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- PDB-6tl1: Crystal structure of the TASOR pseudo-PARP domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tl1
タイトルCrystal structure of the TASOR pseudo-PARP domain
要素Protein TASOR
キーワードGENE REGULATION / Nuclear protein / Transcriptional repressor / epigenetic silencing / histone H3 lysine 9 methylation (H3K9me3) / transposable element / LINE1 element / RNA-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


mesodermal to mesenchymal transition involved in gastrulation / protein localization to heterochromatin / constitutive heterochromatin formation / anterior/posterior axis specification, embryo / transposable element silencing by heterochromatin formation / negative regulation of gene expression, epigenetic / heterochromatin / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / chromatin binding / RNA binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
TASOR, DUF3715 / TASOR / : / : / Protein of unknown function (DUF3715) / TASOR alpha/beta domain / TASOR PIN domain / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Douse, C.H. / Timms, R.T. / Freund, S.M.V. / Modis, Y.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust101908/Z/13/Z 英国
Wellcome Trust217191/Z/19/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/N011791/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: TASOR is a pseudo-PARP that directs HUSH complex assembly and epigenetic transposon control.
著者: Douse, C.H. / Tchasovnikarova, I.A. / Timms, R.T. / Protasio, A.V. / Seczynska, M. / Prigozhin, D.M. / Albecka, A. / Wagstaff, J. / Williamson, J.C. / Freund, S.M.V. / Lehner, P.J. / Modis, Y.
履歴
登録2019年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein TASOR
B: Protein TASOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7373
ポリマ－49,6452
非ポリマー921
水2,522140
1
A: Protein TASOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9152
ポリマ－24,8221
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein TASOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8221
ポリマ－24,8221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.590, 74.590, 184.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-592-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(CHAIN A AND (RESSEQ 6:31 OR (RESID 32 AND (NAME...
21(CHAIN B AND (RESSEQ 6:31 OR (RESID 32 AND (NAME...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(CHAIN A AND (RESSEQ 6:31 OR (RESID 32 AND (NAME...A6 - 31
121(CHAIN A AND (RESSEQ 6:31 OR (RESID 32 AND (NAME...A32
131(CHAIN A AND (RESSEQ 6:31 OR (RESID 32 AND (NAME...A111 - 329
141(CHAIN A AND (RESSEQ 6:31 OR (RESID 32 AND (NAME...A111 - 329
151(CHAIN A AND (RESSEQ 6:31 OR (RESID 32 AND (NAME...A111 - 329
161(CHAIN A AND (RESSEQ 6:31 OR (RESID 32 AND (NAME...A111 - 329
171(CHAIN A AND (RESSEQ 6:31 OR (RESID 32 AND (NAME...A111 - 329
211(CHAIN B AND (RESSEQ 6:31 OR (RESID 32 AND (NAME...B6 - 31
221(CHAIN B AND (RESSEQ 6:31 OR (RESID 32 AND (NAME...B32
231(CHAIN B AND (RESSEQ 6:31 OR (RESID 32 AND (NAME...B111 - 328
241(CHAIN B AND (RESSEQ 6:31 OR (RESID 32 AND (NAME...B111 - 328
251(CHAIN B AND (RESSEQ 6:31 OR (RESID 32 AND (NAME...B111 - 328
261(CHAIN B AND (RESSEQ 6:31 OR (RESID 32 AND (NAME...B111 - 328
271(CHAIN B AND (RESSEQ 6:31 OR (RESID 32 AND (NAME...B111 - 328

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要素

#1: タンパク質 Protein TASOR / CTCL tumor antigen se89-1 / Retinoblastoma-associated protein RAP140 / Transgene activation suppressor protein


分子量: 24822.430 Da / 分子数: 2 / 変異: residues 261-269 deleted / 由来タイプ: 組換発現
詳細: TASOR pseudo PARP domain, residues 110-332 with internal deletion of residues 261-269
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TASOR, C3orf63, FAM208A, KIAA1105 / Variant: Isoform 1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UK61
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 % / 解説: Cuboid
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.1 M NaPi,, 0.1 M KPi, 2 M NaCl

