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- PDB-6tlb: Plasmodium falciparum lipocalin (PF3D7_0925900) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tlb
タイトルPlasmodium falciparum lipocalin (PF3D7_0925900)
要素Serine/threonine protein kinase
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Lipocalin / Malaria / Infection
機能・相同性Calycin / Parasitophorous vacuolar protein 5, putative
機能・相同性情報
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / 溶液散乱 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Burda, P.C. / Crosskey, T.D. / Lauk, K. / Wilmanns, M. / Gilberger, T.W.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
European Molecular Biology Organization ドイツ
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Structure-Based Identification and Functional Characterization of a Lipocalin in the Malaria Parasite Plasmodium falciparum.
著者: Burda, P.C. / Crosskey, T. / Lauk, K. / Zurborg, A. / Sohnchen, C. / Liffner, B. / Wilcke, L. / Pietsch, E. / Strauss, J. / Jeffries, C.M. / Svergun, D.I. / Wilson, D.W. / Wilmanns, M. / Gilberger, T.W.
履歴
登録2019年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine protein kinase
B: Serine/threonine protein kinase
C: Serine/threonine protein kinase
D: Serine/threonine protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,40211
ポリマ－88,9654
非ポリマー4377
水70339
1
B: Serine/threonine protein kinase
D: Serine/threonine protein kinase
ヘテロ分子

A: Serine/threonine protein kinase
C: Serine/threonine protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,40211
ポリマ－88,9654
非ポリマー4377
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area9450 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area31910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.993, 92.250, 214.502
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.35, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質
Serine/threonine protein kinase


分子量: 22241.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0925900 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I2Q0
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
溶液散乱

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.76 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris pH7, 2.5 M Sodium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→56.2 Å / Num. obs: 28936 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 54.95 Å2 / CC1/2: 0.546 / Rmerge(I) obs: 0.1985 / Rrim(I) all: 0.2943 / Net I/σ(I): 3.69
反射 シェル解像度: 2.85→2.952 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.19 / Num. unique obs: 2889 / CC1/2: 0.41 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MBT

3mbt


解像度: 2.85→56.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 16.431 / SU ML: 0.291 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.734 / ESU R Free: 0.321 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23647 1428 4.9 %RANDOM
Rwork0.18886 ---
obs0.1912 27535 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.494 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å2-0 Å2-0.04 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.85→56.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5930 0 27 40 5997
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0136106
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175628
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5391.6378263
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2081.56913114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.7755739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.26524.919307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.812151091
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2761516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2815
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026721
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021203
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.335.5292968
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.3135.5292967
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.8958.2893703
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.8988.293704
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6546.0833138
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6046.0823138
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.4688.934561
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.23463.7066355
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.25163.7176355
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 110 -
Rwork0.329 2058 -
obs--99.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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