PDB-6tix: Crystal structure of penicillin-binding protein 2 from Yersinia p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tix

タイトル

Crystal structure of penicillin-binding protein 2 from Yersinia pestis in complex with mecillinam

要素

Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Class B PBP / Yersinia pestis / HMM transpeptidase / periplasmic protein / peptidoglycan crosslinking / mecillinam

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Pankov, G. / Hunter, W.N. / Dawson, A.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of penicillin-binding protein 2 from Yersinia pestis in complex with mecillinam
著者: Pankov, G.

履歴

登録	2019年11月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tix.cif.gz	223.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tix.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tix.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/6tix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/6tix	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lp4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ip3-1 5x20-3 77 5lp4-1 3kya-d 5gnt-d 4ruo-1 3a18-1 3fay-d 2c5l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA

BBB: Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA

ヘテロ分子

132 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
65.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.172, 84.035, 87.099
Angle α, β, γ (deg.)	112.917, 95.306, 104.566
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains AAA BBB)

#1: タンパク質	Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA / Penicillin-binding protein 2 / PBP-2 分子量: 65552.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: mrdA, YPO2604 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A384KFW3, UniProt: A0A5P8YJF3*PLUS, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物	ChemComp-DH4 / 2-[(1R)-1-{[(E)-azepan-1-ylmethylidene]amino}-2-oxoethyl]-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid / Mecillinam, bound form 分子量: 327.442 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₅N₃O₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.6 % / 解説: Branched rectangular prisms
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Crystals were grown in a condition containing 1 uL of 0.8 mg/mL YpPBP2 (in 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM mecillinam) and 1 uL of reservoir solution (0.45 M Na+/K+ tartrate, 0.1 M ...詳細: Crystals were grown in a condition containing 1 uL of 0.8 mg/mL YpPBP2 (in 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM mecillinam) and 1 uL of reservoir solution (0.45 M Na+/K+ tartrate, 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5, 7.2% PEG 4000). The size of these crystals was optimised by three rounds of macroseeding into condition containing (0.45 M Na+/K+ tartrate, 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5, 7.2% PEG 4000 and 2 mM mecillinam)

結晶

マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.6 % / 解説: Branched rectangular prisms

結晶化

温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystals were grown in a condition containing 1 uL of 0.8 mg/mL YpPBP2 (in 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM mecillinam) and 1 uL of reservoir solution (0.45 M Na+/K+ tartrate, 0.1 M ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→45.693 Å / Num. obs: 27215 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 2.1 % / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 4.1
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4118 / CC_1/2: 0.677 / R_pim(I) all: 0.452 / R_rim(I) all: 0.64 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LP4

5lp4

解像度: 2.8→45.693 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / WR_factor R_free: 0.274 / WR_factor R_work: 0.214 / SU B: 29.964 / SU ML: 0.529 / Average fsc free: 0.7294 / Average fsc work: 0.772 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.48 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2902	1308	4.831 %
R_work	0.228	25768	-
all	0.231	-	-
obs	-	27076	92.432 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.303 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.63 Å²	-8.426 Å²	-6.118 Å²
2-	-	1.424 Å²	4.642 Å²
3-	-	-	3.222 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.693 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8166	0	0	104	8270

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	8355
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7816
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.299	1.654	11341
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.091	1.578	18119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.78	5	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.136	21.59	434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.661	15	1394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.094	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.046	0.2	1091
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.035	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	9267
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1757
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	2136
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	8798
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	4009
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	3930
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	268
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.121	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.217	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.237	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.247	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.202	6.983	4113
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.202	6.983	4112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.33	10.463	5122
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.329	10.464	5123
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.711	7.339	4242
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.711	7.339	4243
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.728	10.869	6219
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.727	10.869	6220
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.632	82.437	9706
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.631	82.442	9705
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.095	0.05	16393

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.872-2.951	0.38	95	0.34	1878	X-RAY DIFFRACTION	95.3601
2.951-3.036	0.371	108	0.318	1884	X-RAY DIFFRACTION	96.3716
3.036-3.129	0.397	99	0.296	1774	X-RAY DIFFRACTION	95.7077
3.129-3.231	0.422	88	0.281	1789	X-RAY DIFFRACTION	95.4245
3.231-3.344	0.306	77	0.263	1693	X-RAY DIFFRACTION	96.8801
3.344-3.469	0.308	84	0.257	1656	X-RAY DIFFRACTION	95.4995
3.469-3.61	0.271	64	0.228	1546	X-RAY DIFFRACTION	94.6502
3.61-3.77	0.287	73	0.224	1521	X-RAY DIFFRACTION	94.3195
3.77-3.952	0.298	81	0.207	1414	X-RAY DIFFRACTION	93.3208
3.952-4.164	0.269	53	0.184	1286	X-RAY DIFFRACTION	89.7453
4.164-4.415	0.274	68	0.171	1214	X-RAY DIFFRACTION	88.7812
4.415-4.716	0.198	57	0.172	1062	X-RAY DIFFRACTION	84.1353
4.716-5.09	0.261	54	0.187	1009	X-RAY DIFFRACTION	84.4321
5.09-5.568	0.355	51	0.214	964	X-RAY DIFFRACTION	87.8028
5.568-6.214	0.279	42	0.191	903	X-RAY DIFFRACTION	90
6.214-7.154	0.197	36	0.179	804	X-RAY DIFFRACTION	91.5033
7.154-8.708	0.257	30	0.2	661	X-RAY DIFFRACTION	88.7035

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