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万見
- PDB-6teq: Crystal structure of a galactokinase from Bifidobacterium infanti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6teq
タイトルCrystal structure of a galactokinase from Bifidobacterium infantis in complex with 2-deoxy-2-fluoro-galactose
要素Galactokinase
キーワードTRANSFERASE / 2FGal / complex / galactokinase
機能・相同性
機能・相同性情報


galactokinase / galactokinase activity / galactose metabolic process / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Galactokinase, N-terminal domain / Galactokinase, conserved site / Galactokinase galactose-binding signature / Galactokinase signature. / Galactokinase / Mevalonate/galactokinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal ...Galactokinase, N-terminal domain / Galactokinase, conserved site / Galactokinase galactose-binding signature / Galactokinase signature. / Galactokinase / Mevalonate/galactokinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-deoxy-2-fluoro-beta-D-galactopyranose / 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-galactopyranose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Galactokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium longum subsp. infantis ATCC 15697 = JCM 1222 = DSM 20088 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Keenan, T. / Parmeggiani, F. / Fontenelle, C.Q. / Malassis, J. / Vendeville, J. / Offen, W.A. / Both, P. / Huang, K. / Marchesi, A. / Heyam, A. ...Keenan, T. / Parmeggiani, F. / Fontenelle, C.Q. / Malassis, J. / Vendeville, J. / Offen, W.A. / Both, P. / Huang, K. / Marchesi, A. / Heyam, A. / Young, C. / Charnock, S. / Davies, G.J. / Linclau, B. / Flitsch, S.L. / Fascione, M.A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M02847X/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M028836/1 英国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Profiling Substrate Promiscuity of Wild-Type Sugar Kinases for Multi-fluorinated Monosaccharides.
著者: Keenan, T. / Parmeggiani, F. / Malassis, J. / Fontenelle, C.Q. / Vendeville, J.B. / Offen, W. / Both, P. / Huang, K. / Marchesi, A. / Heyam, A. / Young, C. / Charnock, S.J. / Davies, G.J. / ...著者: Keenan, T. / Parmeggiani, F. / Malassis, J. / Fontenelle, C.Q. / Vendeville, J.B. / Offen, W. / Both, P. / Huang, K. / Marchesi, A. / Heyam, A. / Young, C. / Charnock, S.J. / Davies, G.J. / Linclau, B. / Flitsch, S.L. / Fascione, M.A.
履歴
登録2019年11月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32020年9月30日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galactokinase
B: Galactokinase
C: Galactokinase
D: Galactokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,87556
ポリマ－183,2624
非ポリマー5,61452
水28,3021571
1
A: Galactokinase
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • 47.2 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,20012
ポリマ－45,8151
非ポリマー1,38511
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Galactokinase
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 47 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,01313
ポリマ－45,8151
非ポリマー1,19812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Galactokinase
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 47.9 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,93621
ポリマ－45,8151
非ポリマー2,12120
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Galactokinase
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 46.7 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,72510
ポリマ－45,8151
非ポリマー9109
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.218, 164.386, 115.874
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Galactokinase


分子量: 45815.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Galactokinase with C-terminal His-tag
由来: (組換発現) Bifidobacterium longum subsp. infantis ATCC 15697 = JCM 1222 = DSM 20088 (バクテリア)
遺伝子: Blon_2062 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7GUI0

-
糖 , 2種, 8分子

#5: 糖
ChemComp-GAF / 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-galactopyranose / 2-DEOXY-2-FLUORO-GALACTOSE / 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-galactose / 2-deoxy-2-fluoro-D-galactose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 182.147 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11FO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
a-D-Galp2fluoroIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#6: 糖
ChemComp-2FG / 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-galactopyranose / 2-FLUORO-2-DEOXY-BETA-D-GALACTOPYRANOSE / 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-galactose / 2-deoxy-2-fluoro-D-galactose / 2-deoxy-2-fluoro-galactose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 182.147 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11FO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
b-D-Galp2fluoroIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 7種, 1615分子

#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#9: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 0.25 M NaCl and 22 % (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.916 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→94.55 Å / Num. obs: 349052 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 1.44→1.46 Å / Rmerge(I) obs: 1.058 / Num. unique obs: 17309 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6TEP

6tep


解像度: 1.44→94.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 3.435 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2029 17586 5 %RANDOM
Rwork0.1687 ---
obs0.1704 331367 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 122.64 Å2 / Biso mean: 18.964 Å2 / Biso min: 3.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å2-0.85 Å2
2---1.39 Å2-0 Å2
3---1.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.44→94.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12441 0 364 1571 14376
Biso mean--29.09 31.01 -
残基数----1673
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01313849
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.01712767
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.861.64618816
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6531.58629677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.88851853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.11622.571704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.01152184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.91596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.21809
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0216124
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022845
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.591326614
LS精密化 シェル解像度: 1.44→1.477 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 1370 -
Rwork0.283 24389 -
all-25759 -
obs--99.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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