitment / cellular response to interleukin-17 / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway / MET activates STAT3 / interleukin-2-mediated signaling pathway / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / intracellular receptor signaling pathway / negative regulation of stem cell differentiation / interleukin-15-mediated signaling pathway / cellular response to leptin stimulus / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / astrocyte differentiation / Interleukin-23 signaling / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / Interleukin-37 signaling / Interleukin-15 signaling / Signaling by Leptin / Interleukin-35 Signalling / Interleukin-27 signaling / negative regulation of glycolytic process / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / growth hormone receptor signaling pathway / temperature homeostasis / eating behavior / Signaling by ALK / Interleukin-20 family signaling / interleukin-6-mediated signaling pathway / Interleukin-6 signaling / positive regulation of Notch signaling pathway / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Interleukin-10 signaling / somatic stem cell population maintenance / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of interleukin-10 production / regulation of multicellular organism growth / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / signaling adaptor activity / energy homeostasis / Growth hormone receptor signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / cellular response to hormone stimulus / Interleukin-7 signaling / Downstream signal transduction / negative regulation of autophagy / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of erythrocyte differentiation / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / mRNA transcription by RNA polymerase II / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / PKR-mediated signaling / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Signaling by SCF-KIT / Cytoprotection by HMOX1 / chromatin DNA binding / response to peptide hormone / defense response / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of miRNA transcription / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / protein import into nucleus / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of interleukin-6 production / nuclear receptor activity / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / positive regulation of tumor necrosis factor production / response to estradiol / glucose homeostasis / nervous system development
類似検索 - 分子機能
STAT3, SH2 domain / : / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / STAT protein, all-alpha domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain ...STAT3, SH2 domain / : / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / STAT protein, all-alpha domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT transcription factor, N-terminal domain superfamily / Transcription factor STAT / STAT transcription factor, coiled coil / p53-like transcription factor, DNA-binding / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / SH2ドメイン / SH2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Signal transducer and activator of transcription 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者La Sala, G. / Lau, K. / Reynaud, A. / Pojer, F. / Hantschel, O.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)ERC-2016-CoG 682311-ONCOINTRABODY スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Selective inhibition of STAT3 signaling using monobodies targeting the coiled-coil and N-terminal domains.
著者: La Sala, G. / Michiels, C. / Kukenshoner, T. / Brandstoetter, T. / Maurer, B. / Koide, A. / Lau, K. / Pojer, F. / Koide, S. / Sexl, V. / Dumoutier, L. / Hantschel, O.
履歴
登録2019年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Signal transducer and activator of transcription 3
A: Signal transducer and activator of transcription 3
D: Monobody
C: Monobody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,7534
ポリマ－156,7534
非ポリマー00
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, Binding with 5nM affinity
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6430 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area57480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.310, 111.310, 483.467
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Signal transducer and activator of transcription 3 / Acute-phase response factor


分子量: 68181.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STAT3, APRF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40763
#2: 抗体 Monobody /


分子量: 10195.304 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.25 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 19% PEG300 70mM Calcium acetate dihydrate 100mM imidazole pH = 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→49.78 Å / Num. obs: 68863 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.6 % / Biso Wilson estimate: 80.93 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.9→2.97 Å / Num. unique obs: 4535 / CC1/2: 0.252 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 4.0E+68 / 解像度: 2.9→49.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.462 / ESU R Free: 0.326
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2806 3429 5 %RANDOM
Rwork0.2459 ---
obs0.2476 68566 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 221.24 Å2 / Biso mean: 83.2292 Å2 / Biso min: 35.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10063 0 0 2 10065
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0210272
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.029900
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9351.96413913
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.643322828
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.26251248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.05724.912452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.036151876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7291548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.21574
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02111437
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.022279
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.4688.0745022
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.4688.0745021
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.25312.16260
LS精密化 シェル解像度: 2.901→2.976 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.452 240 -
Rwork0.45 4696 -
all-4936 -
obs--98.92 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る