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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tix | ||||||
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タイトル | Crystal structure of penicillin-binding protein 2 from Yersinia pestis in complex with mecillinam | ||||||
要素 | Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Class B PBP / Yersinia pestis / HMM transpeptidase / periplasmic protein / peptidoglycan crosslinking / mecillinam | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Yersinia pestis (ペスト菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Pankov, G. / Hunter, W.N. / Dawson, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The structure of penicillin-binding protein 2 from Yersinia pestis in complex with mecillinam 著者: Pankov, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tix.cif.gz | 223.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tix.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6tix.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6tix_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6tix_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6tix_validation.xml.gz | 38.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6tix_validation.cif.gz | 52.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/6tix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/6tix | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5lp4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン: (詳細: Chains AAA BBB) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65552.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: mrdA, YPO2604 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A384KFW3, UniProt: A0A5P8YJF3*PLUS, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 % / 解説: Branched rectangular prisms |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Crystals were grown in a condition containing 1 uL of 0.8 mg/mL YpPBP2 (in 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM mecillinam) and 1 uL of reservoir solution (0.45 M Na+/K+ tartrate, 0.1 M ...詳細: Crystals were grown in a condition containing 1 uL of 0.8 mg/mL YpPBP2 (in 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM mecillinam) and 1 uL of reservoir solution (0.45 M Na+/K+ tartrate, 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5, 7.2% PEG 4000). The size of these crystals was optimised by three rounds of macroseeding into condition containing (0.45 M Na+/K+ tartrate, 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5, 7.2% PEG 4000 and 2 mM mecillinam) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8731 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→45.693 Å / Num. obs: 27215 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 2.1 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 4.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4118 / CC1/2: 0.677 / Rpim(I) all: 0.452 / Rrim(I) all: 0.64 / % possible all: 96.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5LP4 解像度: 2.8→45.693 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / WRfactor Rfree: 0.274 / WRfactor Rwork: 0.214 / SU B: 29.964 / SU ML: 0.529 / Average fsc free: 0.7294 / Average fsc work: 0.772 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.48 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 66.303 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.693 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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