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万見
- PDB-6tgh: SHMT from Streptococcus thermophilus Tyr55Thr variant in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tgh
タイトルSHMT from Streptococcus thermophilus Tyr55Thr variant in complex with D-Serine both as external aldimine and as non-covalent complex
要素Serine hydroxymethyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Pyridoxal phosphate / X-ray crystallography / hydroxymethyltransferase / proton abstraction / tetrahydrofolate-independent
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / : / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
D-SERINE / Chem-EVM / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Petrillo, G. / Hernandez, K. / Bujons, J. / Clapes, P. / Uson, I.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into nucleophile substrate specificity in variants of N-Serine hydroxymethyltransferase from Streptococcus thermophilus
著者: Petrillo, G. / Hernandez, K. / Bujons, J. / Clapes, P. / Uson, I.
履歴
登録2019年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine hydroxymethyltransferase
C: Serine hydroxymethyltransferase
B: Serine hydroxymethyltransferase
D: Serine hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,21913
ポリマ－179,7794
非ポリマー1,4409
水6,864381
1
A: Serine hydroxymethyltransferase
C: Serine hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,6217
ポリマ－89,8902
非ポリマー7315
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7420 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area27530 Å2
手法PISA
2
B: Serine hydroxymethyltransferase
D: Serine hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,5986
ポリマ－89,8902
非ポリマー7084
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7590 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area27590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)200.795, 112.930, 131.918
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.100, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質
Serine hydroxymethyltransferase / Serine methylase


分子量: 44944.758 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
遺伝子: glyA, CDA68_00974, DID82_07515 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5MCK9, UniProt: Q5M0B4*PLUS, glycine hydroxymethyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 390分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EVM / L-Serine, N-[[3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]-4-pyridinyl]methylene]


分子量: 333.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H14N2O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-DSN / D-SERINE / D-セリン


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.81 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PLP 0.1 mm D-Serine 100 mm cacodylate 0.1 M, pH 6.5 sodium citrate 0.85 M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→98 Å / Num. obs: 165927 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.05 / Num. unique obs: 157619

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WXB

4wxb


解像度: 2.12→47.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 8.021 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2836 8296 5 %RANDOM
Rwork0.2368 ---
obs0.2391 157619 99.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 144.82 Å2 / Biso mean: 55.166 Å2 / Biso min: 26.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å2-0.02 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.12→47.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12476 0 91 381 12948
Biso mean--73.1 55.54 -
残基数----1640
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01312838
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01711920
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6471.64417444
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2931.57627678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.53251642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.12823.616614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.677152100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4741556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214552
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022498
LS精密化 シェル解像度: 2.12→2.173 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.478 596 -
Rwork0.446 11336 -
obs--96.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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