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- PDB-6tg2: Structure of the PBP/SBP MotA in complex with mannopinic acid fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tg2
タイトルStructure of the PBP/SBP MotA in complex with mannopinic acid from A.tumefacien R10
要素MotA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Solute binding protein / periplasmic binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


thiamine binding / thiamine transport / thiamine pyrophosphate binding / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-N72 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / MotA
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium radiobacter (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Morera, S. / Marty, L.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2020
タイトル: Import pathways of the mannityl-opines into the bacterial pathogen Agrobacterium tumefaciens: structural, affinity and in vivo approaches.
著者: Vigouroux, A. / Dore, J. / Marty, L. / Aumont-Nicaise, M. / Legrand, P. / Dessaux, Y. / Vial, L. / Morera, S.
履歴
登録2019年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MotA
B: MotA
C: MotA
D: MotA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,74020
ポリマ－153,8244
非ポリマー1,91616
水4,846269
1
A: MotA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0728
ポリマ－38,4561
非ポリマー6167
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MotA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8674
ポリマ－38,4561
非ポリマー4113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: MotA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9955
ポリマ－38,4561
非ポリマー5404
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: MotA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8053
ポリマ－38,4561
非ポリマー3492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.920, 132.130, 69.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.230, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
MotA


分子量: 38455.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium radiobacter (バクテリア)
遺伝子: motA, A6U90_18895 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q44384

-
非ポリマー , 5種, 285分子

#2: 化合物
ChemComp-N72 / (2~{R})-2-[[(3~{R},4~{R},5~{S})-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)-2-oxidanylidene-hexyl]amino]pentanedioic acid


分子量: 309.270 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19NO9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.28 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 4K, 100 mM Tris HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→45 Å / Num. obs: 60300 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 6.31
反射 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.907 / Num. unique obs: 9388 / CC1/2: 0.51

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L9G

5l9g


解像度: 2.21→31.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU R Cruickshank DPI: 0.306 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.291 / SU Rfree Blow DPI: 0.195 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.201
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 3014 5 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.187 60285 97.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 145.94 Å2 / Biso mean: 43.21 Å2 / Biso min: 17.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6837 Å20 Å23.9017 Å2
2--5.6317 Å20 Å2
3----7.3154 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.21→31.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10000 0 120 269 10389
Biso mean--41.81 41.4 -
残基数----1300
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3439SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1770HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10356HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1355SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12114SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d10356HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg14063HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.06
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.95
LS精密化 シェル解像度: 2.21→2.22 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3444 60 4.98 %
Rwork0.2747 1146 -
all0.2782 1206 -
obs--75.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.25310.22060.04641.5155-0.1380.7791-0.038-0.0280.1475-0.00490.05720.0029-0.044-0.013-0.0193-0.08750.0111-0.0132-0.0445-0.0241-0.091119.87380.4446-47.5987
21.2293-0.36330.27212.3392-0.04780.68260.09940.0172-0.1292-0.0972-0.12350.08870.0620.0470.0241-0.10350.01490.0088-0.0631-0.0021-0.1247.131-21.4685-43.1716
30.64120.17310.03823.0008-0.58181.27520.01710.0642-0.044-0.16330.0147-0.02360.1520.0026-0.0318-0.05510.0299-0.0082-0.0644-0.0044-0.1626-9.582910.6108-81.3535
40.7953-0.23090.19842.12520.34511.0356-0.0255-0.00340.0716-0.1264-0.03830.0493-0.1736-0.0060.0638-0.0403-0.01590.001-0.06980.0183-0.1629-9.586533.0486-54.3127
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|29 - A|354 }A29 - 354
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|30 - B|353 }B30 - 353
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|31 - C|356 }C31 - 356
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|30 - D|352 }D30 - 352

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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