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万見
- PDB-6tk7: Femtosecond to millisecond structural changes in a light-driven s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tk7
タイトルFemtosecond to millisecond structural changes in a light-driven sodium pump: Dark structure in acidic conditions
要素Sodium pumping rhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Sodium pumping rhodopsin / time-resolved / serial femtosecond crystallograpy / room-temperature
機能・相同性
機能・相同性情報


Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
EICOSANE / RETINAL / Sodium pumping rhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Dokdonia eikasta (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Skopintsev, P. / Ehrenberg, D. / Weinert, T. / James, D. / Kar, R. / Johnson, P. / Ozerov, D. / Furrer, A. / Martiel, I. / Dworkowski, F. ...Skopintsev, P. / Ehrenberg, D. / Weinert, T. / James, D. / Kar, R. / Johnson, P. / Ozerov, D. / Furrer, A. / Martiel, I. / Dworkowski, F. / Nass, K. / Knopp, G. / Cirelli, C. / Gashi, D. / Mous, S. / Wranik, M. / Gruhl, T. / Kekilli, D. / Bruenle, S. / Deupi, X. / Schertler, G.F.X. / Benoit, R. / Panneels, V. / Nogly, P. / Schapiro, I. / Milne, C. / Heberle, J. / Standfuss, J.
資金援助 スイス, ドイツ, イスラエル, 9件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_141235 スイス
Swiss National Science Foundation31003A_159558 スイス
Swiss National Science FoundationPZ00P3_174169 スイス
German Research FoundationSFB-1078, project B3 ドイツ
German Research FoundationSPP-1926, HE 2063/6-1 ドイツ
European Research CouncilMarie-Sklodowska-Curie No 701646 スイス
European Research CouncilMarie-Sklodowska-Curie No 701647 スイス
European Research Council678169 イスラエル
German Research FoundationSFB 1078 Protonation Dynamics in Protein Function Mercator fellowship イスラエル
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Femtosecond-to-millisecond structural changes in a light-driven sodium pump.
著者: Skopintsev, P. / Ehrenberg, D. / Weinert, T. / James, D. / Kar, R.K. / Johnson, P.J.M. / Ozerov, D. / Furrer, A. / Martiel, I. / Dworkowski, F. / Nass, K. / Knopp, G. / Cirelli, C. / Arrell, ...著者: Skopintsev, P. / Ehrenberg, D. / Weinert, T. / James, D. / Kar, R.K. / Johnson, P.J.M. / Ozerov, D. / Furrer, A. / Martiel, I. / Dworkowski, F. / Nass, K. / Knopp, G. / Cirelli, C. / Arrell, C. / Gashi, D. / Mous, S. / Wranik, M. / Gruhl, T. / Kekilli, D. / Brunle, S. / Deupi, X. / Schertler, G.F.X. / Benoit, R.M. / Panneels, V. / Nogly, P. / Schapiro, I. / Milne, C. / Heberle, J. / Standfuss, J.
履歴
登録2019年11月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium pumping rhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,52628
ポリマ－32,8951
非ポリマー7,63127
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9450 Å2
ΔGint126 kcal/mol
Surface area11880 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)41.540, 84.480, 235.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-491-

HOH

21A-463-

HOH

31A-472-

HOH

41A-495-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Sodium pumping rhodopsin


分子量: 32894.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dokdonia eikasta (バクテリア) / 遺伝子: NaR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: N0DKS8
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 200 mM Sodium Acetate pH 4.4, 150 mM MgCl2, 35% PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SwissFEL ARAMIS / ビームライン: ESA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→12.4 Å / Num. obs: 28904 / % possible obs: 52.3 % / 冗長度: 505 % / Biso Wilson estimate: 25.82 Å2 / CC1/2: 1 / R split: 0.068 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.6→2.3 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 10097 / CC1/2: 0.9 / R split: 0.383 / % possible all: 27.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CrystFEL0.8.0データ削減
CrystFEL0.8.0データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3x3c

3x3c


解像度: 1.6→12.357 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2134 1892 6.55 %
Rwork0.1775 27003 -
obs0.1798 28895 52.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 123.66 Å2 / Biso mean: 36.1577 Å2 / Biso min: 11.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→12.357 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2128 0 242 99 2469
Biso mean--64.93 46.88 -
残基数----271
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6001-1.640.3984140.33441093
1.64-1.68430.3532120.32821795
1.6843-1.73370.4553190.33572657
1.7337-1.78950.3622310.314638211
1.7895-1.85330.2899380.27356315
1.8533-1.92720.3028610.272590725
1.9272-2.01460.3151860.2616133436
2.0146-2.12030.24211430.2414197254
2.1203-2.25240.24791920.2262272374
2.2524-2.42510.26842480.2108349795
2.4251-2.66690.21352560.19323682100
2.6669-3.04770.20832590.17573723100
3.0477-3.82090.18582620.15163777100
3.8209-12.3570.19782710.1563890100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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