PDB-6tju: X-ray structure of C-terminal domain of human T-cell lymphotropic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tju

タイトル

X-ray structure of C-terminal domain of human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1)

要素

Pol protein

キーワード

TRANSFERASE / HTLV-1 / integrase / deltaretrovirus / DNA-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA integration / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / nucleic acid binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Barski, M. / Maertens, G.N.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of the deltaretroviral intasome in complex with the PP2A regulatory subunit B56γ.
著者: Michał S Barski / Jordan J Minnell / Zuzana Hodakova / Valerie E Pye / Andrea Nans / Peter Cherepanov / Goedele N Maertens /

要旨: Human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) is a deltaretrovirus and the most oncogenic pathogen. Many of the ~20 million HTLV-1 infected people will develop severe leukaemia or an ALS-like motor ...

履歴

登録	2019年11月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tju.cif.gz	55.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tju.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tju.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6tju_validation.pdf.gz	423.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tju_full_validation.pdf.gz	423.6 KB	表示
XML形式データ	6tju_validation.xml.gz	5 KB	表示
CIF形式データ	6tju_validation.cif.gz	6.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/6tju ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/6tju	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qbtC 6qbvC 6qbwC 6toqC 7pelC 5lljS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2rm0-d 4dcz-3 3k2a-1 6s7m-8 2oaw-4 1rh6-2 2lyw-d 4rqm-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Pol protein

7.61 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.408, 97.408, 97.408
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	214
Space group name H-M	I4₁32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-109- HOH
2	1	AAA-129- HOH
3	1	AAA-141- HOH
4	1	AAA-143- HOH
5	1	AAA-147- HOH
6	1	AAA-154- HOH

#1: タンパク質	Pol protein 分子量: 7609.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス) 遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: A0A1Y1CAU9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.45 % / 解説: rhombohedral
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.2 M ammonium tartrate dibasic, 150 mM NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→39.77 Å / Num. obs: 41483 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.4 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.055 / R_rim(I) all: 0.095 / Χ²: 0.89 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / R_merge(I) obs: 0.711 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2513 / CC_1/2: 0.354 / R_pim(I) all: 0.503

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
xia2		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LLJ

5llj

解像度: 1.8→39.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 12.671 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.117 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2464	418	5.489 %
R_work	0.1771	-	-
all	0.181	-	-
obs	-	7615	99.987 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.44 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	425	0	0	57	482

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	441
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.015	0.017	398
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.861	1.637	604
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.47	1.569	918
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.055	5	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.714	20	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.105	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.2	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	488
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	101
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	328
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	189
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.097	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.285	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.13	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.33	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.243	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.544	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.057	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.039	5.282	218
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.961	5.275	217
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.27	7.853	268
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.292	7.858	269
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.062	5.547	223
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.046	5.553	224
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.367	8.179	335
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.354	8.186	336
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.227	58.308	478
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.957	57.139	465
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.704	3	837

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.801-1.847	0.37	30	0.389	518	X-RAY DIFFRACTION	100
1.847-1.898	0.369	32	0.351	505	X-RAY DIFFRACTION	100
1.898-1.953	0.4	24	0.352	487	X-RAY DIFFRACTION	100
1.953-2.013	0.358	22	0.315	491	X-RAY DIFFRACTION	100
2.013-2.079	0.312	32	0.285	457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.079-2.152	0.248	34	0.257	450	X-RAY DIFFRACTION	100
2.152-2.233	0.386	20	0.286	430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.233-2.324	0.328	31	0.233	415	X-RAY DIFFRACTION	100
2.324-2.427	0.223	24	0.197	397	X-RAY DIFFRACTION	100
2.427-2.546	0.313	17	0.194	401	X-RAY DIFFRACTION	100
2.546-2.683	0.396	23	0.2	366	X-RAY DIFFRACTION	100
2.683-2.846	0.23	18	0.187	358	X-RAY DIFFRACTION	100
2.846-3.042	0.333	20	0.163	338	X-RAY DIFFRACTION	100
3.042-3.285	0.219	17	0.15	308	X-RAY DIFFRACTION	100
3.285-3.598	0.169	19	0.135	291	X-RAY DIFFRACTION	100
3.598-4.021	0.25	15	0.123	261	X-RAY DIFFRACTION	100
4.021-4.64	0.185	12	0.11	241	X-RAY DIFFRACTION	100
4.64-5.677	0.187	14	0.118	203	X-RAY DIFFRACTION	100
5.677-8.001	0.159	9	0.161	169	X-RAY DIFFRACTION	100
8.001-39.77	0.222	5	0.229	111	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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