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- PDB-6th4: Tubulin-inhibitor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6th4
タイトルTubulin-inhibitor complex
要素
  • Stathmin-4
  • Tubulin alpha chain
  • Tubulin beta chain
キーワードCELL CYCLE / cytoskeleton / cell division / intracellular transport / TRANSPORT PROTEIN / MICROTUBULE
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / neuron projection development / growth cone / neuron projection / Golgi apparatus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; ...Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-N9B / Stathmin-4
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.121 Å
データ登録者Varela, P.F. / Gigant, B.
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2022
タイトル: B-nor-methylene Colchicinoid PT-100 Selectively Induces Apoptosis in Multidrug-Resistant Human Cancer Cells via an Intrinsic Pathway in a Caspase-Independent Manner
著者: Stein, A. / Hilken nee Thomopoulou, P. / Frias, C. / Hopff, S.M. / Varela, P. / Wilke, N. / Mariappan, A. / Neudorfl, J.M. / Fedorov, A.Y. / Gopalakrishnan, J. / Gigant, B. / Prokop, A. / Schmalz, H.G.
履歴
登録2019年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha chain
B: Tubulin beta chain
C: Tubulin alpha chain
D: Tubulin beta chain
E: Stathmin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,48920
ポリマ－217,1555
非ポリマー3,33515
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20160 Å2
ΔGint-177 kcal/mol
Surface area66320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.124, 128.304, 252.718
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 3種, 5分子 ACBDE

#1: タンパク質 Tubulin alpha chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)
#2: タンパク質 Tubulin beta chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)
#3: タンパク質 Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 16745.975 Da / 分子数: 1 / Mutation: C14A, F20W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043

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非ポリマー , 6種, 132分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物 ChemComp-N9B / 1,2,3,9-tetramethoxy-6-methylidene-5~{H}-cyclohepta[a]naphthalen-8-one


分子量: 340.370 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H20O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG, LiSO4, PIPES BUFFER, pH 6.80

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→126 Å / Num. obs: 62794 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.12→2.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3141 / CC1/2: 0.627 / Rrim(I) all: 1.151

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSMar 15, 2019データ削減
autoPROC1.05データスケーリング
STARANISO1.04データスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
Coot0.8.9.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RYC

3ryc


解像度: 2.121→126 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU R Cruickshank DPI: 1.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.974 / SU Rfree Blow DPI: 0.283 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.29
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2264 3166 -RANDOM
Rwork0.1922 ---
obs0.1939 62794 52 %-
原子変位パラメータBiso mean: 66.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.1028 Å20 Å20 Å2
2---9.6682 Å20 Å2
3----4.4346 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.121→126 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14512 0 207 117 14836
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00815121HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9320517HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5262SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2678HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it15121HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1958SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12046SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.04
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.89
LS精密化 シェル解像度: 2.121→2.316 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2751 56 -
Rwork0.2209 --
obs--4.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9566-0.9108-0.91044.57661.0982.69790.0081-0.06390.3144-0.0639-0.02290.21670.31440.21670.01480.07240.0454-0.0244-0.3484-0.1602-0.300710.003832.662674.855
21.8949-1.7050.05035.4280.75032.2260.12-0.403-0.0239-0.403-0.12970.3339-0.02390.33390.00970.11480.0220.0619-0.34950.0174-0.2992.51370.138591.6739
31.5553-0.7633-0.26773.280.81361.56180.0224-0.2451-0.0162-0.2451-0.02540.1441-0.01620.14410.00290.13550.05060.067-0.2459-0.0314-0.0679-12.5903109.16103.262
43.0782-1.02660.27573.00660.09932.2830.1981-0.3105-0.0554-0.3105-0.25540.2744-0.05540.27440.0574-0.08970.04050.0285-0.3227-0.0075-0.3299-32.9793143.28116.834
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|440 A|501 - A|503 A|602 - A|608 E|4 - E|64 }A1 - 440
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|440 A|501 - A|503 A|602 - A|608 E|4 - E|64 }A501 - 503
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|440 A|501 - A|503 A|602 - A|608 E|4 - E|64 }A602 - 608
4X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|440 A|501 - A|503 A|602 - A|608 E|4 - E|64 }E4 - 64
5X-RAY DIFFRACTION2{ B|1 - B|441 B|501 - B|504 E|65 - E|89 }B1 - 441
6X-RAY DIFFRACTION2{ B|1 - B|441 B|501 - B|504 E|65 - E|89 }B501 - 504
7X-RAY DIFFRACTION2{ B|1 - B|441 B|501 - B|504 E|65 - E|89 }E65 - 89
8X-RAY DIFFRACTION3{ C|1 - C|441 C|501 - C|503 C|606 - C|614 E|90 - E|115 D|501 - D|501 }C1 - 441
9X-RAY DIFFRACTION3{ C|1 - C|441 C|501 - C|503 C|606 - C|614 E|90 - E|115 D|501 - D|501 }C501 - 503
10X-RAY DIFFRACTION3{ C|1 - C|441 C|501 - C|503 C|606 - C|614 E|90 - E|115 D|501 - D|501 }C606 - 614
11X-RAY DIFFRACTION3{ C|1 - C|441 C|501 - C|503 C|606 - C|614 E|90 - E|115 D|501 - D|501 }E90 - 115
12X-RAY DIFFRACTION3{ C|1 - C|441 C|501 - C|503 C|606 - C|614 E|90 - E|115 D|501 - D|501 }D501
13X-RAY DIFFRACTION4{ E|116 - E|141 D|1 - D|441 D|502 - D|505 }E116 - 141
14X-RAY DIFFRACTION4{ E|116 - E|141 D|1 - D|441 D|502 - D|505 }D1 - 441
15X-RAY DIFFRACTION4{ E|116 - E|141 D|1 - D|441 D|502 - D|505 }D502 - 505

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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