+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tg2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the PBP/SBP MotA in complex with mannopinic acid from A.tumefacien R10 | ||||||
要素 | MotA | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Solute binding protein / periplasmic binding protein | ||||||
機能・相同性 | Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / periplasmic space / Chem-N72 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / MotA 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhizobium radiobacter (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å | ||||||
データ登録者 | Morera, S. / Marty, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2020 タイトル: Import pathways of the mannityl-opines into the bacterial pathogen Agrobacterium tumefaciens: structural, affinity and in vivo approaches. 著者: Vigouroux, A. / Dore, J. / Marty, L. / Aumont-Nicaise, M. / Legrand, P. / Dessaux, Y. / Vial, L. / Morera, S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tg2.cif.gz | 510 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6tg2.ent.gz | 419 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tg2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/6tg2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/6tg2 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 38455.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhizobium radiobacter (バクテリア) 遺伝子: motA, A6U90_18895 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q44384 |
---|
-非ポリマー , 5種, 285分子
#2: 化合物 | ChemComp-N72 / ( #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 化合物 | ChemComp-PEG / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.28 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 4K, 100 mM Tris HCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→45 Å / Num. obs: 60300 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 6.31 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.907 / Num. unique obs: 9388 / CC1/2: 0.51 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5L9G 解像度: 2.21→31.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU R Cruickshank DPI: 0.306 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.291 / SU Rfree Blow DPI: 0.195 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.201
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 145.94 Å2 / Biso mean: 43.21 Å2 / Biso min: 17.58 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.29 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.21→31.19 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.21→2.22 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|