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- PDB-6tkx: Carbohydrate esterase from gut microbiota -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tkx
タイトルCarbohydrate esterase from gut microbiota
要素Carbohydrate esterase
キーワードHYDROLASE / Carbohydrate esterase / alpha/beta hydrolase
機能・相同性Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Penttinen, L. / Hakulinen, N. / Master, R.E.
資金援助 フィンランド, スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Academy of Finland292705 フィンランド
Other private スウェーデン
引用ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2021
タイトル: Polysaccharide utilization loci-driven enzyme discovery reveals BD-FAE: a bifunctional feruloyl and acetyl xylan esterase active on complex natural xylans.
著者: Hameleers, L. / Penttinen, L. / Ikonen, M. / Jaillot, L. / Faure, R. / Terrapon, N. / Deuss, P.J. / Hakulinen, N. / Master, E.R. / Jurak, E.
履歴
登録2019年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbohydrate esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6442
ポリマ－32,5481
非ポリマー961
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, mass spectrometry, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area190 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area11980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.460, 108.460, 44.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-604-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Carbohydrate esterase


分子量: 32548.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 25% PEG MME 5000, 0.1 M mes pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→41.399 Å / Num. obs: 17093 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.7 % / CC1/2: 0.6 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.06→2.1 Å / Num. unique obs: 838 / CC1/2: 0.6 / Rrim(I) all: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: 000)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HXK, 4N5H, 5AO9, 2WTM, 3BXP, 3BJR, 4V2I, 2C7B, 4E15, 4Q3K, 3PFB, 3ZWQ, 5L2P, 3QH4, 5G5C, 5JD4, 4ZI5, 3F67, 5CML, 4WY8

3hxk

4n5h

5ao9

2wtm

3bxp

3bjr

4v2i

2c7b

4e15

4q3k

3pfb

3zwq

5l2p

3qh4

5g5c

5jd4

4zi5

3f67

5cml

4wy8


解像度: 2.06→41.399 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2702 832 4.88 %
Rwork0.2054 --
obs0.2086 17055 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→41.399 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2212 0 5 115 2332
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122279
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1563107
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.581345
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058342
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008406
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.06-2.18910.36731410.29842638X-RAY DIFFRACTION100
2.1891-2.35810.34081210.27162680X-RAY DIFFRACTION100
2.3581-2.59540.34061390.24532639X-RAY DIFFRACTION100
2.5954-2.97080.31231450.23872677X-RAY DIFFRACTION100
2.9708-3.74260.30791530.19632713X-RAY DIFFRACTION100
3.7426-41.3990.18951330.16792876X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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