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0210.97949
シンクロトロンDiamond I0320.9798
検出器
タイプID検出器日付詳細
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2016年3月5日Perpendicular focussing mirrors
DECTRIS EIGER2 XE 16M2PIXEL2014年4月16日Perpendicular focussing mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979491
20.97981
反射解像度: 2.03→57.945 Å / Num. obs: 34589 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 43.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.03→2.08 Å / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 2513 / Rpim(I) all: 0.427 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSOct 15, 2015データ削減
Aimless0.5.17データスケーリング
AutoSol位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.03→57.94 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 1670 4.84 %
Rwork0.195 32836 -
obs0.197 34506 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 129.53 Å2 / Biso mean: 56.56 Å2 / Biso min: 28.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.03→57.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3359 0 6 140 3505
Biso mean--82.9 49.22 -
残基数----412
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1649X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
12B1649X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.03-2.08980.32331330.316426792812
2.0898-2.15720.30231480.278326712819
2.1572-2.23430.27561390.241726842823
2.2343-2.32380.24721330.220926802813
2.3238-2.42960.26661470.229626862833
2.4296-2.55770.25611490.233227072856
2.5577-2.71790.26281350.229427032838
2.7179-2.92780.31331260.221427442870
2.9278-3.22240.22751330.214127372870
3.2224-3.68860.21721360.183127612897
3.6886-4.64690.20281550.155727972952
4.6469-57.940.19751360.176529873123
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9280.80690.42653.35981.57961.62150.0719-0.15190.6458-0.3574-0.08770.2802-0.1746-0.2152-0.09930.349-0.0475-0.03950.39660.11370.32398.570992.2761198.1167
24.12522.4629-1.05684.1562-0.76982.07280.0480.58030.0568-0.03560.1847-0.0148-0.20270.0204-0.16130.4074-0.0419-0.0330.41650.05890.316316.581689.2606195.6098
34.9811-0.3748-1.19937.2449-2.6681.91190.1414-0.3447-0.24980.07320.53751.42310.0518-0.4804-0.59170.3096-0.02290.02240.43830.1010.4838-1.195172.88207.9477
46.2380.4226-2.23685.0047-2.44725.68890.038-0.85250.39550.36210.35920.2938-0.45720.1942-0.06610.30370.0152-0.00810.4241-0.02840.279810.331376.1462208.974
53.6149-2.30870.92715.4944-1.46221.4558-0.08870.82050.0999-0.88040.17390.8588-0.0023-0.2309-0.22060.5335-0.1586-0.15190.6031-0.00430.34049.79772.8368189.5532
62.0282-0.49410.25266.9951-1.24062.36770.03560.22630.0961-0.4411-0.0692-0.0982-0.00650.0916-0.03570.3312-0.0437-0.02010.36620.01210.233218.937476.7479195.4018
74.4978-1.75820.20084.9673-1.25281.9943-0.13410.2109-0.4184-0.23260.0694-0.26840.0908-0.01410.05810.39610.0204-0.03540.3931-0.0050.399821.594663.4868207.2198
82.89281.4197-0.87675.18-2.3082.31840.0046-0.2048-0.26180.403-0.0109-0.3723-0.23710.18470.00610.3121-0.0165-0.07080.3777-0.01050.277123.095870.9803204.1941
98.0101-0.6219-0.21516.8283-0.05886.7728-0.14730.1048-0.5878-0.17660.2121.2461.2817-0.8016-0.0720.527-0.1256-0.01680.50620.08110.47315.139262.5322202.3397
103.45310.7547-1.76029.5906-1.84824.17360.03690.0470.6315-0.95330.4471-0.20470.1390.128-0.41990.3524-0.0481-0.02360.3996-0.01520.281315.012685.8572193.2504
113.28430.96581.21075.5656-0.65452.93920.3014-0.88010.03771.0554-0.5104-0.19360.11210.01590.13790.5280.01420.06270.64860.0790.3577-1.199199.0526226.9472
122.07842.62420.9033.35840.62663.220.0084-1.06150.72220.69530.10630.6102-0.3888-0.6384-0.38360.55250.16060.18660.6830.07190.9302-22.6086109.3153219.4914
134.32740.99111.49313.0984-0.24152.58150.0414-0.33990.1470.3785-0.17090.4999-0.0679-0.28760.09780.43390.04290.09470.463-0.0130.5273-11.6563102.1236217.2948
141.3969-0.14930.76045.2384-0.46732.90090.03180.434-0.0014-0.301-0.13950.5720.18720.1140.03850.3610.07670.04850.52260.01910.5639-12.159397.1169205.5366
153.57450.32570.48634.77890.29652.89330.08340.1443-0.31610.0283-0.08860.50730.1504-0.19050.00250.37190.05620.11980.36940.08880.5145-11.391793.1726213.984
161.6438-0.2550.33822.2712-0.12810.70440.2834-0.1734-0.2393-0.2751-0.24830.77820.3772-0.3233-0.02380.50730.0050.03060.52420.0230.7929-12.791785.2969212.4655
175.5396-1.1692-0.42782.84441.04661.49840.10330.00930.0968-0.0001-0.12770.6585-0.329-0.2091-0.01550.37550.03310.14280.47370.10430.5694-13.2278102.2968212.5121
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 6 THROUGH 28 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 29 THROUGH 48 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 49 THROUGH 64 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 65 THROUGH 81 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 82 THROUGH 102 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 103 THROUGH 138 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 139 THROUGH 156 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'A' AND (RESID 157 THROUGH 188 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'A' AND (RESID 189 THROUGH 202 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'A' AND (RESID 203 THROUGH 215 )A0
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12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'B' AND (RESID 49 THROUGH 64 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'B' AND (RESID 65 THROUGH 92 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'B' AND (RESID 93 THROUGH 114 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'B' AND (RESID 115 THROUGH 162 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'B' AND (RESID 163 THROUGH 188 )B0
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'B' AND (RESID 189 THROUGH 214 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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