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- PDB-6tge: NADP dependent methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase-NA... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tge

タイトル

NADP dependent methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase-NADP+-methenyl-H4MPT+ complex

要素

Bifunctional NADP-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase/methylenetetrahydrofolate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / tetrahydromethanotperin / NADP / methyotrophic bacteria / energy metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; CH-NH結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity / formaldehyde catabolic process / one-carbon metabolic process / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Methylorubrum extorquens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Ermler, U. / Shima, S.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: The Hydride Transfer Process in NADP-dependent Methylene-tetrahydromethanopterin Dehydrogenase.
著者: Huang, G. / Wagner, T. / Demmer, U. / Warkentin, E. / Ermler, U. / Shima, S.

履歴

登録	2019年11月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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PDB形式	pdb6tge.ent.gz	2.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tge.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6tge_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tge_full_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示
XML形式データ	6tge_validation.xml.gz	340.3 KB	表示
CIF形式データ	6tge_validation.cif.gz	483.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/6tge ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/6tge	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6tlkC 6tm3C 6yk9C 6ykaC 6ykbC 1lu9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tlk-1 6tlk-2 1lua-d 6bw8-d 3sb5-4 6tm3-1 1lu9-d 6bw2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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集合体

登録構造単位

A: Bifunctional NADP-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase/methylenetetrahydrofolate dehydrogenase

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ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	98.640, 123.500, 167.300
Angle α, β, γ (deg.)	94.790, 100.390, 108.970
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
要素

#1: タンパク質	... Bifunctional NADP-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase/methylenetetrahydrofolate dehydrogenase / NADP-dependent methylenetetrahydromethanopterin/methylenetetrahydrofolat e dehydrogenase 分子量: 29771.807 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylorubrum extorquens (バクテリア) 遺伝子: mtdA, BV511_24355, TK0001_4179 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1P8QVR4, UniProt: P55818*PLUS, 酸化還元酵素; CH-NH結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物	... ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-H4M / 5,10-DIMETHYLENE TETRAHYDROMETHANOPTERIN 分子量: 788.693 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₄₅N₆O₁₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7684 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 22% PEG4000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年11月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 1110526 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.9 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 1.5→1.6 Å / Num. unique obs: 191566 / CC_1/2: 0.574

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LU9

1lu9

解像度: 1.5→48.761 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 30.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2163	55322	4.99 %
R_work	0.1856	1053971	-
obs	0.1871	1109293	95.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.18 Å² / B_iso mean: 31.2138 Å² / B_iso min: 12.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→48.761 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	50016	0	2099	7743	59858
B_iso mean	-	-	37.98	37.51	-
残基数	-	-	-	-	6888

