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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tkx | |||||||||
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タイトル | Carbohydrate esterase from gut microbiota | |||||||||
要素 | Carbohydrate esterase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Carbohydrate esterase / alpha/beta hydrolase | |||||||||
生物種 | metagenome (メタゲノミクス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å | |||||||||
データ登録者 | Penttinen, L. / Hakulinen, N. / Master, R.E. | |||||||||
資金援助 | フィンランド, スウェーデン, 2件
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引用 | ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2021 タイトル: Polysaccharide utilization loci-driven enzyme discovery reveals BD-FAE: a bifunctional feruloyl and acetyl xylan esterase active on complex natural xylans. 著者: Hameleers, L. / Penttinen, L. / Ikonen, M. / Jaillot, L. / Faure, R. / Terrapon, N. / Deuss, P.J. / Hakulinen, N. / Master, E.R. / Jurak, E. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tkx.cif.gz | 114.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tkx.ent.gz | 90 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tkx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/6tkx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/6tkx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6xycC 2c7bS 2wtmS 3bjrS 3bxpS 3f67S 3hxkS 3pfbS 3qh4S 3zwqS 4e15S 4n5hS 4q3kS 4v2iS 4wy8S 4zi5S 5ao9S 5cmlS 5g5cS 5jd4S 5l2pS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32548.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノミクス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.33 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 25% PEG MME 5000, 0.1 M mes pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.06→41.399 Å / Num. obs: 17093 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.7 % / CC1/2: 0.6 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.06→2.1 Å / Num. unique obs: 838 / CC1/2: 0.6 / Rrim(I) all: 1.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3HXK, 4N5H, 5AO9, 2WTM, 3BXP, 3BJR, 4V2I, 2C7B, 4E15, 4Q3K, 3PFB, 3ZWQ, 5L2P, 3QH4, 5G5C, 5JD4, 4ZI5, 3F67, 5CML, 4WY8 解像度: 2.06→41.399 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.07
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.06→41.399 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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