PDB-6tkm: Tankyrase 2 in complex with an inhibitor (OM-1800)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tkm

タイトル

Tankyrase 2 in complex with an inhibitor (OM-1800)

要素

Tankyrase-2

キーワード

TRANSFERASE / Inhibitor / Complex / Poly-ADP-ribosylation / Enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Sowa, S.T. / Lehtio, L.

資金援助

フィンランド, 2件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Preclinical Lead Optimization of a 1,2,4-Triazole Based Tankyrase Inhibitor.
著者: Waaler, J. / Leenders, R.G.G. / Sowa, S.T. / Alam Brinch, S. / Lycke, M. / Nieczypor, P. / Aertssen, S. / Murthy, S. / Galera-Prat, A. / Damen, E. / Wegert, A. / Nazare, M. / Lehtio, L. / Krauss, S.

履歴

登録	2019年11月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tkm.cif.gz	173.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tkm.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tkm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6tkm_validation.pdf.gz	851.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tkm_full_validation.pdf.gz	856.8 KB	表示
XML形式データ	6tkm_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	6tkm_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/6tkm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/6tkm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tg4C 6tknC 6tkpC 6tkqC 6tkrC 6tksC 5nobS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hmh-d 4uvt-1 4bue-1 5fpg-2 3u9y-d 4bjc-d 5fpf-2 3p0p-2 4j22-1 5c5q-2 4avu-1 4l09-1 3kr8-1 6tks-2 5dcz-d 4w5i-2 5nwb-2 4ui6-1 4hlg-1 6tkp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Tankyrase-2

BBB: Tankyrase-2

ヘテロ分子

55.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Tankyrase-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Based on gel filtration the TNKS2 proteins (catalytic domain) run as monomers.
27.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Tankyrase-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.320, 77.410, 148.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains A B)

#1: タンパク質	Tankyrase-2 / TANK2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / ...TANK2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / TNKS-2 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase 2 / Tankyrase II / Tankyrase-like protein / Tankyrase-related protein 分子量: 27299.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-NG5 / ~{N}-[3-[5-(5-ethoxypyridin-2-yl)-4-(2-fluorophenyl)-1,2,4-triazol-3-yl]cyclobutyl]-1,5-naphthyridine-4-carboxamide 分子量: 509.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₂₄FN₇O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.65 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 7.5-25% PEG 6000, Bicine, pH = 9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 25517 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.4339 % / CC_1/2: 0.974 / Net I/σ(I): 5.09
反射シェル	解像度: 2.7→2.77 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / Num. unique obs: 1935 / CC_1/2: 0.627

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5NOB

5nob

解像度: 2.7→29.735 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.913 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 18.188 / SU ML: 0.342 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.376 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2714	700	5.002 %
R_work	0.237	-	-
all	0.239	-	-
obs	-	13994	99.403 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.872 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.141 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.474 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.615 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.735 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3269	0	78	31	3378

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	3440
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.018	2993
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.275	1.68	4642
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.165	1.6	6922
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.322	5	404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.309	21.068	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.877	15	542
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.564	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.04	0.2	414
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.501	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3912
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	814
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.172	0.2	604
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.169	0.2	2732
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	1597
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	1532
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.121	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.038	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.193	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.227	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.216	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.657	4.104	1631
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.657	4.103	1630
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.997	6.14	2030
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.997	6.142	2031
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.297	4.15	1809
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.297	4.149	1810
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.34	6.17	2608
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.34	6.169	2609
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.751	45.609	3730
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.751	45.602	3731
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.103	0.05	6216

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.77	0.431	51	0.344	972	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.846	0.346	50	0.341	949	X-RAY DIFFRACTION	99.8002
2.846-2.928	0.341	47	0.307	898	X-RAY DIFFRACTION	99.8943
2.928-3.018	0.357	48	0.306	904	X-RAY DIFFRACTION	100
3.018-3.117	0.272	44	0.271	849	X-RAY DIFFRACTION	100
3.117-3.227	0.263	46	0.264	858	X-RAY DIFFRACTION	100
3.227-3.349	0.335	42	0.239	795	X-RAY DIFFRACTION	100
3.349-3.485	0.239	41	0.228	788	X-RAY DIFFRACTION	100
3.485-3.64	0.251	39	0.262	745	X-RAY DIFFRACTION	98.8651
3.64-3.818	0.374	37	0.311	694	X-RAY DIFFRACTION	94.0798
3.818-4.024	0.254	35	0.232	670	X-RAY DIFFRACTION	99.2958
4.024-4.268	0.204	35	0.171	658	X-RAY DIFFRACTION	99.8559
4.268-4.562	0.198	32	0.167	618	X-RAY DIFFRACTION	100
4.562-4.927	0.2	30	0.16	574	X-RAY DIFFRACTION	100
4.927-5.397	0.228	29	0.189	543	X-RAY DIFFRACTION	100
5.397-6.033	0.264	26	0.226	494	X-RAY DIFFRACTION	100
6.033-6.965	0.258	23	0.202	434	X-RAY DIFFRACTION	99.7817
6.965-8.525	0.214	20	0.19	379	X-RAY DIFFRACTION	100
8.525-12.037	0.214	15	0.175	297	X-RAY DIFFRACTION	100

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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