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.5-1.517	0.4464	1802	0.4357	33938	92
1.517-1.5349	0.4367	1795	0.4018	34553	94
1.5349-1.5536	0.4062	1762	0.3863	34501	94
1.5536-1.5733	0.3855	1880	0.3672	34563	94
1.5733-1.594	0.3787	1826	0.3501	34593	94
1.594-1.6158	0.3524	1791	0.3346	34553	94
1.6158-1.6389	0.352	1833	0.3184	34686	94
1.6389-1.6634	0.3393	1855	0.3052	34837	95
1.6634-1.6893	0.3351	1792	0.2924	34941	95
1.6893-1.717	0.3134	1748	0.2765	35046	95
1.717-1.7467	0.3025	1847	0.2669	34948	95
1.7467-1.7784	0.2786	1820	0.2536	35073	95
1.7784-1.8126	0.2695	1887	0.2439	35066	95
1.8126-1.8496	0.2757	1839	0.238	35144	95
1.8496-1.8898	0.2712	1832	0.2283	35100	95
1.8898-1.9338	0.2466	1837	0.2108	35216	95
1.9338-1.9822	0.2414	1792	0.1956	35282	96
1.9822-2.0358	0.2253	1863	0.1896	35411	96
2.0358-2.0957	0.2332	1869	0.1851	35402	96
2.0957-2.1633	0.2151	1848	0.1751	35412	96
2.1633-2.2406	0.2035	1855	0.1711	35595	96
2.2406-2.3303	0.2032	1848	0.1639	35539	97
2.3303-2.4364	0.1968	1889	0.1653	35366	96
2.4364-2.5648	0.2026	1878	0.1613	35635	97
2.5648-2.7255	0.1993	1929	0.1577	35774	97
2.7255-2.9359	0.2013	1895	0.1621	35721	97
2.9359-3.2313	0.1836	1885	0.1565	35687	97
3.2313-3.6988	0.1794	1839	0.1496	34996	95
3.6988-4.6595	0.1548	1909	0.133	35920	98
4.6595-48.75	0.1783	1877	0.1645	35473	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.231	0.328	0.2929	5.0931	-0.2707	0.7545	-0.0471	-0.0169	-0.2179	-0.1096	0.0382	-0.0276	0.0866	-0.0439	0.0002	0.1705	0.0166	0.0252	0.1582	0.001	0.0886	19.378	11.978	71.4386
2	2.4086	2.1056	-0.4211	3.8645	-0.355	0.7976	-0.0921	-0.0429	-0.2923	-0.0462	0.0322	-0.3494	0.1041	0.0235	0.1013	0.1835	0.0614	0.0035	0.1476	0.0015	0.1688	35.2072	18.8617	71.238
3	3.5406	-0.7667	-0.6558	4.8134	2.3512	5.0078	-0.0096	-0.2463	-0.0917	0.2918	0.0771	-0.412	0.0542	0.0755	-0.0675	0.1656	0.0282	-0.0527	0.1597	0.0137	0.1984	42.7769	26.7186	79.2619
4	3.9806	1.4632	0.3947	2.9541	0.5888	1.7314	-0.1303	0.0316	0.3197	-0.0996	0.0548	-0.1455	-0.1213	0.0338	0.0265	0.2095	0.0324	-0.011	0.1127	0.007	0.2196	39.0288	41.7224	69.7706
5	5.2414	4.6084	0.8267	4.0436	0.7333	0.1429	-0.2856	0.2498	0.051	-0.4944	0.2456	0.1306	-0.0059	-0.0622	0.0541	0.2437	0.007	0.0117	0.2077	0.0048	0.0868	26.987	22.9198	61.5959
6	4.6631	3.92	-0.7989	3.8996	-1.0637	0.7386	-0.3085	0.1603	-0.4969	-0.3276	0.1662	-0.4931	0.1187	-0.0751	0.0612	0.2546	0.0193	0.067	0.1686	-0.0414	0.1994	34.6029	15.7375	62.1934
7	1.5262	-0.1832	-0.3608	0.7448	0.1538	0.251	-0.0742	0.0275	-0.0063	0.0672	0.0441	0.3051	0.0181	-0.108	-0.0088	0.2594	0.0175	0.0138	0.1991	0.0216	0.1786	-1.1305	8.3877	76.6649
8	0.6587	-0.0066	-0.0629	0.437	-0.1614	0.8874	0.0308	-0.0701	-0.1942	0.1156	-0.0024	-0.011	0.0413	0.0306	-0.0782	0.2429	0.0111	0.0094	0.185	0.0183	0.2382	6.4106	-19.5074	85.8506
9	0.5177	0.355	0.1164	0.8484	-0.0383	0.3588	0.0022	0.0459	-0.1295	-0.0494	0.0114	0.0345	0.0072	0.07	0.0117	0.2333	0.0074	0.0166	0.196	-0.0111	0.2175	7.5532	-12.5351	72.6163
10	0.6043	0.131	0.2292	0.6341	-0.0585	0.131	-0.0723	0.0207	0.2378	-0.036	0.0708	0.048	-0.0536	-0.0026	-0.0291	0.2484	0.0232	-0.0214	0.201	0.0137	0.2094	8.1319	30.0497	72.1917
11	0.8627	-0.149	-0.5004	1.2828	0.2398	1.4737	0.0382	-0.0996	0.163	0.2231	-0.0532	0.3934	-0.0231	-0.1957	-0.0083	0.2644	0.0152	0.0285	0.2386	-0.0038	0.4432	-18.8487	41.1892	81.1633
12	0.4476	0.0622	0.2091	0.0669	0.1021	0.2963	-0.0919	0.1888	-0.0126	0.0567	-0.0103	0.299	0.1673	-0.2456	-0.075	0.276	-0.0116	-0.0121	0.2621	0.0187	0.4481	-19.0502	29.3927	72.1351
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 69 )	A	2 - 69
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 70 through 130 )	A	70 - 130
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 131 through 179 )	A	131 - 179
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 180 through 248 )	A	180 - 248
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 249 through 268 )	A	249 - 268
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 269 through 288 )	A	269 - 288
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 95 )	B	2 - 95
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 96 through 216 )	B	96 - 216
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 217 through 288 )	B	217 - 288
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 2 through 95 )	C	2 - 95
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 96 through 216 )	C	96 - 216
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 217 through 268 )	C	217 - 268
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14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 2 through 41 )	D	2 - 41
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 42 through 95 )	D	42 - 95
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 96 through 153 )	D	96 - 153
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 154 through 179 )	D	154 - 179
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19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 249 through 268 )	D	249 - 268
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 269 through 288 )	D	269 - 288
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 2 through 41 )	E	2 - 41
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 42 through 95 )	E	42 - 95
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 96 through 130 )	E	96 - 130
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 131 through 153 )	E	131 - 153
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 154 through 179 )	E	154 - 179
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27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 196 through 216 )	E	196 - 216
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 217 through 248 )	E	217 - 248
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 249 through 268 )	E	249 - 268
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 269 through 288 )	E	269 - 288
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 2 through 95 )	F	2 - 95
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 96 through 288 )	F	96 - 288
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35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 96 through 216 )	G	96 - 216
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 217 through 248 )	G	217 - 248
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45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'J' and (resid 2 through 113 )	J	2 - 113
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47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'J' and (resid 131 through 179 )	J	131 - 179
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'J' and (resid 180 through 248 )	J	180 - 248
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'J' and (resid 249 through 268 )	J	249 - 268
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'J' and (resid 269 through 288 )	J	269 - 288
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'K' and (resid 2 through 95 )	K	2 - 95
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53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'K' and (resid 249 through 288 )	K	249 - 288
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'L' and (resid 2 through 95 )	L	2 - 95
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'L' and (resid 96 through 216 )	L	96 - 216
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'L' and (resid 217 through 288 )	L	217 - 288
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58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'M' and (resid 114 through 288 )	M	114 - 288
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'N' and (resid 2 through 95 )	N	2 - 95
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61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'N' and (resid 217 through 288 )	N	217 - 288
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'O' and (resid 2 through 41 )	O	2 - 41
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'O' and (resid 42 through 95 )	O	42 - 95
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'O' and (resid 96 through 153 )	O	96 - 153
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'O' and (resid 154 through 248 )	O	154 - 248
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'O' and (resid 249 through 288 )	O	249 - 288
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68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'P' and (resid 42 through 113 )	P	42 - 113
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70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'P' and (resid 131 through 153 )	P	131 - 153
71	X-RAY DIFFRACTION	71	chain 'P' and (resid 154 through 179 )	P	154 - 179
72	X-RAY DIFFRACTION	72	chain 'P' and (resid 180 through 195 )	P	180 - 195
73	X-RAY DIFFRACTION	73	chain 'P' and (resid 196 through 216 )	P	196 - 216
74	X-RAY DIFFRACTION	74	chain 'P' and (resid 217 through 248 )	P	217 - 248
75	X-RAY DIFFRACTION	75	chain 'P' and (resid 249 through 268 )	P	249 - 268
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77	X-RAY DIFFRACTION	77	chain 'Q' and (resid 2 through 95 )	Q	2 - 95
78	X-RAY DIFFRACTION	78	chain 'Q' and (resid 96 through 195 )	Q	96 - 195
79	X-RAY DIFFRACTION	79	chain 'Q' and (resid 196 through 288 )	Q	196 - 288
80	X-RAY DIFFRACTION	80	chain 'R' and (resid 2 through 95 )	R	2 - 95
81	X-RAY DIFFRACTION	81	chain 'R' and (resid 96 through 216 )	R	96 - 216
82	X-RAY DIFFRACTION	82	chain 'R' and (resid 217 through 288 )	R	217 - 288
83	X-RAY DIFFRACTION	83	chain 'S' and (resid 2 through 95 )	S	2 - 95
84	X-RAY DIFFRACTION	84	chain 'S' and (resid 96 through 113 )	S	96 - 113
85	X-RAY DIFFRACTION	85	chain 'S' and (resid 114 through 153 )	S	114 - 153
86	X-RAY DIFFRACTION	86	chain 'S' and (resid 154 through 179 )	S	154 - 179
87	X-RAY DIFFRACTION	87	chain 'S' and (resid 180 through 195 )	S	180 - 195
88	X-RAY DIFFRACTION	88	chain 'S' and (resid 196 through 248 )	S	196 - 248